病虫害防治
1991年后，全市林木病虫害以杨树病虫害为主，济宁市先后采取化学、人工、物理、生物等综合防治措施，以化学防治为主。21世纪初，由于纯林比例较大，全市各种病虫害呈现高发趋势。2001年，全市林木病虫害发生面积达1.36万公顷，其中，兖州市新兖镇、黄屯乡及327国道附近，任城区接庄镇、三贾街道杨扇舟蛾、杨小舟蛾危害严重，平均虫株率95%、虫口密度高达98头/百叶。2002年，市林业局下达“四率指标”（成灾率、防治率、监测覆盖率、产地检疫率），加强林木病虫害防治目标管理，实行森林病虫害防治报表县、市、省、全国四级联网，实现网上直报。同年，鱼台县苗圃被国家林业局确认为“全国无检疫对象苗圃”。2003年，“植物检疫证书”执行计算机签发及网上传输，济宁防治检疫工作迈入系统网络管理时代。2004年，全市启动林业有害生物普查工作和杨树病虫害工程治理项目。同年，兖州市国有林木良种繁育圃被省林业局命名为“山东省隔离试种苗圃”。2005年，邹城市发现咖啡豹蠹蛾，微山县发现加拿大一枝黄花，并列为山东省补充森林植物检疫对象。同年，兖州市、曲阜市、金乡县、梁山县林木保护站被国家林业局确认为“国家级林业有害生物中心测报点”。“十五”末，全市“四率指标”定为成灾率控制在2.9%以内、防治率达到76%以上、监测覆盖率达到93%以上、产地检疫率达到98%以上，全市林木病虫害防治能力明显提升。
2008年，美国白蛾首次在任城区李营镇苗木基地发生，市政府成立美国白蛾防治工作指挥部，对全市美国白蛾防治工作统一指挥协调。在任城区苗圃建立济宁市林业有害生物天敌繁育中心，当年繁育美国白蛾天敌——周氏啮小蜂5亿头。2009年，美国白蛾扩散到8个县（市、区），发生面积3860公顷，济宁市投入防治资金7000多万元。8—9月，首次在任城区、兖州市、邹城市、嘉祥县、汶上县、梁山县6个县（市、区）启动飞防，飞防面积6.333万公顷，平均防效92%以上。“十一五”期间，全市共发生主要林业有害生物美国白蛾、杨小舟蛾、杨扇舟蛾、杨树黑斑病、杨树溃疡病等15种，发生面积2.327万公顷，其中美国白蛾发生面积2730公顷。“十一五”末，全市林业有害生物防治目标管理指标即“四率”指标全部完成，成灾率控制在2.8%c以内、无公害防治率提高到82%、测报准确率上升到95%、种苗产地检疫率达到100%。
森林防火
20世纪90年代初，全市建立森林防火无线通讯网络，完成森林火险等级区域划分。“十五”期间，开展“鲁中南重点火险区综合治理项目”，建设森林消防专业队办公基地3处，瞭望台6座。完成“尼山火险区林火远程电视监控”工程。2002年，济宁市被省护林防火指挥部划为省森林防火重点市，曲阜、泗水、邹城、微山被划为省森林防火重点县。2003年，护林防火指挥部更名为森林防火指挥部，完成森林防火工作常态化、规范化、制度化建设。2006年，市政府森林防火指挥部依托市公安消防支队成立济宁市森林消防支队。2010年，为全面提高森林火灾防控水平，市政府印发《关于进一步加强森林防火和森林公安工作的意见》。1991—2010年，全市累计投入护林防火资金2000多万元。2010年，全市共有扑火机具4404台（把、套），其中风力灭火机684台，各类消防车辆97部，隔离带（隔离墙、隔离网）1805公里，防火道路980公里，物资储备库11座，瞭望台18座，林火远程视频监控系统4套、21个监控点，市森林防火指挥中心1处、监控中心1处。
野生动植物保护
1991年起，市县两级林业部门每年举办多种形式的宣传活动，并于每年4月23—29日举办济宁市爱鸟周活动。2001年，市林业局制定《济宁市野生动植物保护及自然保护区建设工程总体规划》。2003年，针对禽流感疫情，市林业局成立处置陆生野生动物疫源疫病防控指挥部，印发《济宁市突发性重大陆生野生动物疫源疫病防控应急预案》，全市陆生野生动物疫源疫病得到有效监测与防控。1997—2005年，济宁市先后开展野生植物、野生动物资源调查。全市野生植物共有乔灌木229种，隶属59科131属；野生动物共有244种，其中鸟类215种、兽类13种、两栖类7种、爬行类9种。
森林公安
20世纪90年代，济宁市加大森林资源保护力度，林业公安工作进入快速发展时期。1990年，市林业局设立林业公安科，各县（市、区）成立林业公安科（股、所）。1994年，市直和任城、曲阜、泗水、微山、金乡、嘉祥6个县（市、区）的7个林业公安机构正式纳入地方公安序列，实行林业、公安双重领导管理体制。2008年，全市各级林业公安机构统一更名为森林公安局。2010年，全市共有森林公安机构7个，政法专项编制42名，实有民警31人。
根据不同时期的林区治安形势，森林公安适时组织开展“春雷行动”“绿剑行动”“候鸟行动”“破案会战”“亮剑行动”“绿盾行动”等林业严打整治专项行动，严厉打击盗伐、滥伐、非法收购、蓄意破坏林木苗木、非法侵占用林地和乱捕滥猎野生动物等破坏森林和野生动植物资源的违法犯罪行为。1991—2010年，全市累计查处各类破坏森林和野生动物案件3900余起，逮捕、刑事拘留157人，治安拘留180余人，林业行政处罚近5000人次。
第三节 资源管护
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病虫害防治
1991年后，全市林木病虫害以杨树病虫害为主，济宁市先后采取化学、人工、物理、生物等综合防治措施，以化学防治为主。21世纪初，由于纯林比例较大，全市各种病虫害呈现高发趋势。2001年，全市林木病虫害发生面积达1.36万公顷，其中，兖州市新兖镇、黄屯乡及327国道附近，任城区接庄镇、三贾街道杨扇舟蛾、杨小舟蛾危害严重，平均虫株率95%、虫口密度高达98头/百叶。2002年，市林业局下达“四率指标”（成灾率、防治率、监测覆盖率、产地检疫率），加强林木病虫害防治目标管理，实行森林病虫害防治报表县、市、省、全国四级联网，实现网上直报。同年，鱼台县苗圃被国家林业局确认为“全国无检疫对象苗圃”。2003年，“植物检疫证书”执行计算机签发及网上传输，济宁防治检疫工作迈入系统网络管理时代。2004年，全市启动林业有害生物普查工作和杨树病虫害工程治理项目。同年，兖州市国有林木良种繁育圃被省林业局命名为“山东省隔离试种苗圃”。2005年，邹城市发现咖啡豹蠹蛾，微山县发现加拿大一枝黄花，并列为山东省补充森林植物检疫对象。同年，兖州市、曲阜市、金乡县、梁山县林木保护站被国家林业局确认为“国家级林业有害生物中心测报点”。“十五”末，全市“四率指标”定为成灾率控制在2.9%以内、防治率达到76%以上、监测覆盖率达到93%以上、产地检疫率达到98%以上，全市林木病虫害防治能力明显提升。
2008年，美国白蛾首次在任城区李营镇苗木基地发生，市政府成立美国白蛾防治工作指挥部，对全市美国白蛾防治工作统一指挥协调。在任城区苗圃建立济宁市林业有害生物天敌繁育中心，当年繁育美国白蛾天敌——周氏啮小蜂5亿头。2009年，美国白蛾扩散到8个县（市、区），发生面积3860公顷，济宁市投入防治资金7000多万元。8—9月，首次在任城区、兖州市、邹城市、嘉祥县、汶上县、梁山县6个县（市、区）启动飞防，飞防面积6.333万公顷，平均防效92%以上。“十一五”期间，全市共发生主要林业有害生物美国白蛾、杨小舟蛾、杨扇舟蛾、杨树黑斑病、杨树溃疡病等15种，发生面积2.327万公顷，其中美国白蛾发生面积2730公顷。“十一五”末，全市林业有害生物防治目标管理指标即“四率”指标全部完成，成灾率控制在2.8%c以内、无公害防治率提高到82%、测报准确率上升到95%、种苗产地检疫率达到100%。
森林防火
20世纪90年代初，全市建立森林防火无线通讯网络，完成森林火险等级区域划分。“十五”期间，开展“鲁中南重点火险区综合治理项目”，建设森林消防专业队办公基地3处，瞭望台6座。完成“尼山火险区林火远程电视监控”工程。2002年，济宁市被省护林防火指挥部划为省森林防火重点市，曲阜、泗水、邹城、微山被划为省森林防火重点县。2003年，护林防火指挥部更名为森林防火指挥部，完成森林防火工作常态化、规范化、制度化建设。2006年，市政府森林防火指挥部依托市公安消防支队成立济宁市森林消防支队。2010年，为全面提高森林火灾防控水平，市政府印发《关于进一步加强森林防火和森林公安工作的意见》。1991—2010年，全市累计投入护林防火资金2000多万元。2010年，全市共有扑火机具4404台（把、套），其中风力灭火机684台，各类消防车辆97部，隔离带（隔离墙、隔离网）1805公里，防火道路980公里，物资储备库11座，瞭望台18座，林火远程视频监控系统4套、21个监控点，市森林防火指挥中心1处、监控中心1处。
野生动植物保护
1991年起，市县两级林业部门每年举办多种形式的宣传活动，并于每年4月23—29日举办济宁市爱鸟周活动。2001年，市林业局制定《济宁市野生动植物保护及自然保护区建设工程总体规划》。2003年，针对禽流感疫情，市林业局成立处置陆生野生动物疫源疫病防控指挥部，印发《济宁市突发性重大陆生野生动物疫源疫病防控应急预案》，全市陆生野生动物疫源疫病得到有效监测与防控。1997—2005年，济宁市先后开展野生植物、野生动物资源调查。全市野生植物共有乔灌木229种，隶属59科131属；野生动物共有244种，其中鸟类215种、兽类13种、两栖类7种、爬行类9种。
森林公安
20世纪90年代，济宁市加大森林资源保护力度，林业公安工作进入快速发展时期。1990年，市林业局设立林业公安科，各县（市、区）成立林业公安科（股、所）。1994年，市直和任城、曲阜、泗水、微山、金乡、嘉祥6个县（市、区）的7个林业公安机构正式纳入地方公安序列，实行林业、公安双重领导管理体制。2008年，全市各级林业公安机构统一更名为森林公安局。2010年，全市共有森林公安机构7个，政法专项编制42名，实有民警31人。
根据不同时期的林区治安形势，森林公安适时组织开展“春雷行动”“绿剑行动”“候鸟行动”“破案会战”“亮剑行动”“绿盾行动”等林业严打整治专项行动，严厉打击盗伐、滥伐、非法收购、蓄意破坏林木苗木、非法侵占用林地和乱捕滥猎野生动物等破坏森林和野生动植物资源的违法犯罪行为。1991—2010年，全市累计查处各类破坏森林和野生动物案件3900余起，逮捕、刑事拘留157人，治安拘留180余人，林业行政处罚近5000人次。