植物检疫
1991—2005年，全市每年进行产地检疫6700万～8700万公顷，签证合格种子250万公斤，确保了种子苗木及农产品信誉和农业安全；重视调运检疫工作，平均每年市、县共检疫调入种子130万公斤，调出种子260万公斤，确保了全市农业安全生产。2000—2002年，济宁市开展农业有害生物疫情普查工作，涉及全市12个县（市、区）、132个乡镇、5634个村，普查面积达到60.33万公顷，普查植物30种，查出检疫性病虫如小麦全蚀病、甘薯茎线虫等，查清了发生范围、面积和程度。2006—2010年，每年进行产地检疫900公顷～5600公顷，签证合格种子3673.8万公斤～7501.4万公斤，确保了全市种子苗木及农产品的信誉和农业的安全；重视调运检疫工作，市、县共检疫调人种子180.7万公斤～391.35万公斤，调出种子137.83万公斤～148.44万公斤，确保了农业安全生产。
病虫害预测预报
1998年，农业部将济宁市列为全国农作物病虫测报网济宁重点区域测报站，并投入40万元，购置测报仪器设备和房屋。每年定期向农业部全国农技推广中心测报处和省植保总站传递病虫测报信息，为全国和全省准确发布农作物病虫预报提供科学依据。2003年，济宁市植保站开办山东省第一个农业病虫测报网——济宁农业病虫测报网。此后，市植保站发布的《农作物病虫预报》、植保信息迅速通过网络传输到全市12县（市、区）和130多个乡镇乃至全省、全国各地，并且将信息上传到农业部、省植保总站等上级业务部门。
病虫害防治
1991—2005年，全市各类农作物每年发生各种病虫害353.3万公顷次～380万公顷次，防治面积346.6万公顷次～373.3万公顷次，直接经济效益近40亿元。2006—2010年，每年农作物病虫草鼠害为中等发生，粮、棉、油、瓜菜、水果等作物病虫草鼠共发生5332.99万亩次～6635.18万亩次，防治面积4884.23万亩次～6340.03万亩次，直接经济效益40亿元～62.3亿元。
东亚飞蝗防治
济宁市历史上曾是全国和全省重点蝗区之一。1991年后，济宁市蝗灾仍然较重，特别是1998—2003年，由于受全球气候变化、生态环境改变和蝗虫灾变规律等因素的影响，蝗虫进入新一轮暴发周期，连续六年偏重发生，每年夏蝗发生面积达4万至4.67万公顷，秋蝗发生面积2.7万至4.0万公顷，并出现高密度的蝗片。各级党委政府高度重视，及时落实治蝗经费和药械，建立健全治蝗专业队，实行治蝗责任制，每年从6月初开始组织机防队35～40个，动用机动喷雾弥雾机380～400部、手动喷雾器1600部、人工3000余人，圆满完成蝗虫防治任务，控制了蝗虫“不起飞不成灾”。
农药管理
1997年，国务院印发《中华人民共和国农药管理条例》。2001年，山东省人民政府印发《山东省农药管理办法》。市农业部门按照有关规定认真做好各项工作。1997—2010年，全市每年出动执法人员2000余人次，车辆300余辆（次），对全市2300余家农药生产、经营单位进行检查，打击了制售假冒伪劣农药的不法行为，净化了农药市场，保护了广大合法经营单位和广大群众的合法利益。其间，2003年重点开展毒鼠强专项整治工作。全市共组织检查351次，出动检查人员9926人次，检查各类市场967个次，检查经营业户4203个次，查处无照经营单位4户，取缔非法制售剧毒鼠药窝点1个，查处走街串巷兜售剧毒鼠药流动商贩165人，取缔非法经营摊点548个，查处案件总数8件，刑事拘留2人，治安拘留3人，罚没款400元，收缴毒鼠强699.5公斤。有效地防止了毒鼠强投毒、中毒案件的发生。
绿色防控
2007年后，济宁市开展作物病虫害绿色防控工作，包括水稻防虫网育秧、杀虫灯、诱虫板、生物农药和高效低毒农药等。水稻防虫网育秧技术是防止灰飞虱危害秧苗和传播水稻黑条矮缩病、条纹叶枯病等病毒病的有效措施。2010年，市农委购置40目防虫网5万平方米，鱼台、中区购置40目防虫网60万平方米，覆盖秧苗750亩，栽插水稻5.1万亩。同时，高度重视高效低毒和生物农药的推广工作。当年，推广面积达676万亩次，高效低毒化学农药占农药销售量的98%，切实提高了农产品质量，减轻了农业面源污染。实施推广杀虫灯和诱虫板技术，市农委将省站下发的杀虫灯和黄兰诱虫板拨付给邹城市、曲阜市，同时，邹城市继续普及推广灭虫灯的优惠政策，为安装杀虫灯的农户每盏补助300元，安装杀虫灯8000余盏，控制面积达到30余万亩，对花生蛴螬等主要害虫的控制效果达到90%以上。鱼台县利用黄淮海开发项目，在水稻田安装杀虫灯1000盏，有效防治了稻田害虫。