1991—1994年，全市粮食作物种植面积逐年下降，油料、蔬菜等经济作物大幅度增加。粮食作物面积从69.78万公顷降至67.53万公顷，油料作物面积从3.17万公顷增加到5.81万公顷。1995年起，粮食面积逐年回升，经济作物面积有所下降。1998年，粮食作物面积回升至69.12万公顷，1999年达到71.35万公顷。1998年，油料作物面积下降至4.76万公顷。2000年后，粮食作物面积再度连续大幅度下降，油料、棉花和蔬菜等经济作物面积大幅度增加。2005年，粮食作物面积下降至52.49万公顷，油料作物面积扩大至6.66万公顷，棉花面积扩大到11.24万公顷，蔬菜面积发展到19.79万公顷，粮经比例51∶49。2006年，粮食播种面积开始增加，经济作物面积有所下降。2010年，粮食作物面积增加至66.23万公顷，油料作物面积减少到4.91万公顷，棉花面积下降至10.37万公顷，蔬菜面积发展到21.95万公顷，经济作物播种面积40.4万公顷，粮经作物播种面积比例为62∶38。
2007年4月19日，全市农村工作会议召开。
1992—1999年，因棉铃虫大暴发，汶上等老棉区棉花种植面积大幅度减少。2000年起，随着抗虫棉的大面积推广应用，面积呈恢复性增长，同时第一产棉大县南移至金乡县，种植面积占全市总种植面积的30%～40%。棉花种植面积较大的还有鱼台、嘉祥、梁山、汶上县，其他县（市、区）只零星种植，秋作物95%以上为玉米。花生、甘薯主要集中在东部低山丘陵区。大蒜、圆葱主要集中在金乡、鱼台2县，面积占全市的90%以上。西瓜主要集中在泗水县，甜叶菊主要集中在任城区的南张镇，大中拱棚蔬菜在平原区均有分布。