1991年，济宁市畜牧局（挂济宁市畜牧开发中心牌子）设秘书科、综合科、计划财务科，辖济宁市兽医工作站、济宁市畜牧工作站、济宁市兖州铁路兽医检疫站、济宁市经营咨询服务站。1992年6月，成立济宁市祖代种鸡场（自收自支科级事业单位）。1993年1月，济宁市畜牧开发中心更名为济宁市畜牧开发总公司。1995年5月，济宁市经营咨询服务站更名为济宁市饲料饲草工作站。1997年3月，济宁市畜牧局设办公室（挂人事科牌子）、计划财务科、生产科、动物卫生科（挂济宁市兽药监察所、济宁市兽医卫生监督所牌子）、饲料工业科（挂济宁市饲料监察所牌子）、监察室6个科室，所辖机构不变。1998年12月，济宁市兖州铁路兽医检疫站更名为济宁市动物卫生监督所，济宁市饲草饲料工作站更名为济宁市饲料监察所，济宁市畜牧工作站更名为济宁市畜牧技术推广工作站，均隶属于济宁市畜牧局。2008年9月，济宁市畜牧局更名为济宁市畜牧兽医局，设办公室、动物卫生防疫科、医政药政科、饲料科、科技科、人事科（挂离退休干部科牌子）6个科室，人员编制31人；辖济宁市动物卫生监督所（加挂济宁市兽药和饲料监督所牌子，为行政支持类副县级事业单位）、济宁市动物疫病预防与控制中心（社会公益一类科级事业单位）、济宁市畜牧站（社会公益一类科级事业单位）3个事业单位，人员编制50人。至2010年未变。
第四节 济宁市畜牧兽医局
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1991年，济宁市畜牧局（挂济宁市畜牧开发中心牌子）设秘书科、综合科、计划财务科，辖济宁市兽医工作站、济宁市畜牧工作站、济宁市兖州铁路兽医检疫站、济宁市经营咨询服务站。1992年6月，成立济宁市祖代种鸡场（自收自支科级事业单位）。1993年1月，济宁市畜牧开发中心更名为济宁市畜牧开发总公司。1995年5月，济宁市经营咨询服务站更名为济宁市饲料饲草工作站。1997年3月，济宁市畜牧局设办公室（挂人事科牌子）、计划财务科、生产科、动物卫生科（挂济宁市兽药监察所、济宁市兽医卫生监督所牌子）、饲料工业科（挂济宁市饲料监察所牌子）、监察室6个科室，所辖机构不变。1998年12月，济宁市兖州铁路兽医检疫站更名为济宁市动物卫生监督所，济宁市饲草饲料工作站更名为济宁市饲料监察所，济宁市畜牧工作站更名为济宁市畜牧技术推广工作站，均隶属于济宁市畜牧局。2008年9月，济宁市畜牧局更名为济宁市畜牧兽医局，设办公室、动物卫生防疫科、医政药政科、饲料科、科技科、人事科（挂离退休干部科牌子）6个科室，人员编制31人；辖济宁市动物卫生监督所（加挂济宁市兽药和饲料监督所牌子，为行政支持类副县级事业单位）、济宁市动物疫病预防与控制中心（社会公益一类科级事业单位）、济宁市畜牧站（社会公益一类科级事业单位）3个事业单位，人员编制50人。至2010年未变。