济宁市渔业局前身是济宁市水产局。1991年，济宁市水产局设人秘科、监察室、生产计划科、计划财务科、法制科。下辖渔政监督管理处1个副县级行政单位，市水产技术服务中心、市水产良种繁育场2个正科级自收自支事业单位。1992年，市渔工商公司设立，两年后自动解体。1993年，市水产良种物资管理站设立，正科级全额事业单位。1996年，市水产良种研究培训中心设立，正科级自收自支事业单位。1998年，市水产良种研究培训中心更名为市名优水产品研究试验推广基地。1997年，市水产局设办公室、生产科、计划财务科、加工流通科、渔政监督管理科、公安科和渔船渔港监督检验科7个职能科室。2001年，济宁市水产局更名为济宁市渔业局，设办公室、规划财务科、科技对外合作科、经济贸易科、渔政监督管理科和公安科6个职能科室。2009年，市水产技术服务中心、市水产良种物资管理站、市水产良种研究培训中心撤销。
2010年，将原市农业局、市渔业局、市委农村工作领导小组办公室（市政府农业办公室）的职责整合划入市农业委员会（挂济宁市渔业局牌子），为市委、市政府工作部门。市渔业局设渔业综合科、渔业科、水产品市场与质量监管科、渔政监督管理科和渔业船舶检验科5个职能科室。下属市渔业环境监测站、市水产技术服务中心（市水产技术推广站）、市水产良种繁育场。
第三节 济宁市渔业局
视图
济宁市渔业局前身是济宁市水产局。1991年，济宁市水产局设人秘科、监察室、生产计划科、计划财务科、法制科。下辖渔政监督管理处1个副县级行政单位，市水产技术服务中心、市水产良种繁育场2个正科级自收自支事业单位。1992年，市渔工商公司设立，两年后自动解体。1993年，市水产良种物资管理站设立，正科级全额事业单位。1996年，市水产良种研究培训中心设立，正科级自收自支事业单位。1998年，市水产良种研究培训中心更名为市名优水产品研究试验推广基地。1997年，市水产局设办公室、生产科、计划财务科、加工流通科、渔政监督管理科、公安科和渔船渔港监督检验科7个职能科室。2001年，济宁市水产局更名为济宁市渔业局，设办公室、规划财务科、科技对外合作科、经济贸易科、渔政监督管理科和公安科6个职能科室。2009年，市水产技术服务中心、市水产良种物资管理站、市水产良种研究培训中心撤销。
2010年，将原市农业局、市渔业局、市委农村工作领导小组办公室（市政府农业办公室）的职责整合划入市农业委员会（挂济宁市渔业局牌子），为市委、市政府工作部门。市渔业局设渔业综合科、渔业科、水产品市场与质量监管科、渔政监督管理科和渔业船舶检验科5个职能科室。下属市渔业环境监测站、市水产技术服务中心（市水产技术推广站）、市水产良种繁育场。