1991年，济宁市林业局设人秘科、生产科、林政科3个行政科室，辖市林业公安科、市营林站、市林木保护站、市林木种苗站、市果树技术推广站5个事业单位，市林工商联合企业公司、市劳动服务公司2个企业。1992年，以济宁市劳动服务公司为基础成立济宁市林果开发公司，公司性质、主营业务及公司法人不变。1994年8月，林业公安纳入地方公安序列，实行林业、公安双重领导的管理体制。1996年，成立济宁市林果良种繁育中心，为科级事业单位，编制5人，经费自收自支，隶属市林业局。1997年，济宁市果树技术推广站更名为济宁市经济林管理站，其性质、规格、经费渠道和隶属关系不变。
2001年，济宁市林业局设办公室、规划财务科、造林绿化科（挂市绿化委员会办公室牌子）、资源和林政科（挂政策法规科牌子）、科技科（挂产业发展与对外合作科牌子）、监察室6个行政科室，辖市林业公安科、市营林站、市林木保护站（挂市森林植物检疫中心站牌子）、市林木种苗站、市经济林管理站、市林果良种繁育中心6个事业单位，市林工商联合企业公司1个企业单位。市林业局机关行政编制15人，工勤人员编制2人，离退休工作人员2人。2002年6月，济宁市林果良种繁育中心加挂济宁市林业科学研究所牌子，机构规格、人员编制、经费渠道、隶属关系不变。2002年12月，济宁市林业公安科更名为济宁市森林公安科（挂济宁市护林防火指挥部办公室牌子），为科级全额事业单位，人员参照公务员法管理。济宁市营林站更名为济宁市林业站，济宁市林木种苗站更名为济宁市林业场圃种苗站。2004年3月，设立济宁市南四湖自然保护区管理局，为县级全额预算管理事业单位，内设办公室、计财科、宣教科、管理科，人员在市林业局内部调剂，由市林业局管理。2006年3月，济宁市林木保护站更名为济宁市野生动植物保护站，与其合署的济宁市森林植物检疫中心站更名为济宁市林业有害生物防治检疫站。
2008年10月，全省规范森林公安机构设置，济宁市森林公安机构名称规范为济宁市森林公安局（济宁市公安局森林警察支队），为副县级行政单位，实行市林业局和市公安局双重领导体制，党政工作以市林业局管理为主，公安业务工作以市公安局管理为主，列入市级公安机关序列。内设刑侦治安科（刑侦治安大队）、法制科2个科，政法专项编制12人。2010年3月，济宁市林业局设办公室（挂人事科牌子）、造林绿化科、资源和林政科（挂行政许可科牌子）、审计与规划财务科、科技与产业发展科5个行政科室，辖市南四湖自然保护区管理局1个正县级事业单位，市森林公安局（市公安局森林警察支队）1个副县级行政单位，市林业站、市林业场圃种苗站（挂市林木种苗质量监督检验站牌子）、市野生动植物保护站（挂市林业有害生物防治检疫站牌子）、市经济林管理站、市林果良种繁育中心（挂市林业科学研究所牌子）5个科级事业单位，市林工商联合企业公司1个企业单位。市林业局机关行政编制17人。7月，济宁市南四湖自然保护区管理局加挂济宁市湿地保护管理中心牌子，受市林业局委托承担全市湿地保护管理有关职责，市南四湖自然保护区管理局（市湿地保护管理中心）核定编制15人。
第二节 济宁市林业局
视图
1991年，济宁市林业局设人秘科、生产科、林政科3个行政科室，辖市林业公安科、市营林站、市林木保护站、市林木种苗站、市果树技术推广站5个事业单位，市林工商联合企业公司、市劳动服务公司2个企业。1992年，以济宁市劳动服务公司为基础成立济宁市林果开发公司，公司性质、主营业务及公司法人不变。1994年8月，林业公安纳入地方公安序列，实行林业、公安双重领导的管理体制。1996年，成立济宁市林果良种繁育中心，为科级事业单位，编制5人，经费自收自支，隶属市林业局。1997年，济宁市果树技术推广站更名为济宁市经济林管理站，其性质、规格、经费渠道和隶属关系不变。
2001年，济宁市林业局设办公室、规划财务科、造林绿化科（挂市绿化委员会办公室牌子）、资源和林政科（挂政策法规科牌子）、科技科（挂产业发展与对外合作科牌子）、监察室6个行政科室，辖市林业公安科、市营林站、市林木保护站（挂市森林植物检疫中心站牌子）、市林木种苗站、市经济林管理站、市林果良种繁育中心6个事业单位，市林工商联合企业公司1个企业单位。市林业局机关行政编制15人，工勤人员编制2人，离退休工作人员2人。2002年6月，济宁市林果良种繁育中心加挂济宁市林业科学研究所牌子，机构规格、人员编制、经费渠道、隶属关系不变。2002年12月，济宁市林业公安科更名为济宁市森林公安科（挂济宁市护林防火指挥部办公室牌子），为科级全额事业单位，人员参照公务员法管理。济宁市营林站更名为济宁市林业站，济宁市林木种苗站更名为济宁市林业场圃种苗站。2004年3月，设立济宁市南四湖自然保护区管理局，为县级全额预算管理事业单位，内设办公室、计财科、宣教科、管理科，人员在市林业局内部调剂，由市林业局管理。2006年3月，济宁市林木保护站更名为济宁市野生动植物保护站，与其合署的济宁市森林植物检疫中心站更名为济宁市林业有害生物防治检疫站。
2008年10月，全省规范森林公安机构设置，济宁市森林公安机构名称规范为济宁市森林公安局（济宁市公安局森林警察支队），为副县级行政单位，实行市林业局和市公安局双重领导体制，党政工作以市林业局管理为主，公安业务工作以市公安局管理为主，列入市级公安机关序列。内设刑侦治安科（刑侦治安大队）、法制科2个科，政法专项编制12人。2010年3月，济宁市林业局设办公室（挂人事科牌子）、造林绿化科、资源和林政科（挂行政许可科牌子）、审计与规划财务科、科技与产业发展科5个行政科室，辖市南四湖自然保护区管理局1个正县级事业单位，市森林公安局（市公安局森林警察支队）1个副县级行政单位，市林业站、市林业场圃种苗站（挂市林木种苗质量监督检验站牌子）、市野生动植物保护站（挂市林业有害生物防治检疫站牌子）、市经济林管理站、市林果良种繁育中心（挂市林业科学研究所牌子）5个科级事业单位，市林工商联合企业公司1个企业单位。市林业局机关行政编制17人。7月，济宁市南四湖自然保护区管理局加挂济宁市湿地保护管理中心牌子，受市林业局委托承担全市湿地保护管理有关职责，市南四湖自然保护区管理局（市湿地保护管理中心）核定编制15人。