1991年，济宁市农业局设党委办公室、人事劳资科、办公室、计划财务科、科教科、生产科、监察室、老干部科8个科室。1997年10月，市棉花办公室、农业区划办公室、多种经营办公室撤销，划归农业局。市农业局设办公室、人事劳资科、综合信息科、计划财务科、科教科、棉花办公室、农业生产科、多种经营科、农业资源区划管理科、审计科、农业三场办公室、离退休干部科等12个科室，编制45人。2001年7月，市政府农业办公室与市农业局同时撤销，成立新的济宁市农业局，设办公室、综合科、人事科、政策法规科、农村经济经营管理科、市场与经济信息科、发展计划科、财务科、科技教育科、生产指导科、生态农业科、市扶贫开发领导小组办公室12个科室和离退休干部科，编制40人。2006年4月，成立市委农工办。2010年5月，撤销市委农工办、市渔业局、市农业局，成立济宁市农业委员会（挂济宁市渔业局牌子），为全市农业农村工作的综合管理部门，同时，将原市农业局承担的农业综合开发管理职能划归市财政局。编制63人，设办公室、人事科、政策法规科、财务科、调查研究科、综合协调科、生产指导科、农业产业化经营与对外合作科、发展规划与农村经济经营管理科、市场与经济信息科、农产品质量安全监管科、科技教育科、生态农业科、扶贫开发科、渔业综合科、渔业科、水产品市场与质量监管科、渔政监督管理科、渔业船舶检验科19个科室。