济宁市地方海事局为正县级事业单位，党政工团等隶属济宁市港航局，业务属山东省地方海事局。2010年，设办公室、人事科、财务科、通航管理科、船舶管理科、船舶监督科、船员管理科、水上搜救科。在济宁、邹西、嘉祥、金乡、鱼台、微山、留庄、鲁桥、韩庄港航管理处和微山船闸、韩庄二线船闸管理处、山东高楼水路运输安全管理检查站、山东省张楼水路交通稽查站等13个单位加挂海事办事处的牌子。市地方海事局依据国家和山东省有关法律、法规，履行济宁辖区通航水域水上交通安全监管职责。
船舶检验
1991年，根据中华人民共和国船舶检验局要求，按照《内河船舶防污染结构与设备规范》，对长航营运船舶安装油水分离器设备和排放控制系统以及装设污油水舱（柜），签发防止油污证书。1994年后，每年定期召开全市造船工作会议和举办船厂质检员培训班，并开展船厂生产技术条件认可工作。2004年开始，按照省厅船检局要求，对6000余艘货运船舶开展船检登记号的焊接安装工作，对每一艘船舶在焊接船检登记号前都进行主尺度复核，坚持“谁检验、谁负责、谁安装、谁负责”原则，确保每一艘船舶船证相符，规范全市水运市场秩序。按照国家南水北调工程建设要求，保护京杭运河水环境，实施京杭运河船型标准化示范工程，对济宁辖区钢丝网水泥船、水泥质船舶、钢质挂桨机船舶进行淘汰和拆解改造，通过评审，在22家船厂中选出9家造船质量比较好的船厂作为挂桨机船拆解、改造定点厂。2004—2006年，共淘汰钢丝网水泥船844艘，98728载重吨；钢质挂桨机船舶拆解改造213艘，23070载重吨，发放政府补贴资金725万元。2006年下发《关于加强船舶建造质量工作的紧急通知》，杜绝无图施工、不按图施工的现象，严把船舶检验质量关，有效遏制低质量船舶进入航运市场，认真开展治理低质量船舶活动，对船长超过50米的1艘低质量船舶进行附加检验及稳定性校核。2010年，开展“船舶吨位丈量专项检查活动”，彻底纠正大船小证等船证不符的现象，创造公平的市场环境，检验到位率、顾客满意率、证书发放合格率、船检机构及验船人员工作过错计分等四项指标圆满完成。另外，根据船舶流动分散，部分工程船舶常年在外地施工实际情况，每年组织验船人员赴外地进行船舶检验10～20次，检验船舶1000余艘。
船员管理
1995年，济宁市船员考试技术委员会成立。同年11月14—16日，组织各乡镇船舶管理站和有船单位参加“长江分道航行规则”培训班。1994—2003年，共组织全省统考31期。2000—2001年，按照省交通厅要求，开展在岗船员再培训工作，共培训船员8000人。2003年，首次实行全国统考，2003—2005年，共组织全国统考7期。
2005年，开展“长江干线整治船员持假证上船任职统一执法行动”，对船员档案资料重新进行立卷整理，共整理各类船员档案11678卷，签发五等及以上各等级船员适任证书1203本；非机动船舶驾长证666本；船员服务簿896本。2006年，建立严格的培训、考试、审验、发证制度，严把船员资历关、培训关和考试关，组织2期航行于长江干线三等船员全国统考、9期山东省内河机动船、1期二等非自航工程船和1期客船船员特殊培训、考试，共培训船员807人次，签发五等及以上各等级新版船员适任证书2935本，非机动船舶驾长证1023本，船员服务簿2149本。
2007年，组织航行长江干线三等船员全国统考和山东省内河机动船船员考试各3期，考试船员1131人次，组织3期辖区内旅游船、客渡船特殊船舶船员的培训考试，签发五等及以上各等级新版船员适任证书1754本，非机动船舶驾长证1150本，船员服务簿699本。2008年，组织2期航行于长江干线三等内河船舶船员的适任考试，考试船员448人，组织5期非长江干线三等内河船舶船员的适任考试，考试船员969人；客船特殊培训3期，培训船员135名。签发各等级职务机动船船员适任证书1202本，船员服务簿1382本；发放非机动船员适任证书596本；非机动船员适任证书审验585本。
2009年，依据《中华人民共和国船员条例》和《内河船员考试发证规则》，成立济宁市内河船员考试阅卷工作机构，制定船员考试发证工作制度和流程，进一步规范船员考试发证工作。组织2期航行长江干线三等内河船舶船员和8期山东省内河三等船舶船员的适任考试，考试船员2156人次；客船特殊培训考试1期，考试船员27人；五等船舶驾长考试2期，考试船员218人；二等非自航船员考试1期，考试船员61人。签发各等级职务适任证书1435本，各等级职务适任证书有效审验1261本，船员服务簿3635本；非机动船驾长证换、发证书594本，驾长证书审验600本。
2010年，共组织航行于长江干线三等内河船舶船员的适任考试3期，省非长江船员适任统考4期，五等驾机员船员考试3期，全国统考和省统考船员1820人次，签发船员服务簿3039本，共签发各类船员适任证书1555本，其中签发内河机动船员适任证书909本；审验船员适任证书1320本。
通航安全保障
建立水上交通安全保障体系及巡航管理制度，修改完善《济宁市地方海事局京杭运河防堵保畅应急预案》。枯水及洪汛季节，根据航道水位变化及船舶拥堵情况，及时启动相应级别的《防堵保畅预案》。联合相邻省市地方海事局，对苏鲁两省交界水域京杭运河等重点航段，采取共同交通管制措施，并及时发布限航通告。1991—2010年，对老万福河、洙水河、京杭运河等航道，实施大面积交通管制6次，疏通滞留船舶10万余艘次。
水上应急保障
建设水上搜救防污体系，提高应急反应能力，建成鲁桥、留庄、微山、韩庄4个水上搜救应急基地，配备应急搜救船舶。利用38个视频监控点及救助专用通信工具和图像传输设备，语音、数据、图像为一体的调度指挥系统，建立指挥中心值班制度、交接班制度、调度制度和上报制度，强化对船闸、重要航段、主要渡口、危险品作业区、旅游码头等重要区域的远程视频监控。
2009年，成立济宁市水上搜救中心，相继成立鲁桥、留庄、微山、韩庄、梁济运河（工程处）应急分中心，配置60吨、150吨打捞船2艘、搜救拖轮1艘、鲁搜救11、12两艘、海巡艇19艘；建立应急物资储备库，购置大批包括升降灯、切割机、橡皮艇、围油栏、吸油毡、撇油机等应急物资。同年，参加由省厅港航局在枣庄水域组织的大型水上综合演习。2009年、2010年分别组织辖区港航系统大型综合演练。2010年，协调电讯部门，开通全国水上应急救援电话“12395”。通过船民报警、110转警、群众报告等方式组织水上应急队伍参与人员落水打捞、船舶失火消防、防污应急等救援工作，有效维护人民生命、财产安全及水域清洁。
2007年11月21日，山东省首次地方海事演练在微山湖区举行。
