1991年，全市完成货运量201.2万吨，货物周转量42.1亿吨公里，此后航运系统通过转变航运管理职能，实行政、事、企分开，推行各种形式的经济责任制，转换内部经营机制，全市航运业不断焕发生机和活力。2010年，全市完成货运量2701万吨，货物周转量115亿吨公里，分别比1991年增长213.7%、173.2%。
千吨级拖队行驶在京杭大运河三级航道上 （2004年10月摄）
水运市场
京杭运河通航条件的日益改善，船舶日益大型化、规范化，船队的拖带能力由过去的千余吨增至7000余吨，专业运输队逐步实现供、运、销一条龙服务；社会投资水运市场的积极性愈来愈高涨，各种经济成分互相渗透，全社会多元化办水运的步伐明显加快。至2010年，全市拥有各类登记船舶10887艘，船舶运力180万载重吨，年完成水路运输货运量2701万吨。拥有各类注册造船企业38家，年造船能力约10万吨，总产值近亿元。全市水运企业发展至80余家，航运从业人员10万多人。全市形成集船舶运输、港口装卸、港航工程、水运项目规划、设计、施工、物资营销、船舶制造与检验、海事、水路交通稽查和航政、运政管理于一体的综合航运体系，年航运社会总收入20多亿元，上缴国家规费和税收约2亿元，航运业成为济宁经济发展新的增长点和重要产业之一。
行业监督
积极稳妥进行航运体制改革，实现政、事、企分开；严把船舶检验关和市场准入关，特别是通过强制水泥船退出京杭运河长航运输市场和挂桨机船拆解改造，一大批水泥船和小吨位老旧船舶退出航运市场，优质、标准化、大吨位钢质驳船成为济宁市水运市场的主力，船舶运力结构得到明显改善，船舶安全系数和经济效益明显提高；全面落实水运安全生产责任制和长效管理机制，积极开展水路运输市场秩序专项治理，依法打击和惩处港口码头乱搭乱建、超限、超载运输、恶意竞争等违法经营现象，确保航道畅通，全市水路运输市场秩序井然。2002年、2003年，相继开展创建省级和国家级文明样板航道活动，组织开展文明单位、文明窗口、文明码头、文明船员等形式多样的群众性创建活动，京杭运河济宁段被交通部命名为国家级文明样板航道，济宁航运系统被山东省文明委、省交通厅命名为省级文明交通行业。