1991—2010年，随着京杭运河山东段三级航道的开通，济宁市从事水路客货运输的船舶种类更加齐全，不仅能满足南四湖水域客渡形势的发展要求，同时也可满足济宁与江、浙、皖、沪等地货运交流的需求，而且湖区旅游工具的多样性得以全面拓展，湖区专门的旅游船应运而生，极大促进了湖区旅游业的发展。
微山县造船厂 （2006年摄）
1991年后，济宁市各船舶修造厂建造水运市场急需的钢丝网水泥客渡船、钢丝网水泥干货驳、钢丝网水泥挂桨机船，单船载重100吨～150吨。钢丝网水泥船制造工艺简单，具有很好的抗腐蚀性和耐用性，兼具造价低、维修简便、又可节省大量钢材木材的特点，很受广大船民欢迎。1994年为钢丝网水泥船拥有量的高峰，全市实有干货驳325艘，2.7万载重吨，挂桨机船84艘，2482千瓦，6527载重吨。钢丝网水泥船的建造一直延续到2000年。 1996年，京杭运河济宁至台儿庄段续建工程开工实施，航道经过截弯取直、拓宽、挖深和渠化，2000年续建工程竣工，新建京杭运河主航道具备三级航道标准的通航能力，为发展航运事业提供了良好的自然条件，之后形成几次船舶更新换代的高潮。《国务院关于太湖水污染防治“十五”计划的批复》，规定自2001年10月1日起，禁止水泥质船进入京杭运河浙江段；2002年1月1日起，禁止水泥质船进入京杭运河苏南段；2000—2002年，单船300载重吨以下的钢质干货驳全部淘汰。 2004年7月1日起，全面禁止水泥质船进入示范工程实施范围内的京杭运河航道。2003—2005年，建造一大批500～800载重吨的钢质干货驳，一般运输船队的运输量在6000～9000载重吨。2005—2008年，对钢质挂机桨机船进行落舱改造，极大改善船舶的技术性能。2008—2010年，又形成一次建造一般干货船的高潮，单船载重吨800以上，最大的4000载重吨，船长超过80米，主机总功率1470千瓦。 2010年，全市登记客运、货运、工程和专用等各类船舶10887艘、总吨位338.48万吨、109.84万千瓦、4138客位。 船舶种类 客运船舶，包括客渡船、汽车渡船、普通旅游客船、餐饮旅游船、高速旅游船、游览艇等。 货运船舶，包括普通拖船、长江专用拖船、干货驳、一般干货船、甲板货船、半舱货船、集装箱船、多用途船、加油船、油囤船等。 工程和专用船舶，包括绞吸式挖泥船、铲斗式挖泥船、交通船、宿舍趸船、打捞船、救助船、航标船、排挡船、海巡船等。 客渡船舶 济宁地区客运船舶早期船型不一，在进入21世纪前基本以钢丝网水泥客渡船为主，2000年起，为改善湖区群众的交通出行条件，市港航部门出资帮助湖区水路客运公司更新改造10余艘钢质客渡船，陆续淘汰落后的钢丝网水泥客渡船，并帮助水路客运企业建造6艘汽车渡船。湖区水路客运公司还先后引进玻璃钢游览艇和旅游客船，促进微山岛和南阳古镇两大旅游景区的繁荣和发展。 挖泥船在京杭大运河三级航道上施工 （2005年11月摄）
疏浚船舶 1991年，济宁地区施工的最大挖泥船为水电部十三局的350立方米/小时绞吸式挖泥船。随着内河航道开挖工程不断增加，原有挖泥船不适应新工程的需求，济宁市水上疏浚工程单位相继建造DX600—120铲斗式挖泥船和400立方米/小时绞吸式挖泥船，至2002年，京杭运河河系已拥有80～400立方米/小时绞吸式挖泥船42艘，施工效率大幅提高，为京杭运河续建工程、日常航道维护和水利施工发挥了重大作用。
1991年后，济宁市各船舶修造厂建造水运市场急需的钢丝网水泥客渡船、钢丝网水泥干货驳、钢丝网水泥挂桨机船，单船载重100吨～150吨。钢丝网水泥船制造工艺简单，具有很好的抗腐蚀性和耐用性，兼具造价低、维修简便、又可节省大量钢材木材的特点，很受广大船民欢迎。1994年为钢丝网水泥船拥有量的高峰，全市实有干货驳325艘，2.7万载重吨，挂桨机船84艘，2482千瓦，6527载重吨。钢丝网水泥船的建造一直延续到2000年。 1996年，京杭运河济宁至台儿庄段续建工程开工实施，航道经过截弯取直、拓宽、挖深和渠化，2000年续建工程竣工，新建京杭运河主航道具备三级航道标准的通航能力，为发展航运事业提供了良好的自然条件，之后形成几次船舶更新换代的高潮。《国务院关于太湖水污染防治“十五”计划的批复》，规定自2001年10月1日起，禁止水泥质船进入京杭运河浙江段；2002年1月1日起，禁止水泥质船进入京杭运河苏南段；2000—2002年，单船300载重吨以下的钢质干货驳全部淘汰。 2004年7月1日起，全面禁止水泥质船进入示范工程实施范围内的京杭运河航道。2003—2005年，建造一大批500～800载重吨的钢质干货驳，一般运输船队的运输量在6000～9000载重吨。2005—2008年，对钢质挂机桨机船进行落舱改造，极大改善船舶的技术性能。2008—2010年，又形成一次建造一般干货船的高潮，单船载重吨800以上，最大的4000载重吨，船长超过80米，主机总功率1470千瓦。 2010年，全市登记客运、货运、工程和专用等各类船舶10887艘、总吨位338.48万吨、109.84万千瓦、4138客位。 船舶种类 客运船舶，包括客渡船、汽车渡船、普通旅游客船、餐饮旅游船、高速旅游船、游览艇等。 货运船舶，包括普通拖船、长江专用拖船、干货驳、一般干货船、甲板货船、半舱货船、集装箱船、多用途船、加油船、油囤船等。 工程和专用船舶，包括绞吸式挖泥船、铲斗式挖泥船、交通船、宿舍趸船、打捞船、救助船、航标船、排挡船、海巡船等。 客渡船舶 济宁地区客运船舶早期船型不一，在进入21世纪前基本以钢丝网水泥客渡船为主，2000年起，为改善湖区群众的交通出行条件，市港航部门出资帮助湖区水路客运公司更新改造10余艘钢质客渡船，陆续淘汰落后的钢丝网水泥客渡船，并帮助水路客运企业建造6艘汽车渡船。湖区水路客运公司还先后引进玻璃钢游览艇和旅游客船，促进微山岛和南阳古镇两大旅游景区的繁荣和发展。 挖泥船在京杭大运河三级航道上施工 （2005年11月摄）
疏浚船舶 1991年，济宁地区施工的最大挖泥船为水电部十三局的350立方米/小时绞吸式挖泥船。随着内河航道开挖工程不断增加，原有挖泥船不适应新工程的需求，济宁市水上疏浚工程单位相继建造DX600—120铲斗式挖泥船和400立方米/小时绞吸式挖泥船，至2002年，京杭运河河系已拥有80～400立方米/小时绞吸式挖泥船42艘，施工效率大幅提高，为京杭运河续建工程、日常航道维护和水利施工发挥了重大作用。