京杭运河济宁段三级航道全线贯通 （2000年11月摄）
航道
京杭运河流经济宁市210公里，南北贯穿微山湖（南四湖），与京杭运河相连、流域面积大于50平方公里的支流河道91条，总长1516公里，河网密度为百平方公里13.4公里。1991年后，全市水路运输建设步伐加快，济宁市的对外交通条件得到较大改善。“九五”期间，京杭运河济宁段续建工程开工建设，至2000年11月，京杭运河济宁至台儿庄段三级航道贯通，彻底改变济宁内河主航道不畅的局面，港航业服务地方经济社会发展的能力得到极大提高。2010年，全市通航里程1100公里，其中三级航道153公里。各类港口、作业区80余处，年吞吐能力5167万吨。拥有各类船闸6座，其中二级船闸2座，三级船闸1座。全市12个县（市、区）中有8个县（区）可通航500吨级船舶。重要的支流航道有洙水河航道、白马河航道、新万福河航道、老万福河航道、西支河航道、复兴河航道、薛微航道7条。按照各条航道对内河航道体系所发挥作用的大小，济宁市将内河航道统一划分为主要航道、地区性重要航道和一般航道三个层次，并稳步推进航道建设。其中，主要航道有京杭运河主航道、白马河航道、洙水河航道。
京杭运河主航道（济宁至台儿庄段）1993年，国家计委批准《京杭运河（济宁至徐州）续建工程济宁至台儿庄段可行性研究报告》，该工程被列为国家“九五”期间重点水运项目，也是20世纪山东省最大的内河水运建设项目。1995年1月以交基发〔1995〕34号文对总体设计进行批复，批准总体设计概算为14.96亿元，建设内容包括：济宁至台儿庄Ⅲ级航道164公里；二级坝、韩庄、万年闸和台儿庄4处Ⅱ级船闸；太平港、留庄港、泗河口港、滕州港进港航道；新建或扩建郭庄、付村、泗河口、太平、留庄、滕州、台儿庄等港口，以及其他配套工程。1997年11月1日开工建设，2000年10月28日竣工验收。至此，济宁至台儿庄段的三级航道全线贯通，千吨级货船可往返于济宁至江南航线，年通航能力达2600万吨。
京杭运河主航道（东平湖至济宁段） 是国家规划的内河“一纵两横两网”中“一纵”的重要组成部分，是交通部“十一五”规划的重点工程，概算投资23.51亿元，主要建设项目包括按三级航道标准新建99公里航道，新建长沟、邓楼、八里湾3座船闸，改造不符合通航要求的跨河桥梁，配套建设5个港区。该工程北起泰安市西南部的东平湖，南至济宁市南部的南四湖，沿线煤炭、石灰石、黄砂等矿产资源丰富，是山东省资源开发的重点地区。京杭运河东平湖至济宁段航道也是排涝、泄洪和发展航运的重要通道。2000年7月，山东省结合南水北调工程，开始进行调水恢复京杭运河济宁以北段通航的研究工作。2009年9月1日，京杭运河东平湖至济宁段航道工程的长沟、邓楼和八里湾3座船闸的可行性研究获得山东省发改委批复。2009年底，工程前期工作大部分完成。2010年开工建设，分为航道、桥梁、船闸等项工程。航道建设按三级航道标准，济宁辖区内全长79.23公里；改造桥梁28座；建设2座二级船闸（长沟、邓楼船闸）。航道及桥梁工程于2013年底完成，长沟船闸、邓楼船闸于2015年完成。
白马河航道 是京杭运河的重要支流航道，全长60公里，流经邹城、曲阜、兖州、微山三市一县。1996年，京杭运河（济宁至徐州段）续建工程全线动工，白马河航道（太平港进港航道）工程作为续建工程的组成部分，概算投资9000万元。但因地方配套资金不到位，该工程一直未能开工。2002年，经山东省交通厅、济宁市政府批准，采取社会融资方式，筹资5500万元，于当年11月开工建设白马河航道疏浚工程；按五级航道标准疏浚白马河岚济桥至京杭运河主航道34公里。2003年6月竣工，成为山东内河历史上第一条通过社会集资方式开挖的航道。
白马河航道施工现场 （2002年摄）
洙水河航道 洙水河是连通京杭运河和郓巨河的主要河流之一，西起菏泽市东明县，经巨野、嘉祥、任城、微山等县（区）流入南四湖，也是一条横跨菏泽、济宁两市的防洪、排涝、抗旱兼有航运功能的河道。2005年6月23日，山东省发展改革委员会下发《关于京杭运河洙水河航道改造工程核准项目的批复》，同意对洙水河航道实施改造工程。2008年12月24日，京杭运河洙水河航道改造工程初步设计正式通过山东省交通厅和省发改委联合批复。至2009年，前期准备工作基本完成。洙水河航道建设总长度为51.85公里，总投资2999.76万元。其中，洙水河口至嘉祥港段31.8公里，按三级通航标准设计建设；嘉祥港至巨野港段19.81公里，按四级通航标准设计建设；建设嘉祥船闸1座，船闸有效尺度230×23×4米，设计年通过能力1960万吨；改造沿线桥梁16座（公路桥2座，生产桥14座）。建设泗河口作业区、留庄作业区两条主要进港航道。泗河口作业区、留庄作业区两条主要进港航道于2001年完工。泗河口作业区进港航道，三级航道标准，配套疏浚进港航道4.9公里，底宽50米，航道边坡1∶5；留庄作业区进港航道，三级航道标准，配套疏浚进港航道2.7公里，底宽50米，航道边坡1∶5。
船闸
韩庄二线船闸 韩庄二线船闸是国家计委《京杭运河（济宁至徐州）续建工程济宁至台儿庄段可行性研究报告》批准的建设项目之一，建于微山县韩庄镇南四湖东南部的韩庄运河上，距微山湖湖口4公里。船闸上游引航道与原韩庄运河相接，下游引航道与新开挖的一段航道相接。船闸级别为Ⅱ级，船闸有效尺度为230米×23米×5米，设计单向年通过为2600万吨，总投资6036.85万元。船闸初步设计于1992年5月完成，1995年3月通过交通部和山东省联合审查。1995年8月完成施工设计。1997年5月21日开工建设，2000年3月20日建成，2000年9月6日工程交工，2000年12月22日正式投产。
港口
1997年，《山东省内河航道及港口布局规划》将济宁港规划为山东省的主枢纽港口，同时是国家28个主要内河港口之一。其后建设泗河口港、济宁西港。但由于京杭运河山东段航道条件较差，再加上建设档次低，济宁港明显落后于地方经济发展。2000年后，山东省加快内河航运体系的建设，济宁市政府提出构建“运河之都”和加快实施“以河兴市”战略，随着京杭运河续建工程竣工和三级航道的实现，带动地方港口和私人经营装卸点的建设，济宁港的吞吐能力显著提高。
2004年，济宁市组织编制完成《济宁港总体规划（梁济运河段）》，对原零星分布在京杭运河及其支流上的码头进行整合，保留少数建设较规范的码头，重新规划建设8大港区，分别是任城区以及市中区的主城港区、微山港区、梁山港区、汶上港区、嘉祥港区、邹城港区、金乡港区、鱼台港区。其中主城港区为核心港区，微山港区为重要港区，其他港区为一般港区，8大港区下设26个作业区。2009年，对济宁城区附近的30多个小码头进行清理，完成跃进沟作业区和龙拱河作业区建设，开启济宁港从量变到质变跨越式发展的新时代。
济宁港 （2007年4月摄）
2010年，济宁港有42个码头，126个泊位，吞吐能力4200万吨，各泊位分布在京杭运河主航道及其支流航道上，多数距矿井10公里之内，最近处不到1公里，主要为煤炭、水泥南运服务，下行至苏、浙、沪一带。
济宁西港 是国家计委《京杭运河（济宁至徐州）续建工程济宁至台儿庄段可行性研究报告》批准的港口建设项目之一。济宁西港建港第一期工程在梁济运河八里庙公路桥以北，郭庄村以南，河左岸，港口设计能力200万吨，该港共设5个泊位，其中1000吨级件杂泊位2个，300吨级煤泊位2个，300吨级工作船泊位1个，总投资1.31亿元。一期工程（3个300吨级泊位）1992年11月9日正式开工，主体工程1993年9月竣工；二期工程（2个1000吨级泊位）2001年7月开工，2003年4月竣工。
泗河口港 国家计委《京杭运河（济宁至徐州）续建工程济宁至台儿庄段可行性研究报告》批准的港口建设项目之一。年吞吐量为500万吨，一期工程250万吨，建港资金全部由兖矿集团有限公司自筹，一期工程完成项目为建1000吨级（兼靠2000吨级驳船）混凝土重力式码头1座，长60米，宽24米，以及其他配套设施，工程总投资1.4亿元，2000年9月正式开工，2001年12月31日竣工投产。泗河口港投产后，煤炭由井下通过皮带机运至前方货场或直接装船，从每个工艺流程到每台设备，全部实现中央控制室PLC（编程控制）集中控制，生产线基本可以实现无人操作。从办公到指挥生产、市场信息调研全部实现网络化。煤炭装船采用电子皮带称计量，机械化、自动化程度较高，处于山东省内河港口的领先地位。
新太平港 位于老太平港对岸，距京杭运河新主航道33.7公里。是国家计委《京杭运河（济宁至徐州）续建工程济宁至台儿庄段可行性研究报告》批准的港口建设项目之一。2001年12月，由济宁水运工程设计室设计，设计靠泊能力为300吨级。建设内容包括300吨级码头2座，总长为200米，工程总预算670.2万元，2005年完成。
留庄新港 国家计委《京杭运河（济宁至徐州）续建工程济宁至台儿庄段可行性研究报告》批准的港口建设项目之一。位于昭阳湖东岸的微山县留庄乡西南约1.5公里湖东大堤西侧，北临原留庄港小荆河进港航道。设计规模200万吨，其中50万吨列入国家计委批准的京杭运河续建工程建设计划，150万吨为地方自筹资金建设，建设1000吨级泊位1个，300吨级泊位2个，国家投资2043.62万元。1993年下半年开工建设，1995年底完成。
济宁泗河口港 （2006年10月摄）
傅村港 国家计委《京杭运河（济宁至徐州）续建工程济宁至台儿庄段可行性研究报告》批准的港口建设项目之一。位于济宁市微山县傅村镇，京杭运河主航道东岸，紧邻济微公路。规模200万吨，建500吨级泊位2个，300吨级泊位4个，工程概算为6080.39万元，2003年建设完成并投入使用。
跃进沟作业区 位于任城区京杭运河左岸支汊跃进沟河口段两岸，坡石桥至跃进沟河口之间，年设计吞吐量550万吨，通过能力597.7万吨，项目用地46公顷，建设1000吨级煤炭泊位6个，工作船泊位1个，码头岸线总长534.5米，工程决算投资为3.03亿元，由马来西亚森达美集团与济宁市合资建设。2008年7月开工，2009年12月竣工，2010年2月投入试运营。
龙拱河作业区 位于济宁市任城区，在单庙南侧，陆域开阔，水域条件良好，与单庙相距不远。港区东侧有京杭主航道（梁济运河段）经过，南侧为龙拱河。济宁港主城港区龙拱河作业区工程由济宁森达美港有限公司投资建设，项目用地18公顷，建设3个1000吨级泊位（其中2个煤炭出口泊位、1个散货泊位），码头岸线总长228.8米；港口年设计吞吐量210万吨，通过能力280万吨；项目总投资1.53亿元。2009年9月2日开工建设，2012年6月建成并开始试运行。
祥城作业区 位于嘉祥县城南，洙水河航道北岸，与京杭运河主航道相距27公里，向北距新日铁路垂直距离300米。建设规模为新建2个1000吨级件杂货泊位，2个1000吨级散杂货泊位，4个1000吨级煤炭泊位和1个工作船泊位，设计年通过能力589万吨，年吞吐量500万吨，工程批复初步设计概算为5.37亿元。2010年2月开工建设，2012年5月完工并投入试运营。