1991年始，济宁市天主教教堂相继开始重建、新修，对河宴门教堂，金乡县郎楼、杜楼，汶上县高庄，泗水县汤家庄，嘉祥县申楼和微山县天主教堂进行重建。对古老的戴庄教堂、兖州主教府、嘉祥方道沟和卢楼教堂进行全面的修复。2010年，济宁市有天主教教徒6985人。其中，市中区200人，任城区1410人，兖州市1017人，曲阜市360人，泗水县520人，邹城市46人，微山县2000人，鱼台县125人，金乡县253人，嘉祥县368人，汶上县100人，梁山县586人。
戴庄天主教堂
位于任城区李营镇戴庄村（精神病防治院内），始建于1892年，建成于1911年，教堂为哥特式建筑，建筑面积516平方米。该原址为戴家所有，故称戴家庄。后变卖给清朝武官李澍，并建起李澍花园，名为“荩园”。“荩园”久负盛名，曾有“尘世蓬瀛”之雅称。李澍后裔因生活奢侈而破产，将全部院落卖给天主教会。后称戴庄天主教堂。当时由德籍安治泰主教和奥地利籍福若瑟神父创建，分东西两大院落，占地180余亩。东院为圣神会修女院，西院为圣言会神父和神学院修生居住，两院楼房瓦舍1000余间，主要建筑有：圣堂、修道院楼、修女楼、神父宿舍楼、主教院长办公楼、神学院教学楼、工人住宿群楼，整体布局以教堂为中心，其余建筑罗列四周。1946年，济宁第一次解放时，济北县政府机关曾借用戴庄教会部分房屋办公。1948年，济宁第二次解放后，为军队渤海医院所占用，后改为康复四院和十一院，1956年，续办精神病防治医院和干部疗养院。1992年6月，干部疗养院撤销。1997年，设立山东省安康医院（与省公安厅合办）。1987年10月，将教堂及7间更衣室归还给教会。2002年10月，教会投资40多万元将教堂修复一新，之后每年天主教“四大瞻礼”活动经宗教部门同意后在此举行。1992年6月为山东省重点文物保护单位。
兖州天主教堂
为兖州教区主教府驻地，始建于清光绪二十三年（1897年）。清光绪年间，德国传教士安治泰受德国圣言会的派遣，多次来兖州传教建教堂，遭到城内绅民的强烈反对。清光绪十七年（1891年），德国传教士强行住进兖州城，清光绪二十三年（1897年）开始兴建天主教堂。地址在城内钟楼街（当地人称南教堂）。1924年山东天主教总堂由阳谷迁至兖州，改称兖州教区，主教府设在兖州天主教堂内。从此，兖州天主教堂成为鲁西南天主教的活动中心，罗马教廷先后派到兖州天主教堂来的外籍传教士多达202人，鼎盛时期，教堂内有中外神甫、修女、修士、信徒1484人。兖州市十分重视天主教堂的文物保护工作，市民宗局、文化局等部门多次对天主教堂进行考察，采取多种方式筹集资金，聘请专业古建筑修复队对其进行保护性维修，确保文物和宗教活动场所的安全。2004年3月，市财政拨款20万元，对图书楼进行了维修，2004年6月，市民宗局协调市建设局兑现天主教会拆迁补偿款17.5万元，对主教楼进行维修；2005年4月，又多方筹资35元，对小院进行维修。经过多次维修，天主教堂已初现往日风采，成为兖州市有名的旅游景点之一。兖州天主教堂2005年通过省文物专家组检查验收，被评为省级文物保护单位。
河宴门天主教堂
始建于1881年，由奥地利神甫福若瑟与德籍安治泰神甫在国外募集捐款于济宁河宴门购地建造，总占地面积4356平方米，建筑面积399.3平方米。1942年，该教堂因多年风蚀呈危状，由布奇黑神父与王西安修女募集捐款重新修建。解放前后一直由王西安修女所管理。1990年12月宗教政策落实后，经济宁市宗教事务部门批准河宴门圣若瑟天主教堂恢复正常宗教活动。1996年12月，济宁市人民政府批准，投资100多万元重新建造河宴门教堂，建筑面积1077.29平方米，总建筑面积1329.56平方米。