乡镇卫生院
1991年，多数乡镇卫生院业务量持续下降，生存艰难。1993年，启动创建一级甲等医院工作。1994年，在全市推广曲阜市村卫生室村办乡管，乡村一体化管理模式。村卫生室作为乡镇卫生院的分支机构，人员、药品、财务统一管理，工作统一安排，工资统一发放。1996年，市政府印发《关于“九五”期间加强农村工作的意见》，提出1个乡镇只设置1处乡镇卫生机构的工作要求。各地相继把已经分设的乡镇防保站重新合并到乡镇卫生院。1997年，济宁市开展乡镇卫生院重新定型定编工作。全市163个卫生院中，56个定为中心卫生院，107个定为一般卫生院。对中心卫生院，按照建成相邻几个乡镇的区域性医疗卫生技术中心的要求，在资金投入、技术力量配备、设施装备上进行倾斜。对一般卫生院，适当控制发展规模，着力提高其预防保健和卫生技术服务水平。1998年，县以上医疗卫生机构选派医务工作者组成医疗队下乡，赠送医疗设备、器械。2002年8月，市政府印发《关于农村卫生改革与发展的实施意见》，确定曲阜、嘉祥、微山等县（市、区）为改革试点，继续组织开展以人人享有初级卫生保健为目标、以乡村一体化管理为组织形式、以全科医疗为基本服务方式、以合作医疗制度为保障的“四位一体”的农村卫生服务新模式创建活动。2003年，随着农村小乡镇的合并调整，全市乡镇卫生院由163个减少为143个。2004年，市级财政投入150万元用于乡镇中心卫生院“改容改貌”建设。2005年，全市各县（市、区）乡镇卫生院的人员、业务基本重新收归县级管理。2006年6月，全市关爱农村党员健康行动启动仪式在泗水县圣水峪乡中心卫生院举行。2009年7月，市卫生局制定印发《济宁市新型农村社区卫生服务机构（中心卫生院）建设方案（试行）》，全面推行乡村一体化管理。2010年3月15日，兖州市、邹城市、微山县的37家乡镇卫生院全面实施国家基本药物制度，实行药品零差率销售。10月1日起，全市卫生系统实施国家基本药物制度。
2010年，全市共有乡镇卫生院140家。
村卫生室
1991年，在村卫生室创建甲级卫生室活动主要结合初级卫生保健工作进行。曲阜市、兖州市实行创建甲级卫生室有奖的办法，每创建1处由乡镇政府奖励1000～2000元。1992年，鱼台县张黄乡卫生院对村卫生室实行“人员、工资、药品、财务”统一管理。1993年，鱼台县政府在张黄乡召开现场会，在全县推广张黄乡卫生院的做法。1995年，微山县政府印发《关于对村卫生室实行村办乡管、乡村一体化管理的意见》，市卫生局及时转发给各县（市、区）政府，并提出1996年实行一体化管理的乡镇达到70%、1997年全部普及的工作目标。到1999年底，全市实行一体化管理的乡镇达到152个。梁山县实行乡村一体化管理后，村级卫生机构由原来的1014个精简为245个，人员由原来的1544人精简为1258人，卫生室平均面积由30平方米增加到180平方米，医疗设备、流动资金均有很大增加，人均月工资640元。2006年，曲阜市对52处村卫生室进行规范化建设，每新建1处，市政府给予5000元补助。嘉祥县将原来的396处村卫生室调整为556处。2007年，市卫生局印发《关于加强新农村村卫生室（所）规范化建设的意见》，将原有的7077家卫生室合并调整为5404家，未达标村卫生室3575家。市级财政投入114万元，完成114家社会主义新农村村卫生室建设。全市有村卫生从业人员1.55万人，1.43万名乡村医生经培训、考试考核合格取得从业资格。2008年，济宁市有3020个村卫生室列入省规划建设范围。2009年，在全市乡村医生中开展服务好、质量好、群众满意的“两好一满意”活动。2009年4月，与乡村医生签定《乡村医生手足口病防治保证书》。2010年，嘉祥县、曲阜市等县（市、区）对新农合定点村级卫生所实行了“五统一（统一联网、统一集中采购、统一配送、统一结算、统一即时补偿）”管理。
至2010年底，全市共有农村卫生室5412家。
第二节 农村卫生院室
视图
乡镇卫生院
1991年，多数乡镇卫生院业务量持续下降，生存艰难。1993年，启动创建一级甲等医院工作。1994年，在全市推广曲阜市村卫生室村办乡管，乡村一体化管理模式。村卫生室作为乡镇卫生院的分支机构，人员、药品、财务统一管理，工作统一安排，工资统一发放。1996年，市政府印发《关于“九五”期间加强农村工作的意见》，提出1个乡镇只设置1处乡镇卫生机构的工作要求。各地相继把已经分设的乡镇防保站重新合并到乡镇卫生院。1997年，济宁市开展乡镇卫生院重新定型定编工作。全市163个卫生院中，56个定为中心卫生院，107个定为一般卫生院。对中心卫生院，按照建成相邻几个乡镇的区域性医疗卫生技术中心的要求，在资金投入、技术力量配备、设施装备上进行倾斜。对一般卫生院，适当控制发展规模，着力提高其预防保健和卫生技术服务水平。1998年，县以上医疗卫生机构选派医务工作者组成医疗队下乡，赠送医疗设备、器械。2002年8月，市政府印发《关于农村卫生改革与发展的实施意见》，确定曲阜、嘉祥、微山等县（市、区）为改革试点，继续组织开展以人人享有初级卫生保健为目标、以乡村一体化管理为组织形式、以全科医疗为基本服务方式、以合作医疗制度为保障的“四位一体”的农村卫生服务新模式创建活动。2003年，随着农村小乡镇的合并调整，全市乡镇卫生院由163个减少为143个。2004年，市级财政投入150万元用于乡镇中心卫生院“改容改貌”建设。2005年，全市各县（市、区）乡镇卫生院的人员、业务基本重新收归县级管理。2006年6月，全市关爱农村党员健康行动启动仪式在泗水县圣水峪乡中心卫生院举行。2009年7月，市卫生局制定印发《济宁市新型农村社区卫生服务机构（中心卫生院）建设方案（试行）》，全面推行乡村一体化管理。2010年3月15日，兖州市、邹城市、微山县的37家乡镇卫生院全面实施国家基本药物制度，实行药品零差率销售。10月1日起，全市卫生系统实施国家基本药物制度。
2010年，全市共有乡镇卫生院140家。
村卫生室
1991年，在村卫生室创建甲级卫生室活动主要结合初级卫生保健工作进行。曲阜市、兖州市实行创建甲级卫生室有奖的办法，每创建1处由乡镇政府奖励1000～2000元。1992年，鱼台县张黄乡卫生院对村卫生室实行“人员、工资、药品、财务”统一管理。1993年，鱼台县政府在张黄乡召开现场会，在全县推广张黄乡卫生院的做法。1995年，微山县政府印发《关于对村卫生室实行村办乡管、乡村一体化管理的意见》，市卫生局及时转发给各县（市、区）政府，并提出1996年实行一体化管理的乡镇达到70%、1997年全部普及的工作目标。到1999年底，全市实行一体化管理的乡镇达到152个。梁山县实行乡村一体化管理后，村级卫生机构由原来的1014个精简为245个，人员由原来的1544人精简为1258人，卫生室平均面积由30平方米增加到180平方米，医疗设备、流动资金均有很大增加，人均月工资640元。2006年，曲阜市对52处村卫生室进行规范化建设，每新建1处，市政府给予5000元补助。嘉祥县将原来的396处村卫生室调整为556处。2007年，市卫生局印发《关于加强新农村村卫生室（所）规范化建设的意见》，将原有的7077家卫生室合并调整为5404家，未达标村卫生室3575家。市级财政投入114万元，完成114家社会主义新农村村卫生室建设。全市有村卫生从业人员1.55万人，1.43万名乡村医生经培训、考试考核合格取得从业资格。2008年，济宁市有3020个村卫生室列入省规划建设范围。2009年，在全市乡村医生中开展服务好、质量好、群众满意的“两好一满意”活动。2009年4月，与乡村医生签定《乡村医生手足口病防治保证书》。2010年，嘉祥县、曲阜市等县（市、区）对新农合定点村级卫生所实行了“五统一（统一联网、统一集中采购、统一配送、统一结算、统一即时补偿）”管理。
至2010年底，全市共有农村卫生室5412家。