2001年，市卫生局按照《山东省社区卫生服务中心（站）基本标准》，首批设置市中区北门等24家社区卫生服务站。2002年，公布市中区菜市等27家社区卫生服务站名单。2003年，公布曲阜市鲁城街道办事处苗孔等10家社区卫生服务站名单。
2004年，市卫生局、市经济体制改革办公室联合印发《关于加快发展我市城市社区卫生服务的意见》，实行政府调控与市场配置卫生资源相结合，推进城市卫生资源配置结构的战略性调整，鼓励大、中型医疗机构从事社区卫生服务，承办社区卫生服务机构，鼓励企事业单位、社会团体、个人等社会力量多方开办社区卫生服务机构，完善促进社区卫生服务发展的各项政策，提高社区卫生服务队伍水平。2006年10月，根据市政府《关于加快发展城市社区卫生服务的意见》，市卫生局制定印发《济宁市城市社区卫生服务发展规划（2006-2010年）》。2007年，市卫生局印发《济宁市公立医院支援社区卫生服务工作方案的通知》，建立医院与社区卫生服务机构双向转诊信息沟通渠道，制定双向转诊管理办法。市卫生局成立济宁市社区卫生服务专家技术组。市卫生局、市财政局制定印发《济宁市城市社区卫生服务机构设置规划》。全市共计划设置社区卫生服务中心34个，社区卫生服务站115个。2008年，市政府把城市社区卫生服务机构建设及村级卫生室建设列入市政府为民办十件实事。市卫生局、市财政局制定印发《济宁市社区卫生技术骨干和管理人员培训工作方案》。市卫生局、市科协联合开展百名中医专家、优秀中高级中医药专业技术人员进社区“三定（定时间、定地点、定人）”服务活动。市政府成立购买社区公共卫生服务项目管理委员会和绩效考评委员会，项目管理委员会和绩效考评委员会办公室设在市卫生局，市卫生局对全市城市社区卫生服务工作实行“五统、五定”模式管理。“五统”即统一形象标识、政策支持、具体任务、管理制度、服务标准和考核办法；“五定”即定任务指标和每项工作的权重、定社区卫生服务机构责任医师和责任护士、定社区卫生技术支持单位和转诊医院、定社区卫生服务机构居民满意度底线、定奖优淘劣退出机制。
2009年，市卫生局、市人口和计划生育委员会联合印发《关于转发卫生厅、省人口和计划生育委员会<关于加强和规范城市社区卫生服务机构开展计划生育技术服务工作的通知>的通知》，市劳动和社会保障局印发《关于将社区卫生服务机构纳入医疗保险定点范围的通知》，市卫生局制定印发《济宁市新型农村社区卫生服务机构（中心卫生室）建设方案（试行）》。2010年，济宁市基本公共卫生服务项目领导小组成立，当年，全市社区卫生服务站85处，社区卫生服务中心24处。