1992年，济宁市市中区妇幼保健院开展婚前健康检查工作，居住在济宁市城区拥有城镇户口的婚姻当事人进行婚前检查后方可到市中区民政局办理结婚登记手续。当年开展婚检1539人。1994年，市卫生局、市民政局联合印发《关于做好婚前健康检查工作的通知》，对全市婚前健康检查的范围、主管部门定点单位、技术要求等问题作具体规定。济宁市婚前健康检查会议召开，确定市、县妇幼保健院（站、所）为法定婚检定点单位。当年，全市共婚检16073次，检出各种疾病1209例。其中，患传染病的568例，遗传病的29例。1995年，全市有135个乡镇推行妇女儿童保健保偿服务，入保孕产妇人数为2.87万人。1995年与1990年相比，孕产妇死亡率由57.55/10万降至38.75/10万，婴儿死亡率由43.99‰降至32.01‰。1996年，市卫生局、市公安局联合印发《关于统一规范<出生医学证明>的通知》，除部分偏远地区和交通不便的地区存在少量的家庭接生外，基本实现住院分娩。1999年，市政府印发《关于加强母婴保健工作的意见》。2000年，市卫生局、市劳动局、市人事局、市总工会、市妇联联合印发《关于加强女职工保健工作的通知》，要求坚持每年一次的女职工妇科疾病和乳腺疾病查体。2003年，按照新的《婚姻登记条例》规定，婚检采取自愿原则，婚前保健基本停止。2004年，市卫生局规范全市妇幼保健统计表、簿、卡，全市统一使用。2005年，兖州市尝试婚检工作由市政府出资，婚检全部免费。市妇幼保健院开展孕产妇系统保健套餐服务，利用妇产科门诊对孕产妇进行系统管理，签订保健合同，建立孕产妇保健手册，并向各县（市、区）推广。2009年5月，市卫生局、市公安局印发《关于进一步加强<出生医学证明>使用管理的通知》，规范出生医学证明的签发、更换、补发，加强信息管理。6月，市政府印发《济宁市免费婚检工作实施方案》，在全省率先开展政府购买服务的免费婚检，建立婚姻登记与免费婚检机构“贴近式办公，零距离服务”的济宁模式，严格保护个人隐私，做到“一对一”宣传、“一对一”服务和“一对一”反馈。当年全市免费婚检率90%以上。9月，市卫生局印发《济宁市农村妇女增补叶酸预防神经管缺陷项目实施方案》，向全市农村妇女推广孕前和孕早期补服叶酸，预防神经管畸形。10月，市卫生局、财政局印发《济宁市农村孕产妇住院分娩项目实施方案》，对全市符合条件的农村孕产妇实施住院分娩补助，有效降低孕产妇死亡率和新生儿死亡率。2010年，“在全市推行免费婚检，免费婚检率达到90%”被确定为为民办十件实事。7月，济宁市建立以免费婚检、孕期检查、产前筛查和新生儿疾病筛查为主的优生优育信息平台，为待孕农村妇女和已经住院分娩的农村孕产妇（财政省管县除外）免费发放妇幼信息IC卡。10月，在市妇幼保健院成立济宁市终止妊娠鉴定检测中心，是全市唯一具备出具需要终止妊娠医学建议和选择性别终止妊娠报告资格的机构。