1990年，全市仪器设备主要有颅脑CT、X光机、血气分析仪、三导心电图机、脑电图机、B超、纤维胃镜、纤支镜、人工肾机、体外循环机等。1991年，济宁市传染病医院购置半自动生化仪、部分生化项目，实现了仪器操作。1992年，济宁市精神病防治院购进计算机断层扫描装置（CT岛津4500-TE），是全国精神病专科医院所配置的第一台全身CT，开业初期工作量每月700余例。
1997年后，全市医疗机构采用自筹、贷款、合作等方式，购进一大批具有世界先进水平的医疗仪器设备，全市医疗设备快速增加。万元以上设备有Max-640全身CT、Gateway 2D全数字化全身彩超、多功能中央监护系统、人工肾机、MODEL263动态心电图仪、手术超声吸引刀、RA-500全自动生化分析仪、经颅多普勒（TCD）、Evmatic-4000诱发电位仪、肌电图机、SARNS-7000型体外循环机等，设备价值和先进程度处于鲁西南地区医院前列。1998年，济宁市第一人民医院购进数字胃肠机、电离室拍片机；进行早期食管癌、胃癌及改良压迫肾盂造影的研究。购进飞利浦Gyroscan-5NT超导磁共振，开展磁共振血流成像（MRA）、磁共振胰胆管成像（MRCP）、泌尿系统水成像、心血管系统及腹部各脏器疾病的磁共振检查和诊断。购进全自动生化分析仪，增加十数项生化项目。2000年，济宁市第一人民医院购进DXP-1型相差显微镜，应用红细胞位相镜检技术，填补了省内空白。2001年，该院购进美国DR一台，成像性、分辨率、图像清晰度均有较高的水平，使X线胶片质量处于国内领先水平，使影像科全面机器数字化。2003年，济宁市第一人民医院购进美国ABI公司产7000型实时荧光定量PCR分析仪，使中心实验室工作由比色计数时代进入现代分子生物学领域的高科技高技术自动化标准化时代。同年，济宁市精神病防治院购进核磁共振成像（MRI）Airis-Ⅱ并投入使用，是全国精神病专科医院配置的第一台磁共振设备。购进伽玛射线头部立体定向放射治疗系统（简称“头部伽马刀”）并投入使用，是鲁西南地区第一台放射源治疗系统。到2010年，全市拥有先进精密的设备CT、螺旋CT机、双螺旋CT机、多层螺旋CT冠状动脉血管成像、CR数字系统及激光像机、3.0T磁共振机、高档1.5T磁共振机、大平板DSA、心脏血管造影机、高能双光子直线加速器、数字钼铑双靶乳腺机、数字彩色多普勒超声诊断仪、四维超声机、聚焦超声刀、多功能监护系统、同步呼吸机、电脑定容呼吸机、人工肾机、手术显微镜、体外循环机、手术超声吸引刀、PRK、DR、ECT、TCD、血栓消融仪、大型全自动生化分析仪、化学发光免疫分析仪、数字胃肠机、各种专业腔镜、大型高压氧舱等。2010年，14所全民所有制中医机构医疗设备总值1.25亿元，其中中医特色诊疗设备531台，总价值2009.57万元。