1991年，全市共有医疗卫生机构827个，经过20年的发展，2010年，全市有医疗机构6679个。其中，综合医院78家，中医院14家，中西医结合医院1家，专科医院17家，门诊部、诊所、卫生所等834家，专业公共卫生机构58家，医科所等其他卫生机构16家。共有床位2.92万个，执业（助理）医师1.43万人，护士1.19万人。
济宁市第一人民医院
位于济宁市市中心，始为1896年美国基督教北长老会及美国差会派传教士李家白（音译）在济宁牌坊街路东建立的巴可门医院。1932年改名为德门医院。1941年更名为中华基督教会医院，1945年恢复德门医院。1949年建立济宁市立人民医院，1983年定名为济宁市第一人民医院。1994年，被省卫生厅评为全省首批三级甲等医院，是山东省医学科学院研究生教学医院、解放军山东陆军预备役炮兵师医院、济宁医学院第一临床学院，也是山东省两个中西医结合基地之一，医院集医疗、教学、科研和预防保健功能为一体，辐射山东、江苏、安徽、河南4省的30个县（市、区）。2010年，医院占地9.34万平方米，建筑面积18.2万平方米，开放床位2006张；年门急诊量110万人次，出院7万人次，年手术3.02万台次；职工2900余人。其中，高级专业技术人员500余人，享受政府特殊津贴5人，济宁市有突出贡献中青年专家7人，济宁名医30人，博士后、博士、硕士450余人，硕士生导师23人，在全省市级医院中率先建立硕士研究生培养专业10个。设46个临床专业、20个医技科室，其中神经外科、小儿科、急诊科、心内科为省级特色重点学科，普外科、烧伤外科、神经内科为省医疗质量示范科室，心胸外科、骨科、眼科、内分泌科、血液科、妇科为市级重点学科。建立了国内一流的健康查体中心和标准化的重症医学科、病理科及整体供应室。医院拥有3.0T核磁共振、4DCT、ECT、大型DSA、主动脉球囊反搏泵、四维彩超、光子刀系统等高精尖医疗设备1410余台（套），价值2.13亿元。拥有冠状动脉搭桥术、心脏介入治疗术、肝肾移植术、微创外科等多项国内领先的专科诊疗技术。2002年全国首例自然受孕最低体重的五胞胎在该院成功分娩。1992年、2004年，医院被国家人事部、卫生部评为全国卫生系统先进集体。重症医学科被共青团中央、卫生部授予“青年文明号”，护理部被全国妇联授予“全国三八红旗集体”。医院先后被授予“全国百姓放心示范医院”“全国百家2010改革创新医院”“全省先进基层党组织”“富民兴鲁劳动奖状”“全省首批医患和谐示范医院”“全省健康保健工作示范医院”“全省优质医疗服务示范单位”“全省消费者满意单位”“山东慈善奖”等荣誉称号。
济宁市第一人民医院病房（2007年12月摄）
2006年3月28日，济宁市第一人民医院建院110周年庆祝大会举行。
济宁医学院附属医院免费成功为先天性心脏病患者施行手术后，又为他们举行隆重的结婚典礼。 （2009年5月摄）
2005年8月3日，济宁医学院附属医院实行单病种限价新闻发布会召开。
济宁医学院附属医院
是集医疗、教学、科研、预防、保健、康复为一体的大型现代化综合性医院，前身为中国红十字会济宁市分会医院，1987年3月改为济宁医学院附属医院。2010年，医院占地面积6.58万平方米，是鲁西南地区乃至全省特大型现代化综合性医院之一。1990年医院职工606人，其中硕士研究生学历1人，本科学历人员50人。2010年，在职职工2647人，其中卫生专业技术人员2313人，高级职称276人，研究生以上学历373人。床位1916张。全院临床科室67个，门诊科室49个，医技科室21个，形成专业设置齐全、诊疗科室完备、功能配置良好的医疗服务体系。门诊量104.82万人次，接诊急危重病人10.1万人次。抗菌药物占比降低到29.99%，成功申报国家自然科学基金项目4项；国家十一五科技支撑课题及卫生部科研基金资助课题各5项；完成科研成果鉴定100余项，获得各级科技奖励71项。2007年9月，医院服务品牌“大爱无疆”被评选为山东省“服务名牌”，获济宁市人民政府奖励10万元。2008年3月，“大爱无疆”服务品牌被评为济宁市十佳服务名牌。2004年开始，率先在全国大面积推出单病种限价服务，对128种疾病实行最高限价。医院先后被确定为全省、全市文明行业示范点；连续13年被评为省、市级文明单位；被山东省卫生厅评为全省文明服务示范医院；2004年，被中华医院管理学会评为“全国首批百姓放心示范医院”；2005年，医院获山东省富民兴鲁劳动奖状，被授予“全省卫生系统先进集体”荣誉称号；2006年，被评为“全省医德医风示范医院”；2007年，被授予“全国卫生系统先进集体”称号；2009年，被中华全国总工会授予“五一劳动奖状”，被中央文明办评为“全国精神文明建设工作先进单位”。
济宁市精神病防治院（山东省戴庄医院、山东省安康医院）
是山东省建院最早的精神神经病专科医院，集医疗、教学、科研、司法鉴定、戒毒、职业病防治、急救、社区卫生于一体。1984年，更名为济宁市精神病防治院；1992年，市干部疗养院并入市精神病防治院，建立济宁市职业病医院；1995年，建立济宁医学院附属第二医院；1997年建立山东省安康医院。1997年，医院精神科被评为山东省A级特色专科。2003年，医院引进的高科技放疗设备伽马刀治疗系统，是鲁西南地区唯一的一台伽马刀治疗脑部肿瘤和体部肿瘤的设备。2007年，经公安部、省公安厅批准，成立山东省公安戒毒康复中心，是山东省唯一的一所集自愿与强制戒毒于一体的治疗康复中心，探索开展的“药物治疗-心理康复-技能培训”三位一体的戒毒康复模式和“自愿戒毒、强制治疗”的管理模式，得到公安部、卫生部肯定。2010年末，医院在职职工683人，其中高级职称150人，博士、硕士40人，享受国务院政府特殊津贴者2人，市级突出贡献中青年专家4人。医院占地200余亩，业务用房建筑面积5万平方米，编制床位1100张，设8个精神心理科共17个病区，有戒毒病区及医学心理科、老年病科、精神疾病司法鉴定所、神经外科、神经内科、癫痫科、内科、职业病科等优势专业科室。医院职业病防治资格通过省级认证。
济宁市妇幼保健院
前身为成立于1964年5月的济宁专区妇幼保健站。1988年3月，济宁市妇幼保健站更名为济宁市妇幼保健院。1994年，与济宁市妇幼医院合并为济宁市妇女儿童医院，保留市妇幼保健院牌子，主要负责全市妇女儿童公共卫生服务、预防保健和出生缺陷防治工作。2010年末，核定编制315人，实际在编人员182人，其中专业技术人员166人。临床科室设有妇产科、儿科、内科、外科、中医科、耳鼻喉科、口腔科、痔瘘科、麻醉科等，保健科室设有儿童保健科、妇女保健科、儿童康复科、婚检中心、健康体检中心等，济宁市产前筛查与诊断中心、济宁市新生儿疾病筛查中心、济宁市儿童听力筛查诊断中心、济宁市残疾儿童康复技术指导中心、济宁市终止妊娠鉴定检测中心均设在该院。
济宁市传染病医院
始建于1957年，由山东省卫生厅卫生干部训练班（前身为湖西干部疗养院，山东省济宁专区第二干部疗养院）改建。1991年，医院职工总人数161人，其中专业技术人员126人（副高级以上职称4人，中级职称18人，初级职称104人）。固定资产152万元。1993年，门诊楼建成并投入使用，建筑面积2100平方米，定编床位200张。1996年7月，接收原市中医研究所资产、债权债务及部分人员，并在原址设立中西医结合门诊部。1996年12月，加挂济宁市第四人民医院牌子。2009年9月，医院与市结核病防治所整合（机构各自独立），结核病防治所整体搬迁至传染病医院；10月24日，医院成立结核病区，正式收治病人。1997年，被定为市级肝病重点专科；2002年，被卫生部定为肝炎防治健康教育计划实施基地；2004年，成为济宁医学院教学基地，被市卫生局定为艾滋病防治定点医院和人禽流感定点医院。2010年底，医院业务用房建筑面积1.4万余平方米，固定资产5051万元。在职职工224人，其中专业技术人员187人（副高级以上职称41人，中级职称81人，初级职称65人）。2003年，被授予济宁市防治“非典”工作先进集体二等功。2006年，获全省卫生行业文明单位称号。
济宁市中医院
前身为始建于1959年的济宁市中医研究所。1987年9月17日，经省政府批复，将济宁市中医院由集体所有制单位转为全民所有制单位，实际开放床位120张，职工258人，其中，卫生专业技术人员208人。2000年，在职职工发展为286人，其中，高级职称22人，中级职称77人。固定资产611万元，业务总收入1038.6万元，万元以上医疗设备30余台，总价值230余万元。2004年7月，糖尿病科被省卫生厅评为山东省重点中医专科。2010年，成立疼痛科，编制床位200张。