1991年，各县（市、区）卫生防疫站以创建食品卫生达标县为中心，开展查体、培训、监督监测以及核对生产经营单位发放许可证工作。全市共监督检查9083户次，实施行政处罚530户次，销毁变质食品1.23万公斤。1993年，加强食品生产经营各个环节的卫生监督管理，狠抓食品单位及个体摊贩卫生基础设施的建设，全市食品卫生面貌发生较大改观，食品卫生合格率为87.11%。1994年，全市食品从业人员查体10.4万人，查体率达100%；查出“五病”1194人，调离率100%；全市培训食品从业人员10.4万人，培训率100%，并发放培训合格证；共发放卫生许可证3.23万个，有证率100%。1995年，以创建全国卫生城为契机，重点抓饮食服务行业基础卫生设施建设、餐具清毒、个体饮食摊贩的卫生监督管理。1996年，以宣传贯彻《食品卫生法》为重点，开展强化卫生监督执法月活动和食品卫生信得过活动。全市有197个单位申报信得过单位或信得过产品，7个产品作为食品卫生齐鲁行推荐产品参加展销会。食品卫生执法管理工作位居全省第一名。1997-1998年，宣传落实《传染病防治法》《食品安全法》等公共卫生法律法规，全市未发生大型食品污染和食物中毒事故。1999-2000年，针对重点领域、重点产品，开展专项治理和综合执法，严厉打击各种危害人民健康的违法行为。2001年，向食品生产企业推广先进的卫生管理模式，对企业卫生管理和质检人员进行定期培训及考核。建立食品卫生情况公告制度，对食品卫生抽检、专项检查治理及大案、要案查处情况通过多种形式及时向社会公布。2002年，在全市纯净水生产企业率先推行HACCP系统管理方法。2003年，在“非典”防治工作中，成立4个工作组，辖332个监测点覆盖人口9万余人。2004年，实施食品放心工程，全市14家餐饮企业和集体食堂通过省卫生厅组织的A级单位验收。对全市近百家桶装饮用水生产企业集中检查，取缔“黑水厂”7个，责令停业整顿16个；对全市生产企业使用食品添加剂情况进行全面检查，对5家超标使用面粉增白剂的单位依法进行处罚。2005年，开展卫监1号、3号行动。监督检查各类食品生产经营单位7000余户次。其中，警告、责令整改402户，罚款41户；罚款金额6.72万元，吊销卫生许可证15户，责令停产、停业23户，取缔非法经营户18户。2006-2008年，以食品安全专项整治、迎奥运保安全、争创省级文明城市为重点，开展“两好一满意”和“作风建设年”活动。制定印发《济宁市食品专项整治工作实施方案》《迎奥运创文明城市食品卫生专项整治实施方案》《食品消费环节卫生安全专项整治方案》，组建突发公共卫生事件应急处理队伍。深入实施食品卫生安全专项整治、迎奥运保安全、创建文明城市等工作，实现“3个100%”“2个95%”的目标。在全市开展食品卫生A、B级单位评审与复审。全市经省卫生厅认定的食品卫生A级单位三批65家，市卫生局认定的B级单位三批181家，全市食品卫生监督量化分级管理率96.98%。
2009年，食品安全监管模式重新调整，在整个食品生产经营过程中，食品种养殖由农牧部门负责监管，食品生产加工由质量技术监督部门负责监管，食品经营过程由工商行政管理部门负责监管，餐饮服务由食品药品监督管理部门负责监管；卫生行政部门承担食品安全综合协调职责，负责食品安全风险评估、食品安全标准制定、食品安全信息公布、食品检验机构的资质认定条件和检验规范的制定，组织查处食品安全重大事故。2010年，食品安全监管工作以全市的食品安全风险评估为主，对风险度高的食品进行抽样检测，并提出食品安全监管建议。