卫生城市创建
1991年，济宁市制定印发《创建卫生城市、卫生县城规划》。1995年，市委、市政府印发《关于认真搞好创建卫生城市活动的通知》，各级爱卫会把开展创建卫生先进单位活动作为创建卫生城市的细胞工程，纳入精神文明建设。1995年、1998年两次迎接全国城市卫生检查，各县（市、区）、各部门将创建工作作为年度考核内容。2002年5月，市政府印发《关于加强爱国卫生工作的意见》，实施“健康济宁”工程，推进健康知识进农村、进社区、进学校、进家庭、进重点场所。到2005年底，全市有10个县（市、区）达到省级以上卫生城市标准。济宁市和曲阜市被命名为全国卫生城市，邹城市、兖州市被命名为省级卫生城市，梁山县、金乡县、微山县、泗水县、嘉祥县和汶上县相继被命名为省级卫生县城。2010年前通过省爱卫会复核验收。2010年5月26日，市政府印发《济宁市爱国卫生管理办法》《济宁市除四害管理办法》，以治理环境卫生、促进全民文明卫生行为、增强群众防病能力为重点，动员全社会参与，开展为期3年的“全民健康行动”。通过创建健康社区（村）、健康单位、健康家庭活动，开展爱国卫生月活动。2010年，全市有市级卫生先进单位1200多个，省级卫生先进单位200多个。
农村改水改厕
20世纪90年代初，各地把改厕工作作为初级卫生保健工作的重点和难点来抓，列入爱国卫生工作的重要内容。选择适合当地的卫生厕所类型，大力推广适宜技术，农村改厕工作由试点走向推广普及。乡镇驻地公厕和农村中小学校厕所改造也积极推进。全市卫生厕所普及率和粪便无害化处理率明显提高。1998年后，全市每年都承担国家农村改厕项目，至2010年，累计完成改厕项目2万座户厕。2003年、2004年，山东省爱卫会先后两次在济宁市召开农村爱国卫生和农村改水改厕工作现场会，推广济宁市的经验和做法。到2010年底，全市累计有农村卫生厕所142.34万户，卫生厕所普及率82.07%，无害化卫生厕所普及率42.90%。
灭鼠防病
1991年后，各级党委政府按照市爱卫会的要求，组织开展城乡春冬季集中灭鼠工作。市政府提出“政府出钱购药、乡镇筹集饵粮、村委统一投放”的灭鼠工作原则，解决灭鼠工作中的关键问题。各级党委、政府按照市政府要求，采取多种形式解决灭鼠资金，不断提高灭鼠效率。流行性出血热由1984年的年发病6000多例，下降到2010年的年发病10余例。