1991-2000年，济宁市的免疫工作为计划免疫阶段，主要任务是在巩固和保持高接种率的基础上，控制和消灭传染病。
1991年，建立急性弛缓性麻痹（AFP）病例监测系统，脊灰发病及野病毒的分布显著减少，1993年又将麻疹监测纳入AFP监测系统。1991年2月济宁市发生最后1例由本土野病毒引起的病例后，未再发现本土野病毒病例。2000年12月，向省卫生厅递交《济宁市无脊髓灰质炎证实工作报告》，成功阻断本土脊灰野病毒的传播，被证实为“无脊灰区”。
同时，全市免疫策略进一步调整，实行常规免疫、强化免疫、应急接种等相结合的免疫策略。免疫服务形式发生重大转变，开始由乡村分散式接种逐步向乡镇集中式接种转变，缩短接种周期，增加冷链运转次数，实行门诊接种或按月接种。1996年，在邹城市召开定时定点集中式接种模式现场会，全市各地逐步开展以乡镇为单位定时定点集中式接种工作，免疫服务内容不断扩大。1992年，全市将乙肝疫苗纳入到儿童计划免疫管理，并开始开展麻腮风联合疫苗、甲肝疫苗等新疫苗的接种工作，接种率进一步提高。1991年、1996年分别实现以县、乡为单位1周岁儿童卡介苗、脊灰疫苗、百白破疫苗、麻疹疫苗4种疫苗接种率达到85%的目标，计划免疫工作取得重大进展。
2001-2010年，全市免疫工作进入免疫规划阶段，主要任务是巩固成绩、扩大内容、提高质量，保证预防接种工作可持续发展。
2002年6月，济宁市确定短期免疫规划的目标是以普及新生儿乙肝疫苗接种为中心，以控制病毒性肝炎为重点，将乙肝疫苗纳入儿童计划免疫，所有新生儿免费接种乙肝疫苗，全面推行预防接种安全注射，以降低乙肝病毒表面抗原携带率和乙肝发病率。2004年12月1日，根据《传染病防治法》，对儿童实行预防接种证制度，对属于国家免疫规划项目的实行免费预防接种。要求医疗机构、疾病预防控制机构与儿童的监护人相互配合，保证儿童及时接受预防接种。
2005年6月1日起，国务院《疫苗流通和预防接种管理条例》施行。2006年5月12日，市政府印发《关于加强预防接种工作的意见》，确定政府对预防接种工作的保障机制，明确卫生行政部门及医疗卫生机构的职责，规范接种单位接种行为。2006年，济宁市逐步实施儿童预防接种信息化建设，在金乡县、鱼台县开始试点工作，将所有适龄儿童预防接种纳入信息化管理。2007年，提出将免疫规划扩大为14种疫苗预防15种疾病的目标。2009年，全市全部实现儿童预防接种信息化建设。2010年3月，建立市级预防接种信息管理服务器，儿童接种信息实现全市共享，方便儿童异地接种。