1991-1997年，全市传染病疫情采用手工报告方式，实行旬、月、年汇总报告制。1997-2003年，国家、省、市、县级卫生防疫站之间实现疫情信息微机联网，医疗机构与疾病预防控制机构仍执行旬报告制，疫情报告的时效性、敏感性均较低。2004年1月1日，全国启动法定传染病监测信息网络直报系统，实现与当地医疗机构联网，并将信息网络向乡镇（街道）医疗机构延伸，形成纵横贯通的信息报告网络。2010年全市共有288处医疗机构实行传染病疫情网络直报，乡镇（街道）及以上医疗机构网络直报率为100%。
1991-2000年，济宁市共报告20种传染病，主要流行病种为病毒性肝炎、痢疾、流行性出血热。1991-1993年，甲型肝炎在病毒性肝炎构成比中占50%以上。1994年后，乙型肝炎发病率超过甲型肝炎，乙型肝炎在病毒性肝炎构成比中占50%以上。计划免疫相关传染病发病率下降趋势明显，多数疾病发病率控制在1～2位数，济宁市最后1例脊髓灰质炎病例发生在1994年。性病淋病、梅毒发病率呈上升趋势。1996年，济宁市首次在既往献血人员中发现艾滋病病毒感染者2例。1998年，肺结核、新生儿破伤风纳入传染病疫情报告系统。1999年，济宁市报告狂犬病发病死亡1例。
全市农民健康知识竞赛（2008年摄）
2001-2010年，济宁市共报告26种传染病，主要流行病种为病毒性肝炎、肺结核、痢疾、手足口病。2001年，济宁市首次发现O139型霍乱病例。2003年，全国非典型肺炎流行，济宁市未出现病例，济宁籍人员在外地感染3～4例。2004年，全市报告狂犬病发病3例。2005年，济宁市出现疟疾病例。2006年，金乡县发生麻疹流行，麻疹发病率明显上升，全年发病463例。2010年底，全市累计报告狂犬病病例109例。2007年，出现手足口病病例。2008年5月，国家将手足口病纳入丙类传染病，手足口病发病率呈上升趋势，主要发生在5岁以下儿童。2009年，济宁市报告手足口病10517例，发病率为129.21/10万。2009年，出现首例输入型甲型H1N1流感病例，共报告甲型H1N1流感确诊病例203例，其中重症病例25例，危重病例10例，死亡1例。2010年，甲乙丙类传染病各病种发病、死亡人数前10位的疾病为其他感染性腹泻、肺结核、乙肝、手足口病、流行性感冒、流行性腮腺炎、痢疾、梅毒、淋病、丙肝。
表35-3-1 1990-2010年济宁市法定传染病发病及死亡情况一览表
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┃ 年份 │ 发病数（例） │ 发病率（1/10万） │ 死亡数（人） │ 死亡率（1/10万） │ 病死率（%） ┃
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┃ 1990 │ 10732 │ 147.68 │ 29 │ 0.04 │ 0.27 ┃
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┃ 1991 │ 11839 │ 161.30 │ 43 │ 0.59 │ 0.36 ┃
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┃ 1992 │ 10239 │ 135.00 │ 26 │ 0.34 │ 0.25 ┃
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┃ 1993 │ 7500 │ 100.03 │ 10 │ 0.13 │ 0.13 ┃
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┃ 1994 │ 4978 │ 65.65 │ 20 │ 0.26 │ 0.40 ┃
┠──────┼───────────────┼────────────┼──────────┼────────────┼───────────────┨
┃ 1995 │ 6066 │ 79.91 │ 13 │ 0.17 │ 0.21 ┃
┠──────┼───────────────┼────────────┼──────────┼────────────┼───────────────┨
┃ 1996 │ 5503 │ 72.05 │ 3 │ 0.04 │ 0.05 ┃
┠──────┼───────────────┼────────────┼──────────┼────────────┼───────────────┨
┃ 1997 │ 6953 │ 90.61 │ 6 │ 0.06 │ 0.12 ┃
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┃ 1998 │ 7795 │ 101.03 │ 9 │ 0.12 │ 0.12 ┃
┠──────┼───────────────┼────────────┼──────────┼────────────┼───────────────┨
┃ 1999 │ 6258 │ 80.41 │ 6 │ 0.08 │ 0.10 ┃
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┃ 2000 │ 5457 │ 69.17 │ 3 │ 0.04 │ 0.05 ┃
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┃ 2001 │ 5878 │ 101.13 │ 5 │ 0.06 │ 0.10 ┃
┠──────┼───────────────┼────────────┼──────────┼────────────┼───────────────┨
┃ 2002 │ 5098 │ 64.71 │ 2 │ 0.02 │ 0.04 ┃
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┃ 2003 │ 7171 │ 128.81 │ 6 │ 0.08 │ 0.08 ┃
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┃ 2004 │ 11454 │ 143.37 │ 14 │ 0.18 │ 0.12 ┃
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┃ 2005 │ 17419 │ 227.36 │ 57 │ 0.28 │ 0.12 ┃
┠──────┼───────────────┼────────────┼──────────┼────────────┼───────────────┨
┃ 2006 │ 16652 │ 209.06 │ 59 │ 0.74 │ 0.35 ┃
┠──────┼───────────────┼────────────┼──────────┼────────────┼───────────────┨
┃ 2007 │ 16947 │ 211.18 │ 40 │ 0.50 │ 0.24 ┃
┠──────┼───────────────┼────────────┼──────────┼────────────┼───────────────┨
┃ 2008 │ 19663 │ 243.25 │ 45 │ 0.56 │ 0.23 ┃
┠──────┼───────────────┼────────────┼──────────┼────────────┼───────────────┨
┃ 2009 │ 25829 │ 317.35 │ 38 │ 0.47 │ 0.15 ┃
┠──────┼───────────────┼────────────┼──────────┼────────────┼───────────────┨
┃ 2010 │ 17123 │ 208.82 │ 25 │ 0.30 │ 0.15 ┃
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表35-3-2 2010年济宁市甲乙丙类传染病各病种发病、死亡人数前10位排序表
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┃ │ 发病 │ 死亡 │ 病死 ┃
┃ 位次 ├──────────┬────────────┼─────────┬────────┼─────────┬───────────┨
┃ │ 病种 │ 发病数（例） │ 病种 │ 死亡数（人） │ 病种 │ 病死率（%） ┃
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┃ 1 │ 其他感染性腹泻 │ 3954 │ 肺结核 │ 19 │ 狂犬病 │ 100 ┃
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┃ 2 │ 肺结核 │ 3720 │ 狂犬病 │ 3 │ 艾滋病 │ 50 ┃
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┃ 3 │ 乙肝 │ 2950 │ 艾滋病 │ 2 │ 肺结核 │ 0.5108 ┃
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┃ 4 │ 手足口病 │ 2540 │ 乙肝 │ 1 │ 乙肝 │ 0.0339 ┃
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┃ 5 │ 流行性感冒 │ 1235 │ 痢疾 │ │ 痢疾 │ ┃
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┃ 6 │ 流行性腮腺炎 │ 1002 │ 淋病 │ │ 淋病 │ ┃
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续表
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┃ │ 发病 │ 死亡 │ 病死 ┃
┃ 位次 ├──────────┬────────────┼─────────┬────────┼─────────┬───────────┨
┃ │ 病种 │ 发病数（例） │ 病种 │ 死亡数（人） │ 病种 │ 病死率（%） ┃
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┃ 7 │ 痢疾 │ 439 │ 梅毒 │ │ 梅毒 │ ┃
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┃ 8 │ 梅毒 │ 406 │ 麻疹 │ │ 麻疹 │ ┃
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┃ 9 │ 淋病 │ 110 │ 百日咳 │ │ 百日晐 │ ┃
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┃ 10 │ 丙肝 │ 106 │ 流脑 │ │ 流脑 │ ┃
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