医患纠纷调处
2005年，在省卫生厅指导下，济宁市依法注册全国首家专业防范、调处医患纠纷的非营利性社团组织——济宁市医患维权协会，在全国首创医患纠纷第三方调处模式。先后印发《关于维护医疗机构正常医疗秩序的联合通告》《关于实施医疗责任保险的意见》《济宁市医疗纠纷防范处置办法》，明确提出“国有非营利性医疗机构发生医疗纠纷不得私自赔偿，应依据法院判决书、仲裁裁决书、卫生行政部门或市医患维权协会调解书进行赔偿。”明确了协会调解的合法性，赋予医患双方调解协议公信力，禁止医患“私了”。第三方调处平台依托济宁市医患维权协会设立，由医学专家、律师、风险管理人员等组成，设有6个职能部门、3个调解庭，成立医疗责任评定等3个工作委员会。在调处过程坚持“一个尺度（即《侵权责任法》）”，控制“两个环节（即责任评定和计算赔付额度）”，严格实行合议制、回避制和赔付标准和计算公式“清单制”，较好地保证了医疗责任评定和赔付的客观公正，赢得医患双方的认可和信赖。2006年4月接手调处第一起医患纠纷。市卫生局依托第三方调处平台设立济宁市医疗事故争议行政调解办公室，通过第三方调处平台在接到患方投诉、上访后可以直接转入行政调解环节，大大提升了行政效能。
2009年起，法院在第三方调处平台设立法官工作室，法院对医患纠纷案件，在立案接待时、立案后庭审前或审理中，委托第三方责任认定机构或医调委进行责任认定、调解并随时咨询、沟通，对调解不成的再将案件移交法院审理，有效实现诉、调对接机制。国家卫生部医疗纠纷第三方援助机制调研组、省卫生厅、省公安厅、省司法厅等到济宁进行调研并给予高度评价。云南省西双版纳州、福建省龙岩市、浙江省温州市、北京市延庆县和省内兄弟地市到济宁考察学习。第二届全国医疗纠纷调处第三方援助协作论坛在济宁召开。济宁医疗纠纷第三方调解模式在中国医院协会组织的全国性会议上推介。《健康报》《大众日报》《中国医院》《齐鲁晚报》等媒体对济宁市第三方调处经验做法作了报道。2009年11月27日，济宁市作为唯一的一个地市级城市，在中央综治办、卫生部、公安部、司法部、保监会等五部委联合召开的全国创建平安医院推进医疗纠纷人民调解工作会议上，作关于“创建平安医院深化医疗纠纷第三方调处工作”典型发言。
卫生强基工程
2009年，市卫生局印发《关于实施卫生强基工程的意见》，将卫生强基工程纳入年终重点卫生工作考核项目。市级医疗机构帮扶县级医院13家，下派人员23人，其中，正高级职称1人、副高级职称13人，中级职称8人；市级医疗机构帮扶社区卫生服务中心13家，下派人员35人，其中，正高级职称2人、副高级职称15人，中级职称18人；县级医疗机构帮扶乡镇卫生院105家，下派人员260人，其中，正高级职称7人、副高级职称57人，中级职称190人；县级医疗机构帮扶社区卫生服务中心29家，下派人员19人，其中，副高级职称5人，中级职称13人；乡镇卫生院帮扶村卫生室373家，下派人员418人，其中，副高级职称12人，中级职称165人，初级职称238人。2010年，将各县（市、区）选派的24名骨干医师安排至市第一人民医院、济宁医学院附属医院和兖州矿务局总医院为期1年进修学习，3家医院为进修人员每人固定1位带教老师。市第一人民医院和市中医院帮扶6个县级医院和6个社区卫生机构、2个乡镇卫生院，派出人员51人；23个县级医院（原市中区无中医院）帮扶68个乡镇卫生院和20个社区卫生机构，派出人员250人；有124个乡镇卫生院帮扶393个村卫生室，派出人员393人。通过帮扶，基层医疗机构对多发病、常见病诊治能力明显提高，基层群众不出家门就可以得到优质医疗服务。
“先看病、后付费”诊疗模式
2010年12月，兖州中医院在全国范围首创“先看病、后付费”新型入院治疗模式。即取消城镇医保、新农合以及濒危、危重和其他病情危急需要紧急救治住院病人的预付费用，只需出院时缴纳自付部分费用；经济条件确实困难、一时难以交医疗费用的居民，可以和医院签订还款协议，在1～2年内还清。建立住院费用“一日清单”制度，医疗卫生机构每天向患者提供前一天的治疗措施及费用清单，对费用较大患者及时提醒，告知费用情况。提高拨付费用比例，将城镇医保、新农合周转金拨付比例由10%提高到15%，减轻医疗机构垫资压力。加大对困难患者的帮扶力度，制定“按揭式”分期付款政策。对住院费用报销后仍交不起个人负担费用的困难患者，签订协议在两年内分期或一次性付清费用；对到期仍还不起的特困患者，医院根据情况给予减免。能够按时结清费用的患者下次就诊可享受手续简化等鼓励政策，对恶意欠费、社会诚信等级过低的患者，以后在全市任何定点医疗机构就诊时不再享受“先看病、后付费”政策，并将其列入社会诚信不良记录。