1994年，在全市推广曲阜市村卫生室村办乡管、乡村一体化管理模式。同年，全市推广曲阜市村卫生室村办乡管、乡村一体化管理模式。村卫生室作为乡镇卫生院的分支机构，人员、药品、财务统一管理，工作统一安排，工资统一发放。1996年，市政府印发《关于“九五”期间加强农村工作的意见》。1997年，在全市开展“以病人为中心、深化医院改革”创百佳医院活动。1998年，县以上医疗卫生机构加大卫生支农力度，组织医疗队下乡。同年，市政府印发《关于“九五”期间加强农村工作的意见》，提出1个乡镇只设置1处乡镇卫生机构的工作要求。同年，在部分县（市、区）推行由乡镇卫生院为村卫生室统一配发药品制度。对乡镇卫生院、行政村卫生室实施一体化管理，防止村卫生室采购药品的随意性和盲目性行为。全市推行院科两级负责制，临床科室推行综合目标管理，医技科室推行技术经济承包责任制，后勤科室推行大包干，全院实行风险抵押制，医院三大效益明显。2002年8月28日，市政府印发《济宁市关于农村卫生改革与发展的实施意见》，确定曲阜、嘉祥、微山等为试点单位。2009年，市政府将“提升农村医疗水平，全市完成1787个村卫生室的改造建设，为3575个规范化村卫生室配备必需设备”列入为民办十件实事，并实施以卫生人力支持和技术帮扶为主要内容的卫生强基工程。