2001年，按照《山东省社区卫生服务中心（站）基本标准》，市卫生局首批设置市中区北门等24家社区卫生服务站。2004年3月，市卫生局、市经济体制改革办公室联合印发《关于加快发展全市城市社区卫生服务的意见》。2005年，全市乡镇卫生院的人员、业务收归县级管理。2006年10月21日，市政府印发《关于加快发展城市社区卫生服务的意见》《济宁市城市社区卫生服务发展规划（2006-2010年）》，明确发展社区卫生服务的基本思路、目标任务和指导原则。
2007年9月，市卫生局、财政局印发《济宁市城市社区卫生服务机构设置规划》。要求市辖区每个街道规划建设1所重点社区卫生服务中心，中心直接服务人口不少于3万人，中心覆盖不到的地方每1万～2万人设置1所重点社区卫生服务站。各县（市、区）在政府驻地规划设置1所重点社区卫生服务中心，城区人口超过10万人的可规划设置2所社区卫生服务中心，中心直接服务人口不少于2万人，中心覆盖不到的地方每1万～1.5万人规划设置一所重点社区卫生服务站。重点社区卫生服务中心（站）必须符合《城市社区卫生服务中心、站基本标准》。2008年1月，市政府把城市社区卫生服务机构建设及村级卫生室建设列入2008年市政府为民办十件实事。同年，建立健全政府购买社区公共卫生服务项目管理考核机制，在全市统一实行以A类项目为主，B、C类项目为补充的政府按项目购买社区公共卫生服务新模式，在全省起到典型示范作用，省财政厅、卫生厅委托济宁市起草全省城市社区公共卫生服务项目成本测算规程。