1991年，各县（市、区）卫生防疫站开展“食品卫生达标县（市、区）”创建工作。1992年，全市结核病防治工作领导小组成立，逐步健全市、县、乡、村四级防痨网。
1995年，市委、市政府作出《关于加快卫生事业改革和发展的决定》，要求医院通过社会参股、单位内部职工持股、大型设备入股、技术参股等形式，推进医疗卫生机构所有权和经营权的分离，提高适应市场经济能力。对长期经营不善、濒临解体的单位，在确保预防保健不受影响的前提下，可以兼并、联办或承包。医院全面推行院长负责制和综合目标管理责任制，推行干部聘任制、专业技术职务聘任制和工人合同制。对行政干部和技术职务实行公开考评、择优上岗，或实行低职高聘、高职低聘、易岗受聘。参聘人员在受聘期间，同职工工资、岗位津贴挂钩。在保证基本生活费的前提下，可根据贡献大小对工资实行部分浮动或全浮动发放。1996年3月6日，济宁市新生儿疾病筛查中心成立。1999年在全市范围内开展创建爱婴市活动。
2000年，配合城镇职工医疗保险制度改革，在医院建立以病人为中心服务模式，重点是病人选医生、高年资医生上门诊、医院实行无节假日服务、住院费用一日清单等。2003年起，建设改造一批县级医院和乡镇卫生院，逐步形成以县医院为龙头、乡村卫生院为枢纽、村卫生室为基础的三级医疗预防保健网。同年，开展新型农村合作医疗制度试点工作。曲阜市被确定为全省7个试点县（市、区）之一，济宁市确定金乡县高河镇为市级试点乡镇。2006年10月，全国首家集医疗责任评定、医疗纠纷调解为一体的非营利性社团组织——济宁市医患维权协会成立。2007年，全市7077家村卫生室合并调整为5404家。同年，济宁市在全省率先对22个病种限价收费及定额补偿，使用“限价病种住院费用预付代用券”，变“事后补”为“医前帮”。2008年，3020个村卫生室列入省规划建设范围。
2009年，济宁市启动医药卫生体制改革。在全省率先实施以政府为主导的“优生优育三级预防工程”。市委、市政府把“推行免费婚检，实施优生优育三级预防工程，努力降低出生缺陷率”列入重要工作事项，将“加强婚前保健工作，对自愿婚检的新婚夫妇实行免费婚前医学检查”列入为妇女儿童办十件实事。同年，市政府印发《济宁市药品统一配送工作实施方案》《济宁市药品统一配送管理实施细则（试行）》《济宁市药品集中配送监督管理办法（试行）》等。9月，市政府召开全市医药卫生体制改革工作会议，成立市深化医药卫生体制改革工作领导小组。市委、市政府印发《关于进一步深化医药卫生体制改革的实施意见》《济宁市医药卫生体制改革近期重点实施方案（2009-2011年）》；同月，市政府印发《济宁市农村妇女增补叶酸预防神经管缺陷项目实施方案》。10月，全面启动全市补种乙肝疫苗项目；同月，印发《济宁市基本公共卫生服务项目实施方案》《济宁市农村孕产妇住院分娩项目实施方案》。同年，市委、市政府把“推行免费婚检，实施优生优育三级预防工程，努力降低出生缺陷率”列入为民办十件实事。加强乡村医生在岗培训，启动“济卫-山协春风行动”，组织3200名乡村医生接受免费系统培训，完成15083名乡村医生在岗培训任务。在全省率先成立适宜卫生技术库，年内向农村和城市社区推广20项适宜卫生技术和“三个三工程（三项疾病诊断新技术，三项治疗、预防新方法，三项管理措施）”。印发《济宁市名医管理办法》，设立济宁医学科技奖。2009年起严格实施病例分级分类救治原则，同年9月市卫生局印发《关于进一步做好手足口病医疗救治培训工作的通知》，积极应对甲流感和手足口病医疗救治工作。
2010年3月15日，省政府确定兖州市、邹城市、微山县等3个试点县市的37家乡镇卫生院全面实施国家基本药物制度，实行药品零差率销售。4月12日，市卫生局制定《2010年全市卫生系统实施国家基本药物制度工作方案》。4月30日，市卫生局印发《关于加强我市妇产科科目设置审批管理工作的通知》，规定全市所有县级以下医疗机构原则上不得再申请设置妇产科科目，确需批准设置的，一律由各县（市、区）卫生局报请市卫生局研究同意后方可按程序设置审批，进一步健全医疗服务要素的准入、日常监管机制。8月，对全市妇幼保健机构进行级别认定督导检查，除邹城市妇幼保健院不符合申请定级要求外，其他妇幼保健机构完成级别认定。市妇幼、中区妇幼和泗水妇幼达到三级建设标准，兖州、曲阜、微山、鱼台、金乡、嘉祥、汶上、梁山妇幼保健院达到二级建设标准，任城妇幼保健院达到一级建设标准。6月22日，成立济宁市基本公共卫生服务项目领导小组。7月31日，市政府与各县（市、区）政府签订医改工作责任书，建立医改工作问责制。8月28日，市卫生局与各县（市、区）卫生局签订医改工作责任状。9月26日，确定在全市开展提高农村儿童重大疾病医疗保障水平试点工作，并不断扩大保障范围。
同年，市卫生局与中国电信济宁分公司合作，按照“企业参与建设、政府购买服务”的建设思路，实施“政府主导、企业参与、购买服务、创新运营、全民受益”的区域卫生信息化建设运作模式，先后投入2000万元，建成覆盖全市所有县（市、区）、146个乡镇和3600多个村的信息化专网，运行新农合管理、居民健康档案管理、医疗机构综合监管、“先看病后付费”诚信管理等系统，初步建立横到边、纵到底、无缝隙、全覆盖的区域卫生信息化网络系统。
2010年4月，发布《济宁市医疗卫生机构病死婴幼儿遗体处理暂行办法》和《济宁市卫生局关于医疗卫生机构病死婴幼儿遗体处理的实施细则（试行）》，妥善处置病死婴幼儿丢弃事件；同月，市卫生局印发《关于加强对全市医用氧使用管理的紧急通知》，多次组织人员检查、暗访各级医疗机构用氧情况，查找隐患，医疗机构医用氧使用管理全面纳入规范化管理轨道。
第一节 管理体制改革
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1991年，各县（市、区）卫生防疫站开展“食品卫生达标县（市、区）”创建工作。1992年，全市结核病防治工作领导小组成立，逐步健全市、县、乡、村四级防痨网。
1995年，市委、市政府作出《关于加快卫生事业改革和发展的决定》，要求医院通过社会参股、单位内部职工持股、大型设备入股、技术参股等形式，推进医疗卫生机构所有权和经营权的分离，提高适应市场经济能力。对长期经营不善、濒临解体的单位，在确保预防保健不受影响的前提下，可以兼并、联办或承包。医院全面推行院长负责制和综合目标管理责任制，推行干部聘任制、专业技术职务聘任制和工人合同制。对行政干部和技术职务实行公开考评、择优上岗，或实行低职高聘、高职低聘、易岗受聘。参聘人员在受聘期间，同职工工资、岗位津贴挂钩。在保证基本生活费的前提下，可根据贡献大小对工资实行部分浮动或全浮动发放。1996年3月6日，济宁市新生儿疾病筛查中心成立。1999年在全市范围内开展创建爱婴市活动。
2000年，配合城镇职工医疗保险制度改革，在医院建立以病人为中心服务模式，重点是病人选医生、高年资医生上门诊、医院实行无节假日服务、住院费用一日清单等。2003年起，建设改造一批县级医院和乡镇卫生院，逐步形成以县医院为龙头、乡村卫生院为枢纽、村卫生室为基础的三级医疗预防保健网。同年，开展新型农村合作医疗制度试点工作。曲阜市被确定为全省7个试点县（市、区）之一，济宁市确定金乡县高河镇为市级试点乡镇。2006年10月，全国首家集医疗责任评定、医疗纠纷调解为一体的非营利性社团组织——济宁市医患维权协会成立。2007年，全市7077家村卫生室合并调整为5404家。同年，济宁市在全省率先对22个病种限价收费及定额补偿，使用“限价病种住院费用预付代用券”，变“事后补”为“医前帮”。2008年，3020个村卫生室列入省规划建设范围。
2009年，济宁市启动医药卫生体制改革。在全省率先实施以政府为主导的“优生优育三级预防工程”。市委、市政府把“推行免费婚检，实施优生优育三级预防工程，努力降低出生缺陷率”列入重要工作事项，将“加强婚前保健工作，对自愿婚检的新婚夫妇实行免费婚前医学检查”列入为妇女儿童办十件实事。同年，市政府印发《济宁市药品统一配送工作实施方案》《济宁市药品统一配送管理实施细则（试行）》《济宁市药品集中配送监督管理办法（试行）》等。9月，市政府召开全市医药卫生体制改革工作会议，成立市深化医药卫生体制改革工作领导小组。市委、市政府印发《关于进一步深化医药卫生体制改革的实施意见》《济宁市医药卫生体制改革近期重点实施方案（2009-2011年）》；同月，市政府印发《济宁市农村妇女增补叶酸预防神经管缺陷项目实施方案》。10月，全面启动全市补种乙肝疫苗项目；同月，印发《济宁市基本公共卫生服务项目实施方案》《济宁市农村孕产妇住院分娩项目实施方案》。同年，市委、市政府把“推行免费婚检，实施优生优育三级预防工程，努力降低出生缺陷率”列入为民办十件实事。加强乡村医生在岗培训，启动“济卫-山协春风行动”，组织3200名乡村医生接受免费系统培训，完成15083名乡村医生在岗培训任务。在全省率先成立适宜卫生技术库，年内向农村和城市社区推广20项适宜卫生技术和“三个三工程（三项疾病诊断新技术，三项治疗、预防新方法，三项管理措施）”。印发《济宁市名医管理办法》，设立济宁医学科技奖。2009年起严格实施病例分级分类救治原则，同年9月市卫生局印发《关于进一步做好手足口病医疗救治培训工作的通知》，积极应对甲流感和手足口病医疗救治工作。
2010年3月15日，省政府确定兖州市、邹城市、微山县等3个试点县市的37家乡镇卫生院全面实施国家基本药物制度，实行药品零差率销售。4月12日，市卫生局制定《2010年全市卫生系统实施国家基本药物制度工作方案》。4月30日，市卫生局印发《关于加强我市妇产科科目设置审批管理工作的通知》，规定全市所有县级以下医疗机构原则上不得再申请设置妇产科科目，确需批准设置的，一律由各县（市、区）卫生局报请市卫生局研究同意后方可按程序设置审批，进一步健全医疗服务要素的准入、日常监管机制。8月，对全市妇幼保健机构进行级别认定督导检查，除邹城市妇幼保健院不符合申请定级要求外，其他妇幼保健机构完成级别认定。市妇幼、中区妇幼和泗水妇幼达到三级建设标准，兖州、曲阜、微山、鱼台、金乡、嘉祥、汶上、梁山妇幼保健院达到二级建设标准，任城妇幼保健院达到一级建设标准。6月22日，成立济宁市基本公共卫生服务项目领导小组。7月31日，市政府与各县（市、区）政府签订医改工作责任书，建立医改工作问责制。8月28日，市卫生局与各县（市、区）卫生局签订医改工作责任状。9月26日，确定在全市开展提高农村儿童重大疾病医疗保障水平试点工作，并不断扩大保障范围。
同年，市卫生局与中国电信济宁分公司合作，按照“企业参与建设、政府购买服务”的建设思路，实施“政府主导、企业参与、购买服务、创新运营、全民受益”的区域卫生信息化建设运作模式，先后投入2000万元，建成覆盖全市所有县（市、区）、146个乡镇和3600多个村的信息化专网，运行新农合管理、居民健康档案管理、医疗机构综合监管、“先看病后付费”诚信管理等系统，初步建立横到边、纵到底、无缝隙、全覆盖的区域卫生信息化网络系统。
2010年4月，发布《济宁市医疗卫生机构病死婴幼儿遗体处理暂行办法》和《济宁市卫生局关于医疗卫生机构病死婴幼儿遗体处理的实施细则（试行）》，妥善处置病死婴幼儿丢弃事件；同月，市卫生局印发《关于加强对全市医用氧使用管理的紧急通知》，多次组织人员检查、暗访各级医疗机构用氧情况，查找隐患，医疗机构医用氧使用管理全面纳入规范化管理轨道。