2005年12月成立，设办公室、人事科、财务科、传染病防治科、艾滋病防治科、免疫规划科、地方病防治科（挂慢病科牌子）、查体科、消杀技术指导科、食品营养与学校卫生科、职业病防制与职业卫生评价科、公共卫生监测评价科、健康教育科、预防保健门诊部、检验科（挂卫生检测检验中心牌子），正县级全额预算管理事业单位，编制160人。2006年7月，市疾病预防控制中心编制由160人减为156人。2006年12月，增设生物制品管理科、质量控制科，科级领导职数由30人增加至33人。食品营养与学校卫生科更名为学校卫生科，将食品营养的相关职能划归公共卫生监测评价科。2010年，共有145人，其中，博士研究生2人，硕士研究生37人，本科生92人。拥有高级技术职称人员46人，中级技术职称人员59人，济宁市有突出贡献中青年专家2人。
第二节 济宁市疾病预防控制中心
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2005年12月成立，设办公室、人事科、财务科、传染病防治科、艾滋病防治科、免疫规划科、地方病防治科（挂慢病科牌子）、查体科、消杀技术指导科、食品营养与学校卫生科、职业病防制与职业卫生评价科、公共卫生监测评价科、健康教育科、预防保健门诊部、检验科（挂卫生检测检验中心牌子），正县级全额预算管理事业单位，编制160人。2006年7月，市疾病预防控制中心编制由160人减为156人。2006年12月，增设生物制品管理科、质量控制科，科级领导职数由30人增加至33人。食品营养与学校卫生科更名为学校卫生科，将食品营养的相关职能划归公共卫生监测评价科。2010年，共有145人，其中，博士研究生2人，硕士研究生37人，本科生92人。拥有高级技术职称人员46人，中级技术职称人员59人，济宁市有突出贡献中青年专家2人。