1990年12月，济宁市航运局由原企业性质单位变为行政机关单位。1996年5月，济宁市机构改革，将航运局列为政府序列局，改称济宁市航运管理局。同年12月，航运体制改革，实行政企分开，简政放权。1997年7月，市委、市政府批准改革方案将局行政与事业职能分离，分流机关人员，设立19个事业单位。
2001年12月，市航运管理局设办公室、人事科、计划财务科、航政法规科、水运安全科、科技教育科、离退休干部科、监察室8个职能科室。辖济宁市地方海事局（2004年3月升格为正县级）、济宁市航道管理处（副县级）、济宁市水路交通稽查支队（副县级）、济宁市水路运输管理处、济宁航运管理处、微山航运管理处、邹西航运管理处、留庄航运管理处、鲁桥航运管理处、韩庄航运管理处、金乡航运管理处、嘉祥航运管理处、鱼台航运管理处、韩庄一线船闸管理处、韩庄二线船闸管理处、微山船闸管理处、港航工程处、济宁市船员培训中心等18个下属事业单位。机构改革后，实现政事分离，济宁市航运管理局行使航运管理职能。
2010年4月，济宁市机构改革，不再保留市交通局、市航运管理局，组建市交通运输局，加挂市港航局（正县级）牌子。
第三节 济宁市港航局
视图
1990年12月，济宁市航运局由原企业性质单位变为行政机关单位。1996年5月，济宁市机构改革，将航运局列为政府序列局，改称济宁市航运管理局。同年12月，航运体制改革，实行政企分开，简政放权。1997年7月，市委、市政府批准改革方案将局行政与事业职能分离，分流机关人员，设立19个事业单位。
2001年12月，市航运管理局设办公室、人事科、计划财务科、航政法规科、水运安全科、科技教育科、离退休干部科、监察室8个职能科室。辖济宁市地方海事局（2004年3月升格为正县级）、济宁市航道管理处（副县级）、济宁市水路交通稽查支队（副县级）、济宁市水路运输管理处、济宁航运管理处、微山航运管理处、邹西航运管理处、留庄航运管理处、鲁桥航运管理处、韩庄航运管理处、金乡航运管理处、嘉祥航运管理处、鱼台航运管理处、韩庄一线船闸管理处、韩庄二线船闸管理处、微山船闸管理处、港航工程处、济宁市船员培训中心等18个下属事业单位。机构改革后，实现政事分离，济宁市航运管理局行使航运管理职能。
2010年4月，济宁市机构改革，不再保留市交通局、市航运管理局，组建市交通运输局，加挂市港航局（正县级）牌子。