航运建设
中华人民共和国成立后，党和政府对济宁运河进行大规模的治理与开发，对大运河山东段及支流航道进行疏浚治理，建设实施了一批重点港航基础设施项目，运河航运逐步得以恢复。1959-1967年，由济宁、菏泽两专区分三次开挖并改造梁济运河。由于梁济运河整治工程标准高，费用大，人力物力不足，航道建设未能达到六级标准，济宁至梁山未实现正常通航。20世纪70年代，该河只能季节性通行百吨级驳船。
1978年后，济宁运河步入历史的黄金发展期。国家把京杭运河整治列为能源和交通建设的重点，相继建设完成了一批航道、船闸、港口等基础设施项目，济宁段运河主航道标准由六级提升到三级；船闸标准由五级提升到二级。运河航运初步实现了航道网络化、船舶标准化、港口现代化、管理信息化的目标，构筑成一干多支、干支相连、配套联动、管理科学的航运体系。
1988-1991年，水利部门对梁济运河进行综合治理，梁济运河通航能力得到很大提升。1991年，山东省交通厅和济宁、枣庄两市政府向山东省政府、国家计委、交通部申报京杭运河（济宁至徐州段）续建工程建设项目。1993年，国家计委对续建工程批准立项。1997年7月8日，国务院第60次常务会议通过了京杭运河（济宁至徐州段）续建工程建设方案，要求用4年时间完成项目工程建设。该工程列为国家“九五”期间重点水运项目，总投资14.96亿元。整个工程主要由航道、船闸、港口、通讯、航标、桥梁等7个建设项目组成，按三级通航标准疏浚济宁至台儿庄170.5公里航道，按二级通航标准建设韩庄船闸和万年闸船闸，扩建泗河口港、太平港、留庄港、滕州港等4条进港航道，配套建设郭庄、付村、泗河口、太平、留庄、滕州、台儿庄等7处港口，港口吞吐能力1550万吨。2000年11月22日，京杭运河济宁至台儿庄段三级航道全线贯通，千吨级货船往返于济宁至江南航线，年通航能力由220多万吨提高到2600万吨。
2000年，南四湖湖东航线按照三级标准改造完毕，当年货运量呈现37.4%的跨越式增长。同年，济宁港航部门结合南水北调东线工程的实施，实施京杭运河东平湖至济宁段航运工程的建设。该段工程是国家规划的内河“一纵两横两网”中“一纵”的重要组成部分，是交通部“十一五”规划的重点工程，概算投资23.51亿元，主要建设项目包括按三级航道标准新建99公里航道，新建长沟、邓楼、八里湾3处船闸，改造不符合通航要求的跨河桥梁，配套建设5个港区。该工程北起泰安市西南部的东平湖，南至济宁市南部的南四湖，沿线煤炭、石灰石、黄砂等矿产资源丰富，其中煤炭储量近100亿吨、石灰石储量达600亿吨，是全省资源开发的重点地区。东平湖至济宁段航道是京杭运河黄河以南最后的一段河道，是排涝、泄洪和发展航运的重要通道。国家、省、市交通部门曾于1967年按通航100吨级驳船的六级航道进行过整治，并建有郭楼船闸和节制闸，建成后因种种原因未能发挥作用。
2000年7月，省市交通航运部门便着手开展结合南水北调调水恢复京杭运河济宁以北段通航的研究工作。进入21世纪，随着全面建设小康社会的加快推进，中国加入世贸组织，全球经济一体化趋势愈加明显，城乡经济日益繁荣，经贸往来更加频繁，济宁运河航运迎来难得的黄金发展期。2002年，经山东省交通厅和济宁市人民政府批准，采取社会融资方式对白马河航道按国家五级标准进行疏浚治理，在全省率先走出了一条航运基础设施建设投资主体多元化的路子。由于济宁遭受百年一遇的特大干旱，湖东航线在2002年、2003年各断航半年，2002年货物通过量比2001年降低20%左右；2003年上半年济宁水路货运量完成126万吨，为上年的29%；2004年通航条件比较好，货运量以169%的速度增长。“十五”期间，京杭运河济宁段货运量尽管受断航影响有所波动，由于腹地内旺盛的运输需求，总体仍呈现逐步增长态势，各项经济指标仍创历史最高水平，运河航运业已成为拉动地方经济发展新的增长点。2009年9月1日，京杭运河东平湖至济宁段航道工程的长沟、邓楼和八里湾3座船闸的可行性研究获得省发改委批复。2010年，该工程前期工作大部分完成。
2010年，济宁运河水运企业已发展至数百家，航运从业人员20多万人。完成货运量4456万吨。济宁运河已形成集船舶运输、港口装卸、港航工程、物资营销、船舶制造与检验、海事、水路交通稽查和航政、运政管理于一体的综合航运体系，上缴国家规费和税收亿元，航运业已成为国民经济发展的重要特色产业之一。
建设中的泗河口煤港（2001年摄）
港口建设
中华人民共和国成立后，济宁运河港口获得长足发展。改革开放前，济宁地区共建成四个港口。济宁港，1953年5月建，位于济宁市区南端、城顺河门附近的老运河上，距京杭运河11公里。1978年，该港吞吐量达20.8万吨。韩庄港，位于微山县韩庄运河与津浦铁路交叉处，始建于1953年5月，1958年11月20日建成投产，1972年进行扩建，疏浚进港航道及港池。1978年，该港吞吐量达17.3万吨。谷亭港，位于鱼台县谷亭镇北侧，京杭运河支流西支河南岸。谷亭港经西支河向东航行7公里即可进入京杭运河，运河东移后又有支流相通。1953年正式建港，后港区多次扩建。1978年，该港吞吐量达16.8万吨。白山港，位于微山县两城乡的独山湖东岸。1965年5月建。全港占地2.94万平方米，西起南泊，东至独山，北至大兴庄，全长14公里，水域为独山湖东岸14公里长的湖面。白山地区以产石为主，遂使该港成为石料输出港。1978年吞吐量达30万吨，旅客出港1.83万人次。
1978年后，随着国家对京杭运河的建设整治，水运需求的不断旺盛，济宁运河港口的建设开始逐年加强。在放开搞活政策的带动下，沿运地方政府及有关部门纷纷投资建港，在运河两岸掀起新一轮港口建设的高潮。1980年后，济宁地区港口数量增速较快，但基础设施水平偏低，以自然滩地为货场，装卸靠肩挑人扛，生产效率不高，港口结构不合理，岸线资源浪费严重。20世纪90年代后期，随着经济的快速发展和运力的不断增加，为了满足旺盛的运输需求，运河港口开始向大型化、专业化方向发展。坚持以大吨级、现代化的大型港口为建设重点，济宁市对中小港口同步进行了改造和提高。同时，本着“谁建设、谁使用、谁受益”的原则，鼓励货主、企业自建码头，逐步将港口建设推向社会，使港口建设步伐及建设规模得到显著提高，由被动适应型向主动促进型转变。
2000年，京杭运河三级航道贯通后，水上交通运输日益繁荣，极大地刺激和带动了港口经济的发展，社会各界投资建港的积极性越来越高。截至2007年底，济宁市港口作业区有80多处，济宁城区段有34处。这些作业区在促进腹地矿产资源开发、拉动沿河经济发展等方面发挥了积极作用。这些作业区小、散、乱、脏，机械化程度低、装卸工艺落后，不能形成规模化经营，经济效益不明显，同时缺少环保设备，对运河水质产生污染，不符合南水北调东线工程的环保要求。为配合南水北调东线工程建设和济宁市“运河之都”战略的实施，满足济宁城市西跨战略对港口建设提出的新要求，改善济宁城区运河通航环境，合理利用航道和岸线资源，根据国家对经营性基础设施建设的政策和沿运腹地经济发展情况，济宁航运部门重新调整了港口规划。2007年10月，济宁市与马来西亚森达美集团签署战略合作协议，森达美集团投资100亿元人民币参与济宁运河的综合开发，先期投资建设济宁辖区现代化港口。
运河航运（2004年8月摄）
2009年，济宁市制定《港口总体规划》，明确港口建设的发展布局，从源头上加强对港口资源的调控，保证港口资源的合理开发与充分利用。按照“一城一港”原则，拟建设济宁主城港区、韩庄港区、微山港区、留庄港区、鲁桥港区、邹城港区、鱼台港区、金乡港区、嘉祥港区、汶上港区、梁山港区11个港区，形成层次分明的运河港口体系，港口吞吐能力超过5600万吨。主城港区规划3270万吨，包括4个作业区和1个自备煤码头：跃进沟、郭庄、龙拱河、泗河口作业区和王楼矿自备煤码头。跃进沟作业区预测运量1200万吨；郭庄作业区规划500万吨；龙拱河作业区规划1000万吨；泗河口作业区规划500万吨；王楼矿煤炭及附近煤矿外运服务的王楼矿自备煤码头规划70万吨。规划中充分考虑中心城区的发展规模，考虑各县区经济特色、产业结构调整方向，实现港口的合理布局和有序发展，达到资源整合的目的。10月28日至12月10日，地方政府与相关部门联合对梁济运河城区段小码头进行集中全面清理取缔，涉及梁济运河城区段及其支流航道，北起任城区长沟镇，南到任城区喻屯镇，全长52千米，共有35个小码头（法人单位）、近百个煤炭装卸点，年吞吐煤炭、建材等货物2000余万吨，直接从业人员800多人。共清理货物堆场98万平方米，拆除泊位84个、地磅37个、装载机械21台、皮带输送机22台、装船机1台、变压器36个。2010年，随着港航对外开放与合作的不断拓展，港航投资体制几经改革，由政府财政拨款、“拨改贷”，到“以港养港”、港口企业统贷统还、实行资本金制度，逐步发展到港航建设多种投资主体并存，融资渠道多元化。通过利用外资，建立了一大批外方独资、控股、合资合作港航企业，建成一批大型、专用泊位、航道及运河港口等基础设施项目。港口吞吐量由1978年的不到300万吨升至2010年的近5000万吨。