孔子学术会堂于1990年9月创立，主旨是发挥曲阜历史文化优势，借孔子文化节嘉宾荟萃良机，按照“小规模、高水平、大影响”和“百花齐放，百家争鸣”方针，研讨交流孔子及儒家思想文化，以增强中华民族血缘同宗、文化同源的共识和为现代社会发展服务而创立的一个高层次学术讲坛。
孔子学术会堂设首席主持人一人，主持人若干人。首席主持人由省委常委、宣传部长苗枫林担任，主持人由李金山（曲阜师范大学原纪委书记、教授）、孔祥林（孔子研究院原副院长、教授）担任。讲学活动具体事宜由曲阜市孔子文化节办公室筹办。孔子学术会堂设在孔府内，最初在孔府西路忠恕堂，后迁移到孔府文物档案馆东厢。堂内设置为仿古制式，古色古香，淡雅别致，以求遵从古制，再现当年孔子杏坛讲学之风貌。
2010年9月26-27日，首届尼山世界文明论坛举行。
孔子学术会堂于每年孔子文化节活动期间（9月26日或27日），邀请两名海内外研究孔子、儒学造诣高、影响大的著名专家、学者或社会活动家登坛讲学，作孔子及儒家思想学术报告。组织研究孔子及儒家思想的专家学者到堂听讲，并进行学术交流与研讨。孔子学术会堂讲学开始前，先由主持人向听讲者介绍讲学人的简历及其主要成就。讲学活动结束后，收取讲学人讲稿，并连同讲学录音一同作为重要资料存入孔子学术会堂档案。孔子学术会堂邀请的讲学人员不限国别没有报酬，只在学堂壁上为讲学人悬一肖像瓷盘和赠送一件代表孔子故乡特色的纪念品，以资纪念并作为象征性答谢。
2008年9月28日，儒风泰山——孔子及儒家思想学术报告会在孔子学术会堂举行。
1990年，孔子学术会堂举行首次孔子及儒家思想学术报告会，到2009年停办共连续举办20场学术报告会，先后邀请40位专家学者举行40场（次）学术报告会。1990年，中国孔子基金会副会长杨向奎，全国政协特邀委员、中国汉字现代化研究会会长袁晓圆分别作题为《孔子的思想与中国传统文化》《中国传统文化》学术报告。1991年，美国总统府学者委员会主任委员、美国共和党少数民族裔全国委员会主席、中国旅游协会海外名誉顾问陈香梅作《孔子其人》学术报告，复旦大学教授、著名美学家蒋孔阳作《孔子的美学思想》学术报告。1992年，中国社会科学院学部委员、中国历史研究所所长、中国先秦史学会会长、研究员李学勤作《轩辕黄帝与曲阜》学术报告，西北大学校长、教授、中国孔子基金会副会长张岂之作《孔子及儒家思想与现代文明》学术报告。1993年，中国人民大学教授、中国孔子基金会理事张立文，清华大学教授钱逊分别作《孔子精髓与现代文明》《中国传统的道德精神》学术报告。1994年，中国人民大学教授葛荣晋、中央民族大学教授牟钟鉴分别作《儒家智慧与造就一代儒商》《儒家人性论的综合考察与新人性论的构想》学术报告。1995年，北京大学哲学系主任叶朗、孔子学术会堂首席主持人苗枫林分别作《儒家美学对当代的启示》《孔子人才观及其对中国的影响》学术报告。1996年，山东大学传统文化研究所教授丁冠之，山东社科院儒学研究所所长赵宗正分别作《对儒家伦理学说的几点认识》《大程在儒学中的地位》学术报告。1997年，中国人民大学副校长、中国伦理学会会长、博士生导师罗国杰，北京大学教授、学贯中西的学界泰斗季羡林分别作《中国伦理学》《孔子与东方文化》学术报告。1998年，由南京大学教授周继旨、闫韬分别作《关于儒学的历史地位与未来前途的展望》《顺应潮流：儒家思想的重要原则》学术报告。1999年，韩国著名学者赵骏河、曲阜师范大学教授李金山分别作《未来十年孔子思想》《孔子思想的核心问题》《哲学家孔子与孔子的哲学》学术报告。2000年，中国社会科学院研究员庞朴、孔子博物院院长孔祥林分别作《楚国早期儒家思想》《世界各国的孔庙及孔子在世界的影响》学术报告。2001年，美国哈佛大学教授杜维明、重庆社会科学院院长俞荣根分别作《孔子文化的价值》《文明对话与儒学创新》学术报告。2002年，韩国儒教学术院院长崔根德，台湾政治大学中文系教授、文学院院长董金裕分别作《<论语>中孔子的经济思想》《孔门的诚信之教》学术报告。2003年，吉林大学古籍研究所教授吕绍纲，北京大学中国文化书院院长王守常分别作《中和与道统》《古之兵柄本出儒术》学术报告。2004年，香港孔教学院院长汤思佳博士，台湾佛光大学校长龚鹏程分别作《发展孔教儒学是国家的当务之急》《生活中的儒学》学术报告。2005年，中国社会科学院教授朱凤瀚、山东大学教授蔡德贵作《从西周之德到孔子之德》《儒学面临的困境及出路》学术报告。2006年，孔子学术会堂举行孔子书院成立典礼暨孔子及儒家思想学术报告会，孔子书院顾问刘启林、刘庆俄分别作学术报告。2007年，美国夏威夷大学哲学系教授成中英、中国周易学会会长山东大学教授刘大钧分别作《儒学伦理的全球化与人类持续发展》《周易浅述》学术报告。2008年，澳大利亚学者李瑞智、重庆西南政法大学教授蒋庆分别作《儒学的当代意义》《复兴儒学的两大传统》学术报告。2009年，北京大学儒学研究中心主任、全国中国哲学史学会会长陈来，北京师范大学教授周桂钿分别作《孔子礼的思想及其现代意义》《儒家民本观》学术报告。2009年，在孔子学术会堂举行学术活动20年之际，因世界儒学大会成立并展开学术活动等，孔子学术会堂停办。