1999年9月26日，孔子研究院在二楼主展厅推出“大哉孔子展”，本次展览分为“孔子及其先世”“志学”“立教”“从政”“周游列国”“著述”6个主题，共计展出6组1000余幅图片。作为这次展览背景的全国木刻壁画之最——《山高水长》巨幅壁画以及壁画前设青铜铸像成为展览亮点。同时，在主楼二楼推出“孔府文物展”，文物展分东西两个展厅。东西展厅正面分别悬挂一组编磬与编钟，以喻《孟子》中“金声玉振”之意。西展厅展品为玉石类展品，货币陈列，青铜器、陶器，圣旨、孔府档案，满汉全席、瓷器，鎏金铜佛像，鎏金千佛曲阜塔，古琴、文房四宝；东展厅展品为商周十供，字画，元、明、清衣冠，明代家具。
2004年3月5日-13日，为纪念孔子诞辰2555年，应澳大利亚东方艺术中心、澳大利亚齐鲁同乡会的邀请，孔子研究院、曲阜市人民政府、山东出版集团、曲阜师范大学在澳洲雪梨中华文化中心联合主办《大哉孔子》展，展览由“圣迹之图”“世界文化遗产——孔庙、孔府、孔林”“东方圣城——曲阜”“孔子研究院”“孔子家乡的大学——曲阜师范大学”“中国各地孔庙”“儒学在国外的传播”等280余幅图片和百余种儒学专著组成。2005年7月23日-8月8日，为纪念孔子诞辰2556年，孔子研究院、曲阜市人民政府、山东出版集团和曲阜师范大学联合主办的“大哉孔子”展到欧洲七国巡回展出。
2005年，孔子研究院设计制作《中国历代至圣先贤先儒画像展》和《清代圣迹图展》，共展出历代儒家学派代表人物画像150余幅；承担华夏文化标志城地形地貌沙盘展，设计制作曲阜至邹城地形地貌沙盘模型；承接省、市两级政府“孔子文化节高新技术专利产品博览会”工作，累计提供展区面积1万平方米，设计展位800余个。
2006-2007年，孔子研究院举办“孔子与世界”中国书画艺术慈善展，“走近孔子感受中国”首届儒家文化国际视觉设计展，“孔子杯”迎奥运书画精品展，“走近孔子”书画名家邀请展，曲阜、文登书法家协会作品展，崔振海榜书展等多项大型展览，两年共展出作品1400余幅，新藏书画作品及其他工艺品30余件，接受国内外捐赠书籍100余册。
2008-2011年，孔子研究院举办孙大石九十华诞书画艺术展、纪念巧圣鲁班诞辰2515年全国书画展、2008米奥运盛世和谐长卷巡展、第三届中韩美术书法交流展、芜湖市·曲阜市美术书法交流展、中国历史文化名街成果展等各类展览20余次。2010年12月，台湾水墨画大师李奇茂向孔子研究院捐赠书画作品76件。