1991—1995年，济宁市委、市政府将环境保护主要指标纳入国民经济和社会发展规划。市政府与县（市、区）、市直部门和相关企业签订环境保护目标责任书。坚持防治结合的原则，加大环境保护工作力度，污染治理逐步由原来的以点源治理为主向流域、区域、行业转变。其间对济宁市城区内88台锅炉进行消烟除尘改造，改造取缔各类小型民用灶具6000多套，改善了城区大气状况。对南四湖流域有计划地进行综合治理，对全市水泥企业粉尘分批分期进行达标治理；对造纸厂黑液排放进行限期治理，关停5000吨以下草浆造纸企业。全市环境恶化的趋势基本得到控制。
1996—2000年，以“一控双达标”（主要污染物排放总量控制、工业污染源排放达标、城市功能区达标）为主线，实施环境保护“九五”规划，以限期治理和环境保护目标责任制为主要形式，以大气和水污染防治为重点。全市137家企业分别由省政府和市政府下达限期治理任务，其中省控94家，市控43家，完成污染治理投资6.2亿元，110多家企业完成治理任务，取缔关停“十五”（土）小企业66家。围绕着锅炉改造、改变燃料结构，开展大气治理工作，推广民用固硫用煤，全面禁烧烟煤和高硫煤，373家工业污染源得到有效治理。全市建成各种类型生态保护区6个，总面积1292平方千米，占全市国土面积的12%。森林覆盖率达21%，水土流失治理率达46.1%，开矿生态破坏恢复治理率达24.9%，秸秆综合利用率达到53%，促进了生态的建设和保护工作。全市环境保护各项工作取得较大进展，环境污染和生态破坏加剧的趋势得到了初步控制，环境质量严重恶化的趋势开始有所缓解，局部地区环境质量有所改善，生态环境建设取得一定成效。
2010年4月30日，济宁市集中整治违法排污百日会战调度会议召开。
2001—2005年，济宁市全面落实环境保护基本国策和可持续发展战略，围绕环保“十五”计划任务目标，以环境目标责任制为总抓手，以产业产品结构调整为主线，以保证南水北调工程实施为重点，全面实施“蓝天、碧水”工程，着力解决水污染、大气污染，保护生态环境。全市环保投资累计达51.76亿元，占同期地区生产总值的1.52%。完成43家重点水污染企业的深化治理工程，加快城市污水处理厂建设步伐，8个城市污水处理厂相继建成投运，日处理规模达到48万吨。实施《济宁市火力发电厂二氧化硫污染防治实施计划（2004—2005）》，33家火力发电厂完成烟气脱硫治理。治理结构性污染取得突破性进展，关闭10家造纸企业麦草制浆生产线、7家企业酒精生产线、300多家淀粉生产作坊，全市工业污染负荷进一步降低。启动实施生态市建设工程，建成自然保护区1360平方公里，占全市国土面积的12.73%，森林覆盖率达22%。全市各主要河流水质得到不同程度好转，南四湖水质接近三类水标准。 2006—2010年，济宁市环保工作围绕“改善环境质量，确保环境安全，服务科学发展”三条工作主线，坚持抓重点、抓关键、抓落实，环境保护从认识到实践都发生深刻变化，环境保护、污染治理取得显著成效。严格按照国家产业政策依法淘汰落后产能，共关停淘汰产能小火电68.1万千瓦、立窑水泥生产线25条、麦草生产线27万吨、酒精生产线2.5万吨、焦炭生产线26.7万吨。实施重点减排项目290个，其中COD减排项目205个，二氧化硫减排项目85个。全市“十一五”期间，COD削减21.8%，二氧化硫削减23.1%；累计减排COD1.06万吨，减排二氧化硫3.6万吨，分别完成任务量的114%和105.49%，两项指标均超额完成国家和省下达的减排目标任务。济宁市共投入139.3亿元用于水污染防治，列入《淮河流域水污染防治“十一五”规划》的44个项目和列入《南水北调东线工程治污规划》的119个项目全部完成，增建的工业点源深化治理、城市污水处理厂提标改造、流域综合治理等国家规划之外的60个项目全部完成建设任务。 全市重点河流全部建立较为完备的“治、用、保”治污体系，并体现出体系治污的巨大作用，主要入湖河流水质出现明显改善，在全市经济保持两位数增长速度的情况下，河流主要污染物COD和氨氮浓度持续下降，2010年比2005年分别下降28.1%和55.4%。南四湖水质基本达到Ⅲ类水质标准，梁济运河等6条河流入湖断面水质达到或基本达到Ⅳ类水质标准，老运河、洸府河2条河流入湖断面达到Ⅴ类水质标准，提前完成省政府提出的消除劣五类水质的目标。2010年，济宁市代表山东省接受国务院淮河流域治污考核获得第一名，探索出的“治、用、保”流域治污模式在全省全国推广。 2009年6月3日，全市夏秋两季农作物秸杆禁烧工作会议召开。
2001—2005年，济宁市全面落实环境保护基本国策和可持续发展战略，围绕环保“十五”计划任务目标，以环境目标责任制为总抓手，以产业产品结构调整为主线，以保证南水北调工程实施为重点，全面实施“蓝天、碧水”工程，着力解决水污染、大气污染，保护生态环境。全市环保投资累计达51.76亿元，占同期地区生产总值的1.52%。完成43家重点水污染企业的深化治理工程，加快城市污水处理厂建设步伐，8个城市污水处理厂相继建成投运，日处理规模达到48万吨。实施《济宁市火力发电厂二氧化硫污染防治实施计划（2004—2005）》，33家火力发电厂完成烟气脱硫治理。治理结构性污染取得突破性进展，关闭10家造纸企业麦草制浆生产线、7家企业酒精生产线、300多家淀粉生产作坊，全市工业污染负荷进一步降低。启动实施生态市建设工程，建成自然保护区1360平方公里，占全市国土面积的12.73%，森林覆盖率达22%。全市各主要河流水质得到不同程度好转，南四湖水质接近三类水标准。 2006—2010年，济宁市环保工作围绕“改善环境质量，确保环境安全，服务科学发展”三条工作主线，坚持抓重点、抓关键、抓落实，环境保护从认识到实践都发生深刻变化，环境保护、污染治理取得显著成效。严格按照国家产业政策依法淘汰落后产能，共关停淘汰产能小火电68.1万千瓦、立窑水泥生产线25条、麦草生产线27万吨、酒精生产线2.5万吨、焦炭生产线26.7万吨。实施重点减排项目290个，其中COD减排项目205个，二氧化硫减排项目85个。全市“十一五”期间，COD削减21.8%，二氧化硫削减23.1%；累计减排COD1.06万吨，减排二氧化硫3.6万吨，分别完成任务量的114%和105.49%，两项指标均超额完成国家和省下达的减排目标任务。济宁市共投入139.3亿元用于水污染防治，列入《淮河流域水污染防治“十一五”规划》的44个项目和列入《南水北调东线工程治污规划》的119个项目全部完成，增建的工业点源深化治理、城市污水处理厂提标改造、流域综合治理等国家规划之外的60个项目全部完成建设任务。 全市重点河流全部建立较为完备的“治、用、保”治污体系，并体现出体系治污的巨大作用，主要入湖河流水质出现明显改善，在全市经济保持两位数增长速度的情况下，河流主要污染物COD和氨氮浓度持续下降，2010年比2005年分别下降28.1%和55.4%。南四湖水质基本达到Ⅲ类水质标准，梁济运河等6条河流入湖断面水质达到或基本达到Ⅳ类水质标准，老运河、洸府河2条河流入湖断面达到Ⅴ类水质标准，提前完成省政府提出的消除劣五类水质的目标。2010年，济宁市代表山东省接受国务院淮河流域治污考核获得第一名，探索出的“治、用、保”流域治污模式在全省全国推广。 2009年6月3日，全市夏秋两季农作物秸杆禁烧工作会议召开。