市境内的墓葬以平民墓为大宗，也有封王、官吏、名人墓葬。著名的有孔林、孟林、孟母林、孔子父母卒葬地梁公林、曾林、少昊陵、汉鲁王墓、明鲁王墓等。
汉鲁王墓
位于曲阜市和邹城市境内，曲阜市所属的共有8座，其中九龙山之阳5座，亭山面西的两座，孟母林内马鞍山上面东的一座。邹城市所属的共有6座，分别是四基山上3座，云山上3座。
据考古调查和史书记载，自西汉高后吕雉元年（前187年）始封其外孙张偃为鲁王，至东汉末年，两汉鲁国共历十四王。曲阜九龙山汉鲁王墓共5座，皆位于山半腰处，依山凿洞，属西汉崖墓。1970年5月，发掘清理了西边的四座，其中3号墓墓道南北长37.5米，东西宽4.6～4.8米，壁高18.4米。内置甬道、前室、后室、耳室，以石门封堵，后室置棺床，其中石门刻有“王陵塞石”四字，故推定为鲁王墓。其余三座墓的布局与3号墓大致相同。2001年被公布为全国重点文物保护单位。
汉代任城王墓群
地处济宁城北郊的萧王庄村南，为东汉任城王及其嫔妃的墓区。这里原分布有九座大墓，群众俗称“九女堌”，现仅存四座坟头，其余已夷为平地。其中一号墓最大，直径50米，高约10米，经上级文物部门批准，1992年对其进行了发掘，1995年3月，设立济宁市汉任城王墓管理所，正式对外开放。1号墓虽早年被盗，仍出土部分文物，尤其珍贵的是800余块题凑石材有文字题记，总字数在4000字以上，是汉代民间书法之瑰宝。2006年被公布为全国重点文物保护单位。
明鲁王朱檀墓
明鲁王墓包括鲁荒王、鲁靖王、钜野僖顺王及其嫔妃的陵墓，这批墓葬均凿石为穴，入葬山中。在邹城市东北12公里处的九龙山南麓，有明太祖朱元璋第十子朱檀（1370-1389年）及其汤妃、戈妃的陵墓，是明代亲王第一陵园。陵区南北长1200米，东西宽800米，总占地96万平方米。整个陵区居高临下，向阳濒水，藏风聚气，碧色参天，一派皇家气派。陵区分导引、外城和内城三大部分，原建有内外城墙，地面建筑有御桥、陵门、祾恩门、享殿、明楼等。陵园为内城部分，下有朱檀、汤妃、戈妃三个墓室。朱檀墓距地表26米深，为规模宏大的地下宫殿，1970年由文物部门对其发掘，出土文物1300多件，分为冠服、琴棋书画、葬仪品、家具四大类；靖王墓位于邹城市大束镇官厅村北，是鲁王朱檀庶第一子朱肇煇（1388-1466年）的墓葬；钜野王墓在邹城市中心店镇皇翥村，是鲁靖王朱肇辉第四子朱泰墱（1416-1467年）及其妃子的墓葬。2006年5月，明鲁王墓被公布为全国重点文物保护单位。
孔林
位于曲阜老城北2公里处，是孔子及其家族的墓地。林区内有树木10万余株，明清古建筑近百间，因孔子被宋真宗追封为“至圣文宣王”，故孔林又称作“至圣林”，“至圣”即最高的圣人。孔子死后，弟子们把他葬于鲁城北泗水之上。随着孔子地位的日益提高及历代对孔林的不断增修，至清康熙年间，孔林已扩为3000亩，之后又修筑了林墙、林门等。两千多年来，孔子后裔入葬孔林的习俗一直在延续，故形成坟冢累累、碑碣林立、古木拥翠的苍凉景观。
明鲁王墓（2011年8月摄）
“墓古千年在，林深五月寒”，孔林内共有树木10万多株。相传孔子死后，“弟子各以四方奇木来植，故多异树，鲁人世世代代无能名者”，其中有柏、桧、柞、榆、槐、楷、朴、枫、杨、柳、雒离、女贞、五味、樱花等。各类大树，盘根错节，枝繁叶茂；野菊、半夏，柴胡，太子参，灵芝等数百种植物，也依时争荣。林内碑石3000多块，尚有李东阳、严嵩、翁方纲、何绍基、康有为等书法大家亲笔题写的墓碑。因此，孔林称得上是名副其实的碑林。孔林是世界上延续时间最长的家族墓地，1961年被国务院公布为全国重点文物保护单位。 孟林 是孟子及其后裔的墓地，位于邹城市大束镇西山头村北四基山西麓。林墓依山势而建，随山就势，呈东高西低状，苍松掩映，翠柏环护，碑碣斑驳。林地面积约60万平方米，是海内最早的家族墓地之一。林内现存有桧、柏、榆、槐、楷、楸、枫、柞、杨等古树万余株。林墓周围，绿树掩映，芳草如茵，坟冢点点，碑碣林立，呈现出苍凉之美。 据林内“新建孟子庙记”碑载，北宋景祐四年（1037年），孔子45代孙孔道辅知兖州时找到了孟子的坟墓，并在墓旁创建了孟子庙。宋元丰七年（1084年）增修墓庙，广植柏桧。嘉靖四十一年（1562年），邹县令章时鸾协同孟氏后裔创建正殿、厢房、二门等共计14楹。孟子墓居林之中部，前有神道、大门及享殿，后为山林。孟子墓西北有古冢三座，相传为鲁国孟孙、季孙、叔孙之墓。2006年5月，孟林作为“孟庙及孟府”扩展项目成为全国重点文物保护单位。2006年12月，作为“三孔”扩展项目入选《中国世界文化遗产预备名单》，待审批。 曾子墓 曾子被后世奉为“宗圣”，是孔子的高足弟子，墓地位于嘉祥县满硐乡南武山村西的南武山之阳，东距曾庙500米，曾子后代也葬于曾林之中。2006年曾子墓由市级升为省级文物保护单位。 据《山东通志》载：曾子卒后，其墓失修湮焉。“成化初年，山东守臣上言：嘉祥南武山南，玄武山之东，有渔者陷入一穴中，得悬棺，其前有碣，镌‘曾参之墓’。奏诏封树丘陵，建飨堂、神道，路旁松柏树木缭以周垣。”曾林南北长117米，东西宽60米，占地7000余平方米，四周林墙高3米。原有“宗圣墓石坊”一座、神道石雕一批及中门、角门、更衣所、斋房、享堂等。中华人民共和国成立后，尚存墓坟、古木、石坊、享殿，其余建筑皆已倾圯。2002年，香港金利来董事局主席曾宪梓捐资修缮了曾林享殿及院墙；当地政府筹资修通了公路及停车场，恢复了石羊、石马、翁仲等，并对曾林进行了绿化。曾子墓位于曾林中后部，封土阔30米，高5米。林内古木葱翠，坟冢累累，石仪肃穆，绿草茂密，这里已成为凭吊古代圣哲的理想目的地。 防山周汉墓群 防山周汉墓群位于曲阜城东防山西麓，时代为周、汉。原有古冢22座，现存封土墓10座，封土最大的直径约71米，斜高40米，墓前均无碑碣。据已暴露的墓葬所视，墓室为依山凿石而直下，前有墓道，上为封土。据《曲阜县志》记载，防山墓群属周代鲁诸公墓。究竟是周代鲁国国君墓还是汉代王侯墓，有待新证据。2003年9月，曾对7号墓进行了抢救性考古发掘，已知该墓的时代为东汉。防山7号墓的成功断代对了解整个防山墓群内涵有着参考性的意义。2013年，防山墓群被公布为全国重点文物保护单位。
“墓古千年在，林深五月寒”，孔林内共有树木10万多株。相传孔子死后，“弟子各以四方奇木来植，故多异树，鲁人世世代代无能名者”，其中有柏、桧、柞、榆、槐、楷、朴、枫、杨、柳、雒离、女贞、五味、樱花等。各类大树，盘根错节，枝繁叶茂；野菊、半夏，柴胡，太子参，灵芝等数百种植物，也依时争荣。林内碑石3000多块，尚有李东阳、严嵩、翁方纲、何绍基、康有为等书法大家亲笔题写的墓碑。因此，孔林称得上是名副其实的碑林。孔林是世界上延续时间最长的家族墓地，1961年被国务院公布为全国重点文物保护单位。 孟林 是孟子及其后裔的墓地，位于邹城市大束镇西山头村北四基山西麓。林墓依山势而建，随山就势，呈东高西低状，苍松掩映，翠柏环护，碑碣斑驳。林地面积约60万平方米，是海内最早的家族墓地之一。林内现存有桧、柏、榆、槐、楷、楸、枫、柞、杨等古树万余株。林墓周围，绿树掩映，芳草如茵，坟冢点点，碑碣林立，呈现出苍凉之美。 据林内“新建孟子庙记”碑载，北宋景祐四年（1037年），孔子45代孙孔道辅知兖州时找到了孟子的坟墓，并在墓旁创建了孟子庙。宋元丰七年（1084年）增修墓庙，广植柏桧。嘉靖四十一年（1562年），邹县令章时鸾协同孟氏后裔创建正殿、厢房、二门等共计14楹。孟子墓居林之中部，前有神道、大门及享殿，后为山林。孟子墓西北有古冢三座，相传为鲁国孟孙、季孙、叔孙之墓。2006年5月，孟林作为“孟庙及孟府”扩展项目成为全国重点文物保护单位。2006年12月，作为“三孔”扩展项目入选《中国世界文化遗产预备名单》，待审批。 曾子墓 曾子被后世奉为“宗圣”，是孔子的高足弟子，墓地位于嘉祥县满硐乡南武山村西的南武山之阳，东距曾庙500米，曾子后代也葬于曾林之中。2006年曾子墓由市级升为省级文物保护单位。 据《山东通志》载：曾子卒后，其墓失修湮焉。“成化初年，山东守臣上言：嘉祥南武山南，玄武山之东，有渔者陷入一穴中，得悬棺，其前有碣，镌‘曾参之墓’。奏诏封树丘陵，建飨堂、神道，路旁松柏树木缭以周垣。”曾林南北长117米，东西宽60米，占地7000余平方米，四周林墙高3米。原有“宗圣墓石坊”一座、神道石雕一批及中门、角门、更衣所、斋房、享堂等。中华人民共和国成立后，尚存墓坟、古木、石坊、享殿，其余建筑皆已倾圯。2002年，香港金利来董事局主席曾宪梓捐资修缮了曾林享殿及院墙；当地政府筹资修通了公路及停车场，恢复了石羊、石马、翁仲等，并对曾林进行了绿化。曾子墓位于曾林中后部，封土阔30米，高5米。林内古木葱翠，坟冢累累，石仪肃穆，绿草茂密，这里已成为凭吊古代圣哲的理想目的地。 防山周汉墓群 防山周汉墓群位于曲阜城东防山西麓，时代为周、汉。原有古冢22座，现存封土墓10座，封土最大的直径约71米，斜高40米，墓前均无碑碣。据已暴露的墓葬所视，墓室为依山凿石而直下，前有墓道，上为封土。据《曲阜县志》记载，防山墓群属周代鲁诸公墓。究竟是周代鲁国国君墓还是汉代王侯墓，有待新证据。2003年9月，曾对7号墓进行了抢救性考古发掘，已知该墓的时代为东汉。防山7号墓的成功断代对了解整个防山墓群内涵有着参考性的意义。2013年，防山墓群被公布为全国重点文物保护单位。