1991-2010年，济宁市新华书店确立企业法人负责制，完善经营承包责任制，理顺产权所有制，实行以资产经营为核心的现代财务制度，建立起口径统一的统计制度、审计制度等监管体制。
经营管理
门店建设 1998年1月，市新华书店在古槐路新建1154平方米的营业门市，1999年10月竣工并正式开业。建成集批发、零售一体的济宁市音像图书大世界，其中纯音像零售面积近700平方米，成为全省最大的音像零售专业店。2010年3月，因太白楼路拓宽，新华书店太中（太白楼中路）、太东（太白楼东路）两处连锁门店营业楼拆除，营业门店合并。
销售管理 1997年2月，完善企业法人负责制，市新华书店发行公司法人与各县（市）店法人、直属门市部负责人签署经营承包合同，2010年7月起，市新华书店在省公司多元化经营思想指导下，在销售图书的同时，代卖电子图书、办公用品、健身器材。
表30-8-1 1991-2010年济宁市图书发行情况一览表
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┃ 年份 │ 发行金额（元） │ 发行数量（册） │ 利润（元） ┃
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┃ 1991 │ 40970126.35 │ 3580845 │ 1417021.16 ┃
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┃ 1992 │ 51747086.26 │ 4839512 │ 1940432.45 ┃
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┃ 1993 │ 61539824.39 │ 5200385 │ 1496894.24 ┃
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┃ 1994 │ 72772270.91 │ 6001855 │ 1942181.58 ┃
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┃ 1995 │ 119938161.37 │ 6125426 │ 2755694.12 ┃
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┃ 1996 │ 15069275.88 │ 6127975 │ 305205.72 ┃
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┃ 1997 │ 258897036.58 │ 7110648 │ 5602998.46 ┃
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┃ 1998 │ 82162336.40 │ 7812047 │ 1581933.09 ┃
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┃ 1999 │ 77652164.37 │ 7044683 │ 1584000.00 ┃
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┃ 2000 │ 64887630.91 │ 6854217 │ 1600068.31 ┃
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┃ 2001 │ 64805825.06 │ 5872456 │ 1157128.87 ┃
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┃ 2002 │ 77754631.59 │ 5971431 │ 1316696.67 ┃
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┃ 2003 │ 59978230.67 │ 4872516 │ 155765.86 ┃
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┃ 2004 │ 65667255.08 │ 4982147 │ 724384.15 ┃
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续表
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┃ 年份 │ 发行金额（元） │ 发行数量（册） │ 利润（元） ┃
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┃ 2005 │ 113751785.60 │ 5264364 │ 666660.90 ┃
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┃ 2006 │ 234653584.39 │ 6102158 │ 414086.97 ┃
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┃ 2007 │ 207710029.47 │ 6354821 │ 310920.23 ┃
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┃ 2008 │ 195617261.28 │ 5921201 │ 319133.50 ┃
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┃ 2009 │ 188535364.18 │ 5821352 │ 111381.66 ┃
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┃ 2010 │ 192475527.16 │ 5836156 │ 186859.54 ┃
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图书物流
1989年3月，新华书店在济宁火车站东南前三里营西邻购置土地8.5亩，新建库房面积1200平方米的储运站，解决原储运站交通拥挤、中转业务增加的困难。2000年12月31日，新华书店储运站业务范围增至菏泽地区全境及济宁、临沂滕州部分县（市、区），新华书店物流中心中转、代出版社发行6000吨，码洋达2亿元。2001年6月，在济宁高新区购置土地73亩，投入资金3000万元，建设新型储运中转仓库，筹建济宁新华物流中心。2002年7月，中转代发业务搬迁至新华物流中心，原储运站撤销。2004年，山东省新华书店注资2000万元，购置土地60亩，建设济宁市新华物流中心二期工程。2005年10月，市新华书店物流中心组建山东省图书音像发行总公司鲁西发行中心。2006年5月，济宁市新华物流中心二期工程完工，库房4.5万平方米，综合办公大楼6500平方米，成为总公司四大物流中心之一和鲁西图书音像发行中心。
2010年12月31日，物流中心形成占地134亩、库房面积4.5万平方米、办公及配套服务大楼5600平方米、无死角安全监控、全自动消防、机械化装卸等高标准的物流企业，拥有海尔、美的、澳柯玛、中外敦豪、中国联通、鲁抗辰欣等高端客户群，全年发货3.5亿元，为鲁西南第三方物流最强企业。