1991年，市委办公室、市政府办公室印发《关于依法向档案馆移交档案的通知》。1998年，印发《关于加强档案资料征集的通知》。2000年制发市档案馆《档案资料征集工作细则》，2002年制发《档案接收计划》。2004年制发《档案寄存管理办法》等文件，明确档案接收征集范围；制定完善档案移交进馆制度，确保档案按时移交。
1991年，市档案馆征集名人书画300余幅。1999年，征集副省级以上领导干部视察济宁照片。2002年，与市直各部门签订档案移交、接收责任书，当年接收档案4.7万卷。2003年起，连续3年开展“档案资源建设年”活动。2005年，接收部分机关事业单位2000年前档案、国有改制、破产企业档案、“三讲”教育活动档案、防“非典”档案，征集曲师大骆承烈教授孔子研究论著69册进馆。2006年，接收市直机关单位档案25846卷（盒），征集副市级以上领导干部照片2600张，全国劳模和先进工作者、民营企业家档案资料1500余件。2007年，开始征集济宁运河档案资料。2008年，征集清代东河总督奏折档案200余件，收集整理创建省级文明城市档案资料2856件。2009年，完成省未成年人思想道德建设测评档案和全运会济宁赛区档案的收集整理。2010年，接收档案13815件（卷），征集国家领导人视察济宁照片、抗美援朝档案资料等。曲阜、邹城、嘉祥、梁山等县（市）突出孔子、孟子、曾子、水浒档案的接收与征集。2002年，汶上档案馆保存的《八省运河泉源水利情形总图》被列入中国档案文献遗产名录。
1991年，市档案馆馆藏全宗68个，24817卷，照片1048张，资料12394册；全市13家综合档案馆馆藏全宗822个，201884卷，照片12233张，资料95805册。2010年，市馆馆藏全宗196个，122664卷，以件为保管单位档案113436件，照片7087张，资料24723册；全市综合档案馆馆藏全宗1432个，703162卷，照片110360张，资料197563册。市城建档案馆馆藏档案93450卷，照片52000张，底图1297张，磁带260盘，光盘410张。
2010年9月15-17日，全省社会主义新农村建设档案工作会议在邹城召开。
