机关事业档案
1991年，全市开展机关档案工作定级、升级活动。1993年，开展中小学校舍建档工作，全市500多所公办学校全部建立校舍档案。1998年，开展“文书立卷月”活动。至2001年，全市100%的机关实现档案综合管理，95%以上达到省级规范化目标管理标准。2002年，推行新的归档文件整理规则，每年开展档案集中整理检查活动。2008年，贯彻国家档案局8号令，推行新的归档范围和保管期限标准。2010年，全市有93家单位被认定为省级规范化档案室。市公路、法院系统档案工作达到省特级标准。
2006年1月15日，全市档案工作会议召开。
企业档案
1992年，全市有2家企业档案工作达到国家一级标准，22家达到国家二级标准。1995年，开展全市建筑施工企业档案管理培训与检查。1996年，开展企业档案目标管理活动，至1999年，全市有1104家企业达到市级以上标准。其中，国一级4家，国二级120家，省部级389家。2000年后，此项工作向民营企业延伸。2004年，印发《进一步推进民营企业档案工作的意见》，有70多家规模以上民营企业开展建档工作。
社区档案
2001年，以市中区蒋林和刘庄两个社区为试点开展社区建档。2007年9月，全省“深化社区建档工作，服务和谐社会建设”经验交流会在济宁召开。同年，济宁市制发《济宁市城市社区档案管理暂行办法》，编辑《社区档案利用效果百例》《社区档案工作操作手册》。2010年，市中区、兖州、曲阜、邹城社区建档率达到100%，规范化管理水平不断提高。
家庭档案
2005年，社区档案工作重点向家庭延伸。2007年，市档案局与市关工委等联合印发《关于开展“建家庭档案，促社会和谐”活动的通知》，举办家庭建档座谈会及展览。2008年，举办“家庭建档理论与实践”知识讲座，印发《致全市家庭的一封信》和《倡议书》。2009年，编印《家庭档案整理利用》一书，举办“建立家庭档案，记录家史春秋”全市家庭档案展。家庭建档活动中涌现出汶上“红色家庭档案馆”等一批好典型。
济宁市档案局工作人员对第十一届全运会济宁赛区档案资料进行整理（2009年11月12日 闵超摄）
农业农村档案
1992年起，推行乡镇、村级建档。1995年，开展“农村建档年”活动，至1998年，全市186处乡镇建立档案室，6696个行政村全部建立档案。2000年后，相继开展土地承包、村委换届选举、税费改革等档案的收集整理。2007年，开展新农村建设档案工作试点。2009年，市委办公室、市政府办公室印发《关于加强社会主义新农村建设档案工作的意见》。2010年9月，全省新农村建设档案工作会议在邹城召开，全市42个乡镇、356个行政村通过“示范镇”“示范村”验收。
民生档案
2008年，市委办公室、市政府办公室印发《关于加强民生档案工作的意见》，召开全市民生档案工作现场会。2009年，市委办公室、市政府办公室印发《关于做好全市劳动保险档案管理工作的通知》。