2010年，济宁共有济宁市文物稽查大队、曲阜市文物稽查大队、邹城市文物稽查大队、嘉祥县文物稽查队、金乡县文物稽查大队和汶上县民族宗教旅游文物综合执法大队6个稽查组织。2006年6月，济宁市文物稽查队成立，为济宁市文物局下属正科级全额事业单位，编制5人。2002年初，曲阜市文物稽查大队成立。济宁市文物稽查队及各县（市、区）稽查组织根据《中华人民共和国文物保护法》有关规定，严肃查处破坏盗窃文物案件。2003年6月，济宁市文物稽查队严肃查处市中区城建综合开发公司对市级文物保护单位竹竿巷部分古建筑突击违法拆除一案，依法下达行政处罚决定书，责令其限期改正，按原貌恢复已拆除的古建筑，承担恢复古建筑的一切费用，并处罚款50万元。
泗水三王墓被盗案
1999年7月，泗水县圣水峪镇三王墓被盗案侦破，案犯孔祥赴等10余人被抓获。
曲阜系列盗墓案
2007年2月4日，曲阜市级文物保护单位大峪石人被盗，当年6月案件告破，抓捕4名犯罪嫌疑人并判刑；同年8月13日，曲阜市小雪镇小花山古墓被盗，当年9月案件告破，抓捕犯罪嫌疑人5名并判刑。2008年2月13日，曲阜市犯罪嫌疑人朱某等4人盗掘省级文物保护单位姜村古墓，文物稽查大队队员现场抓获犯罪嫌疑人1名，当年2月下旬案件告破，4名犯罪嫌疑人全被捕并判刑；6月24日，曲阜市董庄乡管村古墓被盗，26日晚，文物稽查大队队员现场抓获1名盗墓分子，月底案件告破，抓获犯罪嫌疑人2名并判刑。2010年4月18日，省级文物保护单位防山墓群10号墓被盗，文物稽查大队与公安机关联合行动，现场抓获3名盗墓嫌疑人，当年6月底案件告破，抓捕盗墓嫌疑人20名。2010年6月接市民举报，称有人在曲阜南辛镇白村沙场中挖出铁兽，并已转手卖掉。文物稽查大队与公安机关联合进行追缴，当月中旬将铁兽追回。
兖州兴隆塔地宫被盗案
2008年，5名犯罪嫌疑人租用兖州博物馆后农贸市场靠兴隆塔塔体最近的房屋，从房底挖深6米、长24米的通道1条，直达兴隆塔地宫中，窃取部分珍贵文物，并想偷运出国。随后被盗文物被警方追回，经济宁市中级人民法院审判，2名主犯判无期徒刑，3名从犯分别判5～15年有期徒刑。
邹城系列盗墓案
2009年10月上旬，王成科团伙用从河北买来的价值20余万元的“探宝仪”、从河南购得的“洛阳铲”等专门设备，在邹城市峄山镇纪王村东盗掘古墓，盗得青铜鼎3个、青铜链壶1个、青铜雁1个、青铜豆4个、陶土灯台4个、青铜片4斤。所盗文物卖给北京一个叫“二小”（在逃）的人，获赃款30余万元；10月下旬，该团伙在峄山镇纪王村东的同一地点盗得青铜剑1个、青铜耳环2个、青铜笔洗2个、青铜小鼎1个、玉2块，所盗文物卖给河南郑州一姓李的（在逃），获赃款5万余元；该团伙还在邹城看庄、郭里、太平，临沂莒县、枣庄峄城等地大肆盗掘古墓，作案20余起。2010年3月24日21时，邹城文物局配合邹城公安机关成功抓获涉嫌人王成科、齐龙亮等6名犯罪嫌疑人。2010年夏季，犯罪嫌疑人吕向阳纠集10人，在邹城市大屈村租一院落，购置洛阳铲、鼓风机，自制炸药，深夜租车窜至孟子林阎王鼻子山附近一古墓，不定期、不定时盗掘作业，盗掘作案数次，盗洞总长度达10余米，尚未掘到墓室。7月10日该团伙被邹城公安机关成功抓获。