1991—2010年，随着九年制普通教育的全面普及，全市招生考试工作也经历了重大变革。
中考
改革中考招生制度，建立完善评估方案和评估标准；探索和研究对学生的评价、考试等机制。在小学取消百分制，改为等级制。小学毕业生升初中取消升学考试，一律就近免试入学。初中升高中加试体育测试，并且在高中招生计划中单列音体美艺术特长生计划。2005年，全市普通高中新生开始实行学生学业水平和素质发展报告制度。2010年开始，将初中学生综合素质评价结果作为报考重点高中的条件之一。
1991年，济宁市开始实行高中毕业会考制度。2004年开始，根据山东省教育厅《关于印发〈山东省普通高中学生学分认定管理暂行规定〉及普通高中课程改革配套政策的通知》要求，高中会考改为学业水平考试，成绩以等级呈现。学业水平考试成绩超过2科为B的，不能申报省级优秀学生和优秀学生干部。2005年，省教育厅又下发《关于印发〈山东省普通高中学生学业水平考试工作管理暂行规定〉的通知》，对考籍注册、考籍变更、学业水平考试标准、命题、评卷等进行明确规定。
2006年5月，下发《济宁市教育局关于严肃高中学业水平考试考风考纪工作的通知》。每次学业水平考试前，各高中学校校长、考点监考教师、考生都签订《高中学业水平考试考风考纪承诺书》，各考点还统一启用电子监控，使用手机信号屏蔽仪，严禁考生携带通信计时工具入场。
普通高考
1991年，分两步实施标准化考试。1993年以前，实行选择题与非选择题分卷，选择题进行机器评卷，用计算机进行统计分数和误差控制。1994年后，对各科分数进行转换，实行标准分制度。1995年，实行文科考语文、数学、外语加历史、政治；理科考语文、数学、外语加物理、化学的“3+2”方案。1997年，普通高校招生实行“并轨”。学生缴费上学，毕业后自主择业。1998年，中专学校全面“并轨”。2000年起，从普通高中毕业生招收国防生，地方普通高校为部队培养输送人才。
2001年，取消高考考生年龄及是否结婚的限制。2002年山东省实行“3+文科综合/理科综合”模式。2003年，高考时间调整为每年6月7、8、9日。教育部正式批准22所高校实行自主招生。2004年起，每名高考考生报名时都要签订诚信考试承诺书。2005年，教育部提出实施高校招生“阳光工程”。山东省高考开始实行自主命题，全省70多万名考生首次使用“山东版”高考试题。按照教育部部署，山东省高考语文、数学、英语三科试题率先实行自主命题，文科综合、理科综合和外语考试中的俄语、法语、德语、日语、西班牙语等（含听力考试部分）试题仍然采用教育部考试中心命制的试题。
2005年，山东省高考语文科目开始推行网上阅卷，之后陆续增加科目，至2009年，山东省高考全部科目实现网上阅卷。网上评卷在系统运行、质量控制和流程管理方面展现出良好的稳定性、科学性和规范性。山东省统一设置省外院校艺术专业考试考点，济宁市开始承办该项考试。2006年，济宁市高考执行市属分数线，为济宁市学生提供更多的进入本科院校上学的机会。2007年，山东省迎来实施新课改后的第一次高考，高考模式由“3+X”升级为“3+X+1”，除英语听力和小语种科目由教育部命题外，语文、数学、英语、文科综合、理科综合、基本能力测试六科均由山东省自行命题。自此，山东省高考命题基本进入“山东卷”时代。2007年教育部建立国家教育考试诚信档案网络平台。
恢复高考后，美术专业招生考试一直实行招生院校组织美术专业考试的办法。2009年，美术专业招生采取全省统一考试、统一评卷的模式，使美术专业考试逐步迈向科学化、规范化、标准化。
从2010年起，山东省全部取消省内制定的加分等照顾性政策，坚持公开公平公正，做好特殊类型考生的资格审查。
高考录取
全国高等院校在济宁市招收本科人数不断增加，从1991年的1334人增加到2010年的1.6万人，增加11倍，本科录取率从1991年的8.61%提高到2010年的30.45%。专科录取人数，1991年2181人，2005年3.12万人，增加13.3倍。
1991—2010年，高等院校在济宁市录取人数不断增加，1991年本专科录取总数3515人，2008年最高，4.85万人，增加12.8倍。本专科录取率1991年为22.5%，2009年最高，为78.76%。20年共录取专科生33.76万人，本科生15.99万人，共计49.76万人。20年间，济宁市先后送入北京大学、清华大学的学子有100余人。1997年，汶上县第一中学考生马磊以总分818分的成绩获得山东省第二名，被北京大学录取。2003年，济宁市育才中学考生祝峰以685分的成绩获山东省理科状元，被清华大学录取。2004年，济宁一中尤源成为2004年香港中文大学在山东省录取的唯一一名内地学生。2006年，济宁一中赵静远以高考总分707分，位列当年山东省第二名，被清华大学录取；济宁一中学生崔维琛以满分300分的成绩位居山东省理科综合第一名。
表29-12-1 1995—2010年济宁市普通高校录取情况统计表
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┃ 年份 │ 考生人数 │ 本科录取 │ 本科录取率% │ 专科录取 │ 录取合计 │ 录取率% ┃
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┃ 1995 │ 18463 │ 1988 │ 10.77 │ 3920 │ 5908 │ 32.00 ┃
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┃ 1996 │ 22243 │ 2251 │ 10.12 │ 3750 │ 6001 │ 26.98 ┃
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┃ 1997 │ 24959 │ 2228 │ 8.93 │ 2798 │ 5026 │ 20.14 ┃
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┃ 1998 │ 27092 │ 2358 │ 8.70 │ 3068 │ 5426 │ 20.03 ┃
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┃ 1999 │ 28341 │ 4391 │ 15.49 │ 5001 │ 9392 │ 33.14 ┃
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┃ 2000 │ 31793 │ 5222 │ 16.42 │ 9252 │ 14474 │ 45.53 ┃
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┃ 2001 │ 36243 │ 6522 │ 18.00 │ 12643 │ 19165 │ 52.88 ┃
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┃ 2002 │ 41286 │ 8593 │ 20.81 │ 17599 │ 26192 │ 63.44 ┃
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┃ 2003 │ 48712 │ 10648 │ 21.86 │ 23100 │ 33748 │ 69.28 ┃
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┃ 2004 │ 57488 │ 10848 │ 18.87 │ 28837 │ 39685 │ 69.03 ┃
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┃ 2005 │ 63817 │ 11690 │ 18.32 │ 31173 │ 42863 │ 67.17 ┃
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┃ 2006 │ 64281 │ 12847 │ 19.99 │ 27203 │ 40050 │ 62.30 ┃
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┃ 2007 │ 65722 │ 14024 │ 21.34 │ 29789 │ 43813 │ 66.66 ┃
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┃ 2008 │ 68034 │ 15668 │ 23.03 │ 32785 │ 48453 │ 71.22 ┃
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┃ 2009 │ 61313 │ 15923 │ 25.97 │ 32370 │ 48293 │ 78.76 ┃
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┃ 2010 │ 52477 │ 15978 │ 30.45 │ 25051 │ 41029 │ 78.18 ┃
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普通中专、五年制高职招生
普通中专、五年制高职招生是招收初中毕业生进入普通中等专业学校及五年制高职学习的招生形式。1997年达到峰值，是年普通中专报考1.18万人，录取5782人。2001年，山东省开始实施五年制高职教育，举办模式为“3+2”连读和五年一贯制。2010年，全市普通中等专业学校招生和五年一贯制共报名8232人，录取8138人，其中五年一贯制专科1014人，“3+2”连读专科1675人，普通中专5449人。
硕士研究生招生考试
硕士研究生招生考试报考点由各省级教育招生考试管理机构确定并公布。报考点接受考生咨询，办理报名手续，安排考场，组织考试。从1989年原国家教委决定硕士研究生招生考试实行全国统考开始，济宁市一直承担硕士研究生招生考试报名考试工作，2010年，研究生招生考试全部安排在标准化考点进行。报名人数由1989年的不足百人，增加到2010年的6231人。
成人高考
全国成人高等学校招生统一考试属成人高等教育属国民教育系列，列入国家招生计划，国家承认学历，参加全国招生统一考试，各省、自治区统一组织录取。考试分高中起点升成教专科、高中或专科起点升成教本科三个层次。
1990年，济宁市成人高校招生考试报考人数为8361人，其中高中起点升本、专科7159人，专科起点升本科1202人。2010年，济宁市成人高校招生考试共计报名1.78万人。其中，高中起点升本、专科8111人，专科起点升本科9685人。成人高校在济宁市共录取1.14万人。
高等教育自学考试
1995年，根据自考工作实际，制定《济宁市高等教育自学考试考务工作管理实施细则》《济宁市自学考试规范化考点标准及试行办法》《济宁市自学考试考点工作奖惩暂行办法》《考点工作考核量化表》《监考员考核量化表》等，全市自学考试走上规范。
1992年上半年，开考20个专科和7个本科专业，有8205人次报考。2000年上半年，开考科目72个专业（53个专科，19个本科），报考2.68万人次。开考的本、专科专业，涉及经济学、法学、社会学、政治学、医学、语言学及公安、新闻、教育、艺术、工科、农科等12大门类。
2000年，为把自学考试向农村推广延伸，部分县（市、区）建立以乡镇教委为依托的自学考试工作站。2001年1月2日，济宁市教育委员会印发《关于加快高等教育自学考试向农村延伸工作的意见》，在全市予以推开。2001年10月15日，省高等教育自学考试委员会下发《关于批准济宁、潍坊两市建立自学考试农村试验区的决定》，并将金乡县人民政府《关于推进我县自学考试向农村延伸的实施意见》，在全省推广。
2002年9月，济宁市采用国家考试中心新研制的《全国高等教育自学考试考务考籍管理系统》，报名、考场编排、数据统计由原来的手工操作，改为计算机操作。新系统采用全国统一位数的准考证号进行报名、考场编排、分数统计，高等教育自学考试管理工作更加系统、规范。全市高等教育自学考试办公室经山东省ISO 9000质量管理委员会检查验收，符合ISO 9000质量管理体系标准。2004年4月，山东省被教育部考试中心确定为全国高等教育自学考试质量管理评审检查省份。济宁市代表山东省接受教育部考试中心的评审检查，受到高度评价，并受到省考委的表彰。
1991—2010年，全市高等教育自学考试共有本科毕业生5295人，专科毕业生1.29万人。
社会证书考试
2000年始，市招考中心陆续承担剑桥少儿英语考试、全国计算机等级考试、全国公共英语等级证书考试、全国中小学信息技术等级考试、大学英语四六级考试、山东省中国书画艺术等级考试等社会证书考试。济宁市社会证书考试规模在全省一直名列前茅，中国书画艺术等级考试处于全省领先地位。每年较大规模的证书考试有8次，从报名、编场到考试的每一个环节都精心组织，实现了考试的科学化、规范化管理，保证了考试质量，多次受到省招生考试院和主管处室的表扬，并多次在全省会议上进行经验介绍。