1998年7月，济宁职工大学与济宁电视大学整合，筹建济宁职业技术学院。2000年，经山东省人民政府批准成立全日制专科济宁职业技术学院。2003年，学院收编济宁市工业学校；2004年，又收编济宁农校和济宁市财政学校，规模进一步扩大。
1998年7月，济宁师专与济宁教育学院整合，并收编济宁艺术学校和济宁师范学校。2001年，经报请省政府同意筹建专升本济宁学院。2006年1月，筹建中的济宁学院整体搬迁至曲阜文化城新建校区。2007年1月，经教育部批准，济宁师专正式晋升为济宁学院。2008年，济宁教育学院恢复建制，依托原金乡师范学校举办教师岗位培养培训，同成人高校与各大学成人教育学院（成人教育处）、济宁电视大学远程教育、高等教育自学考试等一起，共同构建了成人高等教育网络。
2002年，济宁市高级技工学校经省政府批准改建为济宁技术学院，迁址于济宁市高新技术开发区。2009年改建为济宁技师学院。
2003年4月，山东省教育厅批准兖矿集团在兖州矿区职工大学基础上筹建山东工贸职业学院。2006年4月山东工贸职业学院正式成立，由兖州矿区职工大学、兖矿集团高级技校和兖矿集团环保安培中心三校合并而成，是一所集高等成人教育、高等职业教育、中等职业教育为一体的综合性成人高校。
2004年，整合山东省济宁贸易学校、山东省机电学校和济宁商业学校，筹备改建普通高职院校。2007年，筹改中的职大整体搬迁至济宁北湖开发区建新校区。2009年，省政府统筹高职院校结构布局，批准山东省贸易职工大学改建为山东理工职业学院。
2005年，曲阜师范大学杏坛学院成立，成为全市第一所独立民办本科高等院校。
2010年，全市高等教育学校共有10所；其中，普通高校8所（普通本科院校4所，高职专科院校4所），成人高校2所。全市高校占地8095亩，校舍建筑面积275.78万平方米，教学仪器设备总值55920万元，馆藏图书728.3万册。高等教育招生和在校生人数均创历史新高。普通高校招收研究生1169人，在校研究生3263人；本专科招生23713人，在校生77966人。成人高校招生8000人，在校生22718人。
第一节 院校建设
视图
1998年7月，济宁职工大学与济宁电视大学整合，筹建济宁职业技术学院。2000年，经山东省人民政府批准成立全日制专科济宁职业技术学院。2003年，学院收编济宁市工业学校；2004年，又收编济宁农校和济宁市财政学校，规模进一步扩大。
1998年7月，济宁师专与济宁教育学院整合，并收编济宁艺术学校和济宁师范学校。2001年，经报请省政府同意筹建专升本济宁学院。2006年1月，筹建中的济宁学院整体搬迁至曲阜文化城新建校区。2007年1月，经教育部批准，济宁师专正式晋升为济宁学院。2008年，济宁教育学院恢复建制，依托原金乡师范学校举办教师岗位培养培训，同成人高校与各大学成人教育学院（成人教育处）、济宁电视大学远程教育、高等教育自学考试等一起，共同构建了成人高等教育网络。
2002年，济宁市高级技工学校经省政府批准改建为济宁技术学院，迁址于济宁市高新技术开发区。2009年改建为济宁技师学院。
2003年4月，山东省教育厅批准兖矿集团在兖州矿区职工大学基础上筹建山东工贸职业学院。2006年4月山东工贸职业学院正式成立，由兖州矿区职工大学、兖矿集团高级技校和兖矿集团环保安培中心三校合并而成，是一所集高等成人教育、高等职业教育、中等职业教育为一体的综合性成人高校。
2004年，整合山东省济宁贸易学校、山东省机电学校和济宁商业学校，筹备改建普通高职院校。2007年，筹改中的职大整体搬迁至济宁北湖开发区建新校区。2009年，省政府统筹高职院校结构布局，批准山东省贸易职工大学改建为山东理工职业学院。
2005年，曲阜师范大学杏坛学院成立，成为全市第一所独立民办本科高等院校。
2010年，全市高等教育学校共有10所；其中，普通高校8所（普通本科院校4所，高职专科院校4所），成人高校2所。全市高校占地8095亩，校舍建筑面积275.78万平方米，教学仪器设备总值55920万元，馆藏图书728.3万册。高等教育招生和在校生人数均创历史新高。普通高校招收研究生1169人，在校研究生3263人；本专科招生23713人，在校生77966人。成人高校招生8000人，在校生22718人。