1991—2010年，济宁市特殊教育发展迅速。1991年全市有特殊教育学校3所，在校生148人，教职工49人，其中专任教师40人。此后，各县市区先后建起聋哑学校，并逐步规范运作，更名为特殊教育学校。弱智儿童教育原来多在小学随班就读，并实行特生特教，后都转入特殊教育学校学习。
2010年，济宁市共有特殊教育学校13所；其中盲校1所、聋哑学校9所、其他学校3所。在校生1507人；其中视力残疾215人、听力残疾850人、智力残疾442人。另有264人在普通小学随班就读。全市特殊教育学校教职工451人，其中专任教师338人，专任教师学历达标率95%。微山县特殊教育学校被评为省级规范化学校，邹城市、金乡县、梁山县等3所特殊教育学校被评为市级规范化学校。
市委、市政府重视特殊教育，把提高残疾儿童受教育程度，作为巩固“两基”成果、提高义务教育实施水平的重要内容，列入基础教育改革和发展的总体规划。1999年实现“两基”之后，全市牢固树立科学的教育发展观，贯彻落实《中华人民共和国残疾人保障法》《残疾人教育条例》和国家九部委《关于“十五”期间进一步推进特殊教育改革和发展的意见》，不断加大对特殊教育学校的投入，改善办学条件；对特教学生全部实行“三免一补”，即免学杂费、教材费、住宿费、补助生活费，从根本上解决学生上学难的问题。不断深化特殊教育教学改革，规范管理制度，提高残疾儿童少年的综合素质。市教育局在搞好学校建设的基础上，将特殊教育学校师资培训纳入全市师资培训计划。2008年8月举办全市特殊教育全员培训班，各县市区教育局基础教育科科长、负责特殊教育工作的人员、各特殊教育学校校长及部分乡镇随班就读指导教师共320人参加培训。2009年8月，又举办特殊教育教师业务培训班，全市280人参加培训。
1991—2010年，全市特殊教育学校共毕业学生2549人，其中有87人考入山东省特教中专继续学习。多数聋哑生毕业后由县市区民政局安排到福利工厂工作，盲校毕业生在家长和亲友帮助下办起按摩诊所，成为残而不废、自食其力的劳动者。