1991年，济宁市科学技术委员会为正县级行政单位，设办公室、人秘科（人事科）、法制科、计划财务科、科技成果科、工业科技科、农业医学科技科、星火计划管理科、专利管理科、监察室，机关编制29人。2001年6月，更名为济宁市科学技术局，设办公室、人事科、政策法规与行政许可科、规划财务科、合作交流科、高新技术发展及产业化科（市高新技术办公室）、农村与社会科技发展科、科技成果科（市科技保密工作办公室）8个科室，机关行政编制23名。至2010年，市科技局机构没有改变，下属单位有山东省鲁南工程技术研究院管理中心、市生产力促进中心、市科技创新服务中心3个副县级事业单位，市科学技术情报研究所、市科技开发交流中心2个正科级事业单位，市技术市场1家企业。
济宁市生产力促进中心
1998年7月设立，为科级差额拨款事业单位，编制5人。2004年2月，中心由差额事业单位改为自收自支事业单位。2004年7月，被科技部认定为第五批国家级示范生产力促进中心。2007年4月，升格为副县级自收自支事业单位，编制由5名增加到10名，设综合科、项目发展科。
山东省鲁南工程技术研究院管理中心
2009年9月，山东省鲁南工程技术研究院设立，为民办非企单位。2010年9月，由市星火计划管理办公室、市技术市场管理办公室合并组建为山东省鲁南工程技术研究院管理中心，为市科技局所属社会公益一类副县级事业单位，设综合部、项目部、合作部，编制12人。
济宁市科技创新服务中心
2004年3月设立，为副县级自收自支事业单位，人员编制内部调剂，隶属市科技局领导。主要职责为：提供科技创新服务，科技信息服务，科技成果推广，科技项目孵化，科技合作交流，科技会展演示等。2010年，有工作人员3人。2012年合并至鲁南技术产权交易中心。
济宁市技术市场
1988年成立。1992年与济宁市生产力促进中心合署办公。2010年，有职工15人，全部为大专以上学历，其中硕士学位2人，学士学位5人，高级职称2人。下设行政管理部、技术转移部、培训咨询部、市场与招商部、检索查新中心、网络管理中心。