1985年，济宁市首部防空袭预案编制完成，1992年、1995年对防空袭预案进行多次修订。1997年，按照全省组织指挥工作要求，市人防办组织编制更为全面的济宁市防空袭预案。2005年，济宁人防民防应急指挥中心开工建设，主要功能定位为“一个中心、两个基地（人防民防应急指挥中心，国防人防教育基地、人防民防专业队伍培训基地）”；同年，在原有7支人防专业队伍的基础上，增加引偏诱爆、伪装设障、信息防护等6支专业队，市级应急救援专业队伍达到13支、1423人。2008年，市政府印发《济宁市重要经济目标防护工作方案》，针对全市一、二级重要经济目标单位制定《重点经济目标防护方案》；同年8月，济宁市在全省重要经济目标防护工作会议上作典型发言；9月，济宁市二级经济目标防护单位——中银电化公司成功组织防化学泄漏事故演练。2009—2010年，组织建设人防指挥自动化平台，平时为全市应急救援和人防办办公自动化提供服务，战时为组织指挥全市防空袭斗争提供通信保障。至2010年底，济宁市区防空警报器达57套，全市防空警报器达203套，济宁市城区、各县（市）城区及重点镇城区防空警报音响覆盖率达到100%；在12县（市、区）建成县级指挥网络，实现纵向省市县、横向各县（市、区）指挥系统之间互联互通。