1992年3月，《中国人民武装警察部队内卫勤务规定》颁布，武警济宁支队及时结合形势任务作出相应调整部署。4月10日至5月10日，开展勤务教育整顿活动。1993年12月，根据山东省总队司令部命令，正式担负山东省人民银行济宁市代保管库（设在兖州市）守卫任务。1996年，根据武警山东总队聊城现场会要求，武警济宁支队看守目标于12月12日全部撤出，实现看守勤务“内转外”要求。1997年，根据武警总部命令，武警济宁支队新增3个中队，分别担负邹县电厂守卫勤务、鲁西监狱看押勤务及黄河铁路大桥的守护勤务。各执勤中队均成立1支精干防暴小分队。10月，山东省人民银行济宁代保管库迁至济宁，人行守卫班随金库搬迁移防济宁。1999年1月，《中国人民武装警察部队执勤规定》发布执行，武警济宁支队各基层中队均按规定重新修定勤务方案并加强演练。
2004年，中央决定把反恐核心区处置任务交给武警部队后，武警济宁支队各执勤中队、机动中队均成立反恐小分队，从组织力量配备、训练内容调整和职能作用发挥等方面加以改进，不断完善处突反恐预案，积极参与社会治安综合治理和严打整治斗争，充分发挥武警部队“尖刀”和“拳头”作用。2006年，根据省公安厅和总队要求，武警济宁支队贯彻全省“两看”勤务改革现场会精神，推进执勤工作创新发展。11月16日，武警山东总队与山东省司法厅在武警济宁支队召开监狱看押目标执勤改革现场会。
2007年，武警济宁支队与驻地党委及用兵单位搞好沟通协调，推进执勤改革，12月，除新建和迁建看守所外，监管改革全部完成，监狱改革快速推进。2008年7月10日，京九铁路孙口黄河大桥守护勤务正式上勤。
2006年5月23日，武警济宁支队担负全国创建平安边界现场会议的安全保卫任务。图为执勤现场。
2009年1月7—9日，根据山东省委政法委统一部署，武警济宁支队对全市执勤目标的安全工作进行专项检查。除泗水看守所正在新建外，全市执勤目标的“四防一体化（人防、物防、技防、联防一体化）”改革均完成，市委执勤点、市政府执勤点均安装三级网查勤系统，并为应急分队配备反恐装备。11月3日，济宁监狱金桥监区上勤。12月15日，济宁监狱金源监区上勤。
安全保卫
2002年8月17日，武警济宁支队分别在兖州、邹城火车站担负长江三峡移民安全保卫和搬运物品任务。2006年5月22—23日，完成全国创建平安边界现场会议安全保卫任务。2008年7月22日上午，完成奥运火炬曲阜站传递安保任务；8月8日，分4个时段对市党政机关和主要街道进行武装巡逻，确保奥运会期间安全稳定。2009年10月17—24日，完成第十一届全运会场馆看护、出入口警戒、运动员驻地警卫勤务和比赛期间反恐、处突备勤任务。
2009年5月14日，武警济宁支队协助曲阜市公安局成功捣毁一黑恶势力犯罪团伙。
处突维稳
2005年6月5日，武警济宁支队协助济宁市公安机关排除一起位于加油站附近、火药成分极不稳定的烈性爆炸物。10月16日，派出官兵协助曲阜市公安局成功处置暴力劫持人质事件。2007年11月5日，出动官兵，配合曲阜市公安机关，成功抓捕1名持枪杀人犯罪嫌疑人。2008年10月19日，成功处置1起女精神病人持刀劫持人质事件。2009年5月14日、20日，出动反恐突击队员，配合曲阜市、邹城市公安机关抓捕恶势力团伙2个。2010年6月11—12日，出动官兵，协助公安机关成功捣毁1个贩毒团伙。
抢险救灾
1991年7月25日6时40分，组织官兵，在市防汛指挥部指导下，紧急奔赴指定地点，经过20个小时的连续作战，装卸草袋12万条，在泗河粟河崖、张桥主要险段加固河堤120米，背土160方，同时完成疏散群众、夜间沿河巡查。1993年夏，微山县连降暴雨，武警济宁支队派出官兵与当地群众一起奋战7昼夜，确保了微山湖二级坝安全。微山县中队被省政府表彰为抗洪抢险先进单位。2001年8月7日15时，按照总队命令，迅速集结官兵，紧急赶赴东平湖参加抗洪抢险。全体参战官兵连续奋战11昼夜，紧急抢险堵管涌8处，抢修严重管涌坝段80米，铺土工布2880平方米，铺防水布900平方米，加固坝基360米，搬运沙袋3.7万余袋，石子820袋，确保了大堤安全。武警济宁支队被省政府评为2001年全省抗洪抢险先进单位。2003年9月5日，接到济宁市抗洪指挥部命令，紧急出动官兵奔赴琵琶山溢流坝泄洪抢险。10月中旬，奉总队命令，出动官兵在菏泽东明县、梁山县境内执行黄河抗洪救灾任务，历时22天，共参加抗洪抢险目标3处，搬运投掷沙土包3.4万袋，石料2040方，打桩300余根，搬运秸料、扎防浪柳枕7.8万公斤，抢修防浪坝1550米，修补坝坡残缺320米，整理石垛480米，填堵水沟浪涡28个，修铺道路累计约31公里。武警济宁支队被省委、省政府评为黄河抗洪救灾先进集体。2009年11月12日8时30分，接到汶上县苑庄镇大王庄村蔬菜基地遭受雪灾的消息，武警济宁支队官兵火速奔赴事发地点，奋战5个小时，抢收蔬菜100余亩，挽回经济损失20余万元。
2009年11月12日，武警济宁支队参加汶上雪灾救援。
警卫
武警济宁支队担负着党和国家领导人、重要外宾到济宁视察或进行友好交往时驻地路线的安全保卫任务。1991—2010年，完成中共中央总书记江泽民，国务院总理李鹏，国家主席杨尚昆，国务院总理朱镕基，全国政协主席贾庆林，朝鲜劳动党中央委员会总书记、朝鲜民主主义共和国主席金日成，新加坡总理吴作栋等首长、外宾警卫任务。
武警济宁支队官兵奔赴东平湖抗洪一线 （2001年摄）
