组织领导
义务兵征集工作一般安排在每年第四季度，在市政府和军分区的领导下进行。1996年，为县（市、区）人武部收归军队建制后的第一年征兵。征兵工作开始前，征兵领导小组召开专题会议，学习国务院、中央军委征兵命令，分析本地区的征兵工作形势，研究部署全区的征兵工作任务，各级政府在人力、物力、财力上给予全面保障。军分区党委带工作组分片包干，深入基层，对全区征兵工作全面指导，市公安、卫生、宣传、教育、民政、财政、交通、工会、共青团、妇联等部门各负其责，密切配合，形成工作合力。
宣传发动
1991年后，大批农村青年进入城市打工，曾一度出现参军热情下降的趋势。针对这一情况，1994年，济宁军分区政治部下发《1994年冬季征兵政治工作指示》，市委宣传部和军分区政治部联合印发《关于开展征兵宣传月活动的通知》《1994年冬季征兵工作宣传报道计划》。各县（市、区）加强思想教育工作，利用各种形式进行形势、国防意识、政策与法制的再教育，提高依法服兵役的思想认识，形成人人关心征兵工作，支持国防建设的良好氛围。2000年后，根据征兵出现的新情况、新问题，各级兵役机关与宣传、教育、新闻等部门密切配合，各级报纸、电台、电视台等媒体设立专题、专栏，军地领导发表电视、广播讲话或答记者问，开通“征兵热线”电话，利用各种形式，深入宣传依法服兵役的有关政策。
体格检查
1991年起，在坚持培训制度和先行试点的基础上，济宁市制定正规化体检措施，各县（市、区）实行封闭式体检，排除外界干扰，体检质量有了很大提高。预征对象上站前，由基层人武部进行目测摸底，组织初审淘汰，同时由民兵连进行病史调查。1995年后，建立专业化体检队伍，实行规范化体检。各县（市、区）抽调医术好、素质高的医生参加体检，要求参加过征兵体检的医生占70%以上。医务人员严格掌握体检标准，对边缘问题实行交叉检查、集体会诊，坚持谁签字、谁负责。2000年，国务院、中央军委为提高新兵文化水平，调整征集普通高中以上文化程度青年的视力标准。即左眼裸眼视力由4.8放宽到4.6，右眼裸眼视力由4.9放宽到4.8。市政府印发《关于鼓励大专以上毕业生应征入伍的通知》，对高文化素质的青年入伍开辟“绿色通道”，实行“四优先”，即优先确定为预征对象、优先体检、优先政审、优先定兵。当年征集的新兵中高中以上文化程度的占51.6%。2002年，在新兵体检时成功使用《SCL—90心理测查系统》《征兵心理健康测试计算机处理软件》，对化检前体检青年进行测查，使精神科体检更加标准。
政治审查
1994年，各县（市、区）以公安部门为主，抽调熟悉政策规定、责任心强、作风纪律过硬的人员组成征兵政审班子，对确定的预征对象逐人审查，把平时表现不好、政治素质差、有明显劣迹的青年淘汰在上体检站之前。建立集中政审机制和联审制度，采取全面政审和重点政审、纵向联审和横向联审、集中政审和分级政审“三结合”的方法，形成多渠道、多层次的审查网络。2000年后，针对适龄青年活动范围大、流动性强的特点，各县（市、区）采取有效措施加大政审力度。征兵开始前，各地普遍对政审人员进行培训，同时认真落实县、乡、村三级联审工作责任制。村、企业主要负责把好推荐关，乡镇人武部、派出所把好初审关，体检结束后，对每个预征新兵进行全面审查。县（市、区）征兵办政审组在基层审查的基础上，再组织有关单位进行交叉联审，对边缘地区的进行横向联审。对确有问题的坚决除名，对现实表现查不清和有疑点的一律不批准入伍。在政审中，始终把查清青年的现实表现作为政审工作的重点，突出抓好外出务工人员、户口变动人员以及“条件兵”的政审工作。
审批定兵
一般分三步进行。1.预定新兵对象。村（居）民委员会根据本单位应征青年体检、政审合格数量，按照择优推荐的原则，确定人选并填写基层单位意见，报街道办事处，乡、镇征兵办公室。2.初定新兵。街道办事处和乡、镇征兵办公室根据村（居）民委员会确定的新兵预定对象和本单位的征兵任务数，在全面衡量的基础上，确定新兵初定名单，并填写街道办事处，乡、镇征兵办公室审查意见，报县（市、区）征兵办公室。3.审批定兵。定兵前，县（市、区）征兵办公室召集体检、政审负责人汇总体检、政审情况，对合格青年全面衡量，提出预定新兵名单，数量一般大于征兵任务的5%～10%，并广泛征求接兵部队的意见，与接兵部队负责人协调定兵中可能出现的问题。本着择优定兵、相互支持的原则，把问题解决在定兵之前。
廉洁征兵
1992年，济宁军分区制定廉洁征兵工作“六不准”，即不准以权谋私、搞权钱交易，收受礼品，索贿受贿；不准放宽征集的政治、身体、文化条件；不准将户口所在地以外的适龄青年征入部队；不准向应征青年或家长收取费用；不准多征多接新兵；不准在非征兵期间办理入伍手续。
1993年，以保证新兵质量和廉洁征兵为重点，严格征兵纪律，军分区人武部制定廉洁措施，实行“五公开”，即征兵政策公开、征兵任务公开、进站青年公开、合格青年公开、新兵名单公开。联合纪检、监察等部门成立举报事宜受理小组，专门处理征兵工作中的来人来访和举报事宜，设立举报电话120部、举报信箱170个。
1996年，市征兵办公室印发征接兵纪律“八不准”，即不准放宽征兵条件、降低标准，将不合格青年征接入部队；不准将青年从户口所在地以外的地区征接入部队或多征多接、少征少接新兵；不准为不合格青年入伍说情或向征接兵人员施加压力；不准巧立名目向应征青年及其家长收取费用；不准利用征接兵工作以权谋私，收受钱物，索贿受贿；不准让应征公民及其家长提供交通工具、安排住宿、购买物品或应邀到营业性娱乐场所活动；不准接兵人员回原籍接兵或带家属接兵；不准克扣新兵运输中的伙食费或让新兵垫支经费开支，并出台“禁酒令”。
2001年，为杜绝征兵工作中的不正之风，市纪委、军分区联合印发《关于严格征兵纪律，防止和纠正征兵工作不正之风的通知》，12个县（市、区）全部成立由人武部牵头，纪委、监察和接兵部队有关人员参加的廉洁征兵领导小组，制定廉洁征兵纪律和有关规定。为提高征兵工作的透明度，实行政策规定公开、征集任务公开、征集条件公开、体检政审结果公开、预定新兵公开、定兵结果公开。在市、县、乡三级设举报电话140余部，举报信箱185个。
2004年，征兵工作在改革创新中不断改进，为进一步完善监督制约机制，实行挂牌上岗、政务公开。编印《警示录》，发放《致应征青年及家长的一封信》，让新闻媒体全程监督，实行阳光操作，增强征兵工作的透明度。为做好公开向社会征集女兵工作，在《济宁日报》刊登公开征集女兵公告，连续3天在济宁电视台播放滚动字幕，组织公安、卫生、民政等部门对体检政审双合格的女青年进行综合评审，并在《济宁日报》上进行公示。
2007年，印发《廉洁征兵学习教育手册》、制定征兵工作政务公开栏，取消机动征集指标，加大纪律检查和监察力度。2008年，全市实现征兵零投诉、零举报、零上访、零违纪问题查处。2010年，在任城区、曲阜市、泗水县进行“一站式”政审试点，其他县（市、区）安排1～2个乡镇进行试点，提高政审工作效率，探索大规模开展“一站式”政审的方法路子。
集结送兵
每年征兵工作后期，按照车运计划组织好新兵欢送和输送工作。对批准入伍的新兵，由基层人武部进行端正入伍动机教育，使他们树立参军光荣感和责任感，做好到部队吃苦打仗的思想准备，纠正挑兵种、挑去向的思想倾向。新兵集结后，以县（市、区）为单位，进行组织纪律教育、革命传统教育和安全乘车教育，组织新兵入伍宣誓，向家乡亲人表决心。济宁军分区每年都在兖州火车站举行新兵欢送仪式，市领导、军分区首长、接兵部队首长和新兵代表、新兵家长代表分别讲话，形成一人当兵全家光荣的社会风尚。
士官招收
2003年，根据山东省人民政府征兵办公室《关于做好从非军事部门具有专业技能的公民中招收士官试点工作的通知》，济宁市招收士官15名。2004—2010年，共招收近300名士官。