1997年11月，济宁军分区进行编制调整，机关编制43人，设司令部、政治部和后勤部，各部恢复科的编制。司令部设作训科、军务装备科、动员科，政治部设组织干部科、宣传保卫科，后勤部设战勤科、供应科。1998年8月，根据济南军区关于山东省军区编制的规定，济宁军分区仍执行43人编制，司令部的军务装备科撤销，与动员科合并为军务动员科，其他编制不变。2004年12月，济宁军分区机关精简，各部撤销科的编制，机关执行15人编制。至2010年未变。
1996年4月1日，根据《中共中央、国务院、中央军委关于县（市、区）人民武装部收归军队建制的通知》，县（市、区）人民武装部由地方建制收归军队建制，改称“中国人民解放军山东省XX县（市、区）人民武装部”，为正团级单位。各人民武装部收归军队建制后，其性质、任务不变，接受上级军事机关和同级地方党委、人民政府的双重领导。县（市、区）委书记兼任人民武装部党委第一书记，人民武装部的1名主官参加县（市、区）委常委会，1名主官参加县（市、区）人民政府常务办公会议。
2006—2010年，济宁军分区辖市中区、任城区、兖州市、曲阜市、泗水县、邹城市、微山县、鱼台县、金乡县、嘉祥县、汶上县、梁山县12个县（市、区）人民武装部。
第一节 济宁军分区
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1997年11月，济宁军分区进行编制调整，机关编制43人，设司令部、政治部和后勤部，各部恢复科的编制。司令部设作训科、军务装备科、动员科，政治部设组织干部科、宣传保卫科，后勤部设战勤科、供应科。1998年8月，根据济南军区关于山东省军区编制的规定，济宁军分区仍执行43人编制，司令部的军务装备科撤销，与动员科合并为军务动员科，其他编制不变。2004年12月，济宁军分区机关精简，各部撤销科的编制，机关执行15人编制。至2010年未变。
1996年4月1日，根据《中共中央、国务院、中央军委关于县（市、区）人民武装部收归军队建制的通知》，县（市、区）人民武装部由地方建制收归军队建制，改称“中国人民解放军山东省XX县（市、区）人民武装部”，为正团级单位。各人民武装部收归军队建制后，其性质、任务不变，接受上级军事机关和同级地方党委、人民政府的双重领导。县（市、区）委书记兼任人民武装部党委第一书记，人民武装部的1名主官参加县（市、区）委常委会，1名主官参加县（市、区）人民政府常务办公会议。
2006—2010年，济宁军分区辖市中区、任城区、兖州市、曲阜市、泗水县、邹城市、微山县、鱼台县、金乡县、嘉祥县、汶上县、梁山县12个县（市、区）人民武装部。