1990年10月，《中华人民共和国行政诉讼法》开始施行。济宁市中级人民法院加强行政审判人员业务培训，派员参加省法院举办的培训班；邀请省法院的领导和选派参加省培训班的人员，两次对辖区基层法院行政审判法官集中培训；聘请工商、税务、食品卫生等单位的行政执法人员现场授课辅导。1991年，严格按照《行政诉讼法》的规定，共受理各类行政一审案件62件，其中治安行政案件6件，土地管理37件，城市规划4件，工商管理6件，其他9件。共审结58件，结案率为93.55%。审结的行政案件中，维持原处理决定的40件，撤销和变更的13件，作其他处理5件。
1993—1997年，坚持法律面前人人平等的原则，慎重、稳妥地开展行政审判工作。依法受理各类行政案件5670件，审结5203件，结案率为91.8%。注重和加强对农民减负案件的审理，共审理此类案件1520件，占行政案件总数的近30%。案件数量、质量在全省、全国均处于领先地位。推广金乡县法院公告形式搞好减负工作的做法，相继在7个县（市、区）法院成立农民减负法庭，省法院对这一做法给予充分肯定，并在全省推广。行政审判工作连续4年荣获全省第一名，1996年跃居全国法院第二位。
1998—2002年，共审结涉及行政处罚、行政强制、城乡规划、房屋拆迁、行政确权等50多种与社会生活密切相关的一审行政案件6921件，依法维护行政相对人的合法权益，支持和促进行政机关依法行政、管理社会事务。
2004年，积极审理行政诉讼案件，大力推进依法治市进程。围绕建设法治政府，深入研究新形势下的行政审判工作。《行政许可法》实施后，及时召开由工商、环保等政府职能部门参加的座谈会，结合审判实践，积极提出司法建议，为建设法治政府出谋划策。审结一审行政诉讼案件2094件，执结非诉行政执行案件901件，有效维护公民、法人和其他组织的合法权益，监督和支持行政机关依法行政。《关于城市房屋拆迁法律适用问题的调研报告》获全省法院重点调研课题一等奖。2005年，加大与公民权利关系密切案件的审理力度，共审结土地、城建、公安、工商等一审行政诉讼案件3804件，非诉执行案件116件，实行一审行政案件异地审理制度，减少行政干预和地方保护。该经验得到山东省高级人民法院的肯定并在全省法院推广。
2008年，依法调节行政关系，促进民主法治建设。全年共审理涉及土地、城建、公安、工商、劳动、税务等一审行政诉讼案件2553件，既依法保护了行政相对人的合法权益，又监督和支持了行政机关依法行政。建立健全行政案件协调制度，以和解方式审结1751件，占68.59%，促进了“官民”和谐。2009年，行政审判工作立足于以和解方式化解纠纷。制定《关于实施行政诉讼协调和解工作的若干意见》，审结一审行政案件3282件，其中和解案件1717件，占52.32%；办理行政非诉执行案件316件。
2010年，加强行政审判工作，监督和支持行政管理。审结各类行政诉讼案件4412件，非诉执行案件1099件。不断健全完善行政和解新机制，加强与相关行政机关的沟通协调，妥善化解大量行政纠纷，行政案件和解撤诉率为83.09%。金乡县政府与金乡法院推行的行政首长出庭应诉制度，实现了司法与行政的良性互动。全市法院针对在调处行政诉讼案件中发现的苗头性、普遍性问题，向行政机关积极提出司法建议67条。
表26-4-5 1990—2010年济宁市行政案件受案统计表
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┃ 单位：件┃
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┃ 年份 │ 1990-1995 │ 1996-2000 │ 2001-2005 │ 2006-2010 ┃
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┃ 行政一审 │ 1986 │ 5671 │ 7393 │ 16685 ┃
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┃ 行政二审 │ 214 │ 609 │ 896 │ 596 ┃
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┃ 合计 │ 2200 │ 6280 │ 8289 │ 17281 ┃
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