1991年至1994年4月30日，济宁市中级人民法院和12县（市、区）人民法院的立案、审理、执行工作，均由具体负责审理案件的业务庭行使，即案件由业务庭直接受理登记、进行审理并负责执行。1994年5月1日，市中院设立告诉申诉庭，案件的立案、审理和执行，实行告诉申诉庭立案和业务庭立案双轨并存制。1997年7月31日，市中院撤销告诉申诉庭，设立立案庭，市中院的立案职责统一由立案庭行使。1998年4月，市中院建立立案大厅，实行柜台式、一站式服务。分设刑事、民事、经济、行政和诉讼费交纳窗口，分别受理公民、法人或者其他组织向人民法院提起的诉讼案件。
立案大厅内为当事人提供诉讼指南，传播诉讼知识，进行诉前辅导，告知诉讼风险，引导当事人正确行使诉讼权利和承担诉讼义务。对需要司法救助的个人、单位，实行司法救助制度。对经济确有困难的当事人，依规定审核其提交的减、缓、免的申请和各项证据，符合法律规定的给予核准。对追索抚养费、赡养费、人身损害赔偿金、劳动报酬等经济困难的当事人、农民工、孤寡老人、残疾人等群体，在提供合法证据后，办理减、缓、免交诉讼费的手续，彰显了市中院的人文关怀。
2010年，全市法院共立案6.27万件，其中市中院立案1.32万件。
2003年，济宁市中级人民法院与济宁市中心血站联建DNA实验室成立，该实验室是鲁西南首家建成的DNA实验室。图为联建实验室签字仪式。
2003年，济宁市中级人民法院与济宁市中心血站联建DNA实验室成立，该实验室是鲁西南首家建成的DNA实验室。图为联建实验室签字仪式。