监所检察属刑罚执行中的法律监督，主要针对监狱、看守所等监管场所的执法活动进行监督，其职责由检察机关的监所检察部门和派出的专门检察院承担。
监狱检察
1991年，济宁市检察机关实现了对全市监管场所的派驻检察。1992年，对2121人减刑（期）加期、假释、保外就医进行了审议。1995年，鲁西监狱和邹城监狱成立，济宁市人民检察院和邹城市人民检察院分别在两所监狱设立派驻检察室。1998年，济宁市人民检察院与金乡县人民检察院联合对济宁监狱金桥分监区进行派驻检察。1999年，开展对法院减刑、假释裁定情况专项检察活动，对6826份减刑假释裁定进行检查，对存在的文书错误向法院提出纠正建议。2000年，与济宁市中级人民法院共同试点开庭审理服刑人员减刑假释案件，推行减刑假释案件办理的公正公开。2002年，各驻监狱检察室在监狱开设检察官热线，接受服刑人员咨询，解答服刑人员法律疑问，宣传法律知识，提供法律服务，受理申诉、控告和举报。2004年，检察清理减刑假释保外就医案件17017起，其中减刑15009起，假释1828起，保外就医180起，对4件保外就医和减刑不当案件提出纠正，向监狱提出检察建议94条，向公安机关提出检察建议及纠正违法29条，向法院提出建议8条，经验做法被最高人民检察院监所检察厅在全国推广，济宁市人民检察院被最高人民检察院评为全国检察机关减假保专项检查活动先进集体。2009年3月，全省贯彻执行监狱检察办法现场会在济宁召开，全省监所检察部门观摩济宁贯彻“监狱检察办法”开展监狱检察工作情况。2010年，将监督触角向前延伸，加强了对监管场所在押人员的“计分、呈报、裁定决定”三个环节的同步监督，及时掌握“九类罪犯（职务犯罪的罪犯、涉黑涉恶涉毒犯罪的罪犯、破坏社会主义市场经济秩序的侵财性犯罪的罪犯、服刑中的顽固型罪犯和危险型罪犯、从事事务性活动的罪犯、多次获得减刑的罪犯、在看守所留所服刑的罪犯、调换监管场所服刑的罪犯、其他需要重点监督的罪犯）”。变更执行情况，落实逐人建档、重点监督制度。
看守所检察
1991年，加强对看守所羁押人员羁押时限的监督，各驻所检察组普遍建立了新收人员的登记建卡制度，对入所后的各个诉讼环节的时限阶段进行登记，防止超期羁押。1992年，对看守所存在的牢头狱霸现象进行调研，联合济宁市公安局出台《关于在全市看守所、收审所开展打击牢头狱霸，确保监所安全专项活动的实施意见》，共同开展打击牢头狱霸活动。1998年起，进一步强化羁押时限检察，牵头制定《关于换押制度的暂行规定》，理顺了工作关系。当年共发现和纠正超期羁押33案39人。2002年，第一次实现了超期羁押零发生。2004年起，与看守所共同开展“双加强，双保障”示范单位创建活动，在看守所实行羁押期限告知和约见检察官制度，开辟控告申诉举报绿色通道。加大对违规使用戒具或禁闭问题的纠正力度，共发现违法监管行为53件，纠正违法会见通信提审7件。2010年，运用超期羁押监督管理软件系统，监督羁押期限情况检察台账制度。实现了济宁市内看守所与派驻检察室监控全面联网。
监外执行检察
1991年后，将监外执行检察作为参与社会治安综合治理的直接方式，把监外罪犯纳入重点人口管理范围，坚持一年两次对监外执行罪犯进行全面考察。1995年，进一步理顺执行与监督关系，制定监外执行检察细则和标准，实现监外罪犯检察的经常化、制度化、规范化，所有监外执行罪犯无一人脱管、漏管和失控，无一人重新犯罪。1999年，组成专项调查组对济宁市124名保外就医人员进行了调查，对35名保外就医条件消失和2名不符合保外就医条件的罪犯提出收监建议。针对24名罪犯法律手续不全和7名罪犯脱管失控的情况，依法提出纠正意见。2000年，建议政法委将监外罪犯管理工作纳入社会治安综合治理考评范围，实行一票否决制，在专项检察中纠正了一起缓刑犯担任乡电站站长的违法行为。2001—2002年，在监外执行检察中，办理监外罪犯重新犯罪36件67人，其中重大案件11件。2004—2006年，贯彻最高人民检察院《关于加强监外执行检察工作的意见》，发现问题并提出检察建议212条，纠正脱管漏管157人，督促收监33人。2010年，开展社区矫正试点，探索检察机关参与社区矫正工作的有效途径和方法，建立社区矫正监督联系点，并应用监外执行监督管理系统软件，对监外执行罪犯底数清、情况明，防止监外执行罪犯脱管漏管。
劳教检察
1991年，市人民检察院向市劳动教养所派出检察组，设立检察官办公室。1992年，对新收劳教人员实行阅卷制度，对108名劳教人员档案进行审查，从中发现处理不当16名，均向审批机关提出纠正意见。1994年，对劳教人员减期、所外执行、所外就医进行专项检察，对减期42人、所外执行3人、所外就医5人，提出检察建议4条。1998年起，将被劳教人员申诉作为工作重点，坚持实事求是、有错必究的原则，当年受理劳教人员及其家属控告申诉案件20件20人，转办9件9人，自查11件11人，撤销劳教决定2件2人，改变原决定3件3人，重新计算劳教期10件10人。1999年，通过劳教检察对8人改变了原劳教决定。2000年起，加强对劳教人员减期、提前解教的监督，认真纠正违法劳教、现行劳教和违反规定为劳教人员减期、提前解教、所外就医、所外执行的行为。2004年，强化对降格处理、负案劳教问题的监督，有效防止以劳教代替刑罚问题的发生。2008—2010年，贯彻劳教检察办法，维护劳教人员合法权益和监管场所安全稳定，大力开展信息化建设，实现了微机监控联网。
案件办理
1991年，对监管场所发生的4起干警违法违纪事件进行查处。1992年，办理又犯罪案件9件11人；办理干（武）警职务犯罪案件2件4人；受理申诉58件，转办22件；自查和协查31件，驳回5件；建议法院改判13件。1994—1995年，监所检察办案工作进一步强化，突出查办监管场所发生的索贿、受贿、贪污、徇私舞弊和私放罪犯犯罪。办理监管干警犯罪4件4人；犯人又犯罪案件13件20人。1996—2001年，办理自侦案件14件32人。1996—1998年，建议法院改判18件18人，改变劳教决定42人，其中撤销12人，改变原劳教期30人，办理又犯罪案件96件162人。1998年，最高人民检察院调整监所检察部门办案范围为刑罚执行和监管活动中发生的虐待被监管人、私放在押人员、失职致使在押人员脱逃、徇私舞弊减刑假释暂予监外执行的犯罪案件，派出检察院继续执行原办案范围。2000—2003年，开展刑事立案监督，严厉打击在押人员又犯罪，共立案监督30件35人，对监管干警违法犯罪活动立案监督1件1人，监外罪犯又犯罪立案监督8件8人，看守所在押人员犯罪立案监督13件18人，监狱在押罪犯立案监督7件7人，全部立案侦查并移送起诉。2004年，依照最高人民检察院调整后的监所检察部门办案范围，当年办理各类案件77件，自侦案件3件，又犯罪案件55件，立案监督19件。2010年，实行全市监所检察侦查一体化，成立查办职务犯罪案件领导小组，在全省派出检察院中率先成立办案工作区，充分发挥派出检察院办案龙头作用，查办职务犯罪案件10件13人。