1991年，按照最高人民检察院的要求，反贪污贿赂业务进一步调整工作布局，把查办大要案作为反腐败斗争是否深入的主要标志，在办案中坚持“一要坚决，二要慎重，务必搞准”的原则。1991年，全年立查经济犯罪案件223件，其中贪污案件78件，贿赂案件46件；大要案56件，万元以上大案23件；立查县处级干部1人，为国家挽回损失319万元。1991—1993年，全市经济检察部门，针对假冒商标案件发案率高的特点，进行了专项打击，立查了假冒全国十大驰名商标“霞飞”“奥琪”化妆品案，假冒丹麦产复合肥和青岛七星牌庄稼助壮素大案，在社会上产生了较大影响。同时在办案中注重宣传法制，敦促多名犯罪分子投案自首。1994年，成立济宁市人民检察院反贪污贿赂局，进一步加大反贪污贿赂工作力度，全年受理各类经济案件531起，立案侦查391件，其中贪污贿赂案件218起；大要案137起，占立案总数的35%，县处级干部犯罪要案4件，挽回直接经济损失1061万元。1996年，反贪局根据中央反腐败斗争工作要求，以人民群众反映强烈的问题为着力点，突出查办党政干部的贪污贿赂犯罪案件，突出查办大案要案。全年立查各类经济犯罪案件383件，其中大要案310件，占立案总数的80.9%，比1995年上升38%；查办县处级干部贪污贿赂案件13件，比1995年上升30%。
1997年，《中华人民共和国刑法》和《中华人民共和国刑事诉讼法》修改实施后，济宁市检察机关严格执行法律规定，适应新的要求，全年立查各类经济犯罪案件337件，其中大要案301件，共为国家和集体挽回直接经济损失879万元。1998年，刑法、刑诉法修改实施后，对办案程序，案件管辖范围作了较大调整，最高人民检察院和山东省人民检察院对办案工作提出了严格要求，在办案难度增大的情况下，受理案件线索264件，立案侦查203件214人，立案数较上年上升了3个百分点，其中处级干部4人，万元以上大案174起，占85.7%，涉案金额最高达170余万元。1991—2001年，贯彻落实中共中央关于深入开展反腐败、惩治职务犯罪斗争的指示精神，调整工作布局，集中力量查办党政领导机关、行政执法机关、司法机关和经济管理部门及副县级以上干部的贪污贿赂等职务犯罪案件。全年共立查贪污贿赂等经济犯罪案件689件，为国家和集体挽回经济损失5500余万元。抓获批捕在逃职务犯罪嫌疑人15名。2002年5月，济宁市人民检察院成立职务犯罪大要案侦查指挥中心，全年立查贪污贿赂等经济犯罪案件242件261人，同比增长3.4%；大要案161件，占案件总数的66.5%，同比上升14.4个百分点，通过办案为国家和集体挽回经济损失2470余万元。2003年，济宁市检察机关反贪部门深入贯彻落实党的十六大精神，在办案中坚持由数量规模向质量效果的战略调整，全年立查贪污贿赂等职务犯罪案件205件222人，其中贪污案85件95人，贿赂案35件35人，挪用公款案84件91人，私分国有资产案1件1人。其中，立查副县级以上干部犯罪要案10件，涉案金额100万元以上的5件，为国家挽回经济损失2000余万元。2005年，把办案重点对准破坏改革发展、影响社会稳定、关系人民群众切身利益的职务犯罪案件。重点查办了发生在城市建设、金融、交通、土管、医疗卫生、教育等领域的职务犯罪和发生在国有企业重组改制、破产和经营活动中的腐败案件。全年立查贪污贿赂案件160件231人，大要案101件150人，占立案人数的64.94%，有罪判决122件169人。邹城市人民检察院成功查办鲁南铁合金总厂原党委书记张希平等8人商业贿赂窝案，并结合办案提出预防国企发展经营中商业贿赂犯罪的检察建议，经新华社内参刊发后，中央纪委和省委领导，省检察院领导，市委、市人大、市政府领导相继作出批示。
2007年，贯彻落实中央纪委第七次全会关于加大反腐力度的会议精神，集中力量查办领导干部贪污受贿犯罪案件、国家机关工作人员利用人事权、审批权、行政执法权谋取私利的犯罪案件，以及商业贿赂、破坏环境资源、侵吞国有资产等关系国计民生的犯罪案件。全年立查贪污贿赂等经济犯罪224人，其中大案126件，要案9人，大要案比例为80.15%。在加大打击力度的同时，严把案件质量关，全年共起诉贪污贿赂犯罪嫌疑人199人。2008年，济宁市检察机关反贪部门认真开展“大学习大练兵大比武”活动，提升法律监督能力，全年立案126件167人，其中大案90件，要案6人。2009年，济宁市检察机关反贪部门坚持以科学发展观为指导，按照“稳定办案规模、突出办案重点、提升办案质量、增强办案效果、确保办案安全”的总体工作思路，全年立查案件142件186人，其中大要案130件159人，大要案比率为91.55%。2010年，全年立案206人，立查大要案161人，大要案比例78%；立查县处级要案9人，同比上升100%；厅级要案1人，实现了历史性突破；查办党政机关领导干部犯罪案件6人，行政机关职务犯罪案件30人，行政执法人员犯罪案件13人；查办商业贿赂案件40件46人；查办工程建设领域案件6件6人；查办严重侵害农民利益、影响农村发展稳定职务犯罪案件58件92人；查办国有企业、事业单位人员侵吞、挪用国有资产犯罪案件60人。
第三节 反贪污贿赂
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1991年，按照最高人民检察院的要求，反贪污贿赂业务进一步调整工作布局，把查办大要案作为反腐败斗争是否深入的主要标志，在办案中坚持“一要坚决，二要慎重，务必搞准”的原则。1991年，全年立查经济犯罪案件223件，其中贪污案件78件，贿赂案件46件；大要案56件，万元以上大案23件；立查县处级干部1人，为国家挽回损失319万元。1991—1993年，全市经济检察部门，针对假冒商标案件发案率高的特点，进行了专项打击，立查了假冒全国十大驰名商标“霞飞”“奥琪”化妆品案，假冒丹麦产复合肥和青岛七星牌庄稼助壮素大案，在社会上产生了较大影响。同时在办案中注重宣传法制，敦促多名犯罪分子投案自首。1994年，成立济宁市人民检察院反贪污贿赂局，进一步加大反贪污贿赂工作力度，全年受理各类经济案件531起，立案侦查391件，其中贪污贿赂案件218起；大要案137起，占立案总数的35%，县处级干部犯罪要案4件，挽回直接经济损失1061万元。1996年，反贪局根据中央反腐败斗争工作要求，以人民群众反映强烈的问题为着力点，突出查办党政干部的贪污贿赂犯罪案件，突出查办大案要案。全年立查各类经济犯罪案件383件，其中大要案310件，占立案总数的80.9%，比1995年上升38%；查办县处级干部贪污贿赂案件13件，比1995年上升30%。
1997年，《中华人民共和国刑法》和《中华人民共和国刑事诉讼法》修改实施后，济宁市检察机关严格执行法律规定，适应新的要求，全年立查各类经济犯罪案件337件，其中大要案301件，共为国家和集体挽回直接经济损失879万元。1998年，刑法、刑诉法修改实施后，对办案程序，案件管辖范围作了较大调整，最高人民检察院和山东省人民检察院对办案工作提出了严格要求，在办案难度增大的情况下，受理案件线索264件，立案侦查203件214人，立案数较上年上升了3个百分点，其中处级干部4人，万元以上大案174起，占85.7%，涉案金额最高达170余万元。1991—2001年，贯彻落实中共中央关于深入开展反腐败、惩治职务犯罪斗争的指示精神，调整工作布局，集中力量查办党政领导机关、行政执法机关、司法机关和经济管理部门及副县级以上干部的贪污贿赂等职务犯罪案件。全年共立查贪污贿赂等经济犯罪案件689件，为国家和集体挽回经济损失5500余万元。抓获批捕在逃职务犯罪嫌疑人15名。2002年5月，济宁市人民检察院成立职务犯罪大要案侦查指挥中心，全年立查贪污贿赂等经济犯罪案件242件261人，同比增长3.4%；大要案161件，占案件总数的66.5%，同比上升14.4个百分点，通过办案为国家和集体挽回经济损失2470余万元。2003年，济宁市检察机关反贪部门深入贯彻落实党的十六大精神，在办案中坚持由数量规模向质量效果的战略调整，全年立查贪污贿赂等职务犯罪案件205件222人，其中贪污案85件95人，贿赂案35件35人，挪用公款案84件91人，私分国有资产案1件1人。其中，立查副县级以上干部犯罪要案10件，涉案金额100万元以上的5件，为国家挽回经济损失2000余万元。2005年，把办案重点对准破坏改革发展、影响社会稳定、关系人民群众切身利益的职务犯罪案件。重点查办了发生在城市建设、金融、交通、土管、医疗卫生、教育等领域的职务犯罪和发生在国有企业重组改制、破产和经营活动中的腐败案件。全年立查贪污贿赂案件160件231人，大要案101件150人，占立案人数的64.94%，有罪判决122件169人。邹城市人民检察院成功查办鲁南铁合金总厂原党委书记张希平等8人商业贿赂窝案，并结合办案提出预防国企发展经营中商业贿赂犯罪的检察建议，经新华社内参刊发后，中央纪委和省委领导，省检察院领导，市委、市人大、市政府领导相继作出批示。
2007年，贯彻落实中央纪委第七次全会关于加大反腐力度的会议精神，集中力量查办领导干部贪污受贿犯罪案件、国家机关工作人员利用人事权、审批权、行政执法权谋取私利的犯罪案件，以及商业贿赂、破坏环境资源、侵吞国有资产等关系国计民生的犯罪案件。全年立查贪污贿赂等经济犯罪224人，其中大案126件，要案9人，大要案比例为80.15%。在加大打击力度的同时，严把案件质量关，全年共起诉贪污贿赂犯罪嫌疑人199人。2008年，济宁市检察机关反贪部门认真开展“大学习大练兵大比武”活动，提升法律监督能力，全年立案126件167人，其中大案90件，要案6人。2009年，济宁市检察机关反贪部门坚持以科学发展观为指导，按照“稳定办案规模、突出办案重点、提升办案质量、增强办案效果、确保办案安全”的总体工作思路，全年立查案件142件186人，其中大要案130件159人，大要案比率为91.55%。2010年，全年立案206人，立查大要案161人，大要案比例78%；立查县处级要案9人，同比上升100%；厅级要案1人，实现了历史性突破；查办党政机关领导干部犯罪案件6人，行政机关职务犯罪案件30人，行政执法人员犯罪案件13人；查办商业贿赂案件40件46人；查办工程建设领域案件6件6人；查办严重侵害农民利益、影响农村发展稳定职务犯罪案件58件92人；查办国有企业、事业单位人员侵吞、挪用国有资产犯罪案件60人。