1991—1992年，公诉工作以严打斗争为重点，充分发挥在反盗窃专项斗争和严厉打击拐卖妇女儿童犯罪中的作用。1992年，济宁市检察机关受理公安机关移送起诉犯罪嫌疑人2063名，同期提起公诉1751名。退回公安机关补充侦查案件75件128人，不予起诉30人，免予起诉414人，追诉5人，在审查起诉环节上提前介入案件89件，依法提出抗诉3件4人。1993年，突出打击重点，严厉打击杀人、抢劫、强奸、爆炸、盗抢枪支等暴力犯罪、团伙犯罪和带黑社会性质的流氓团伙犯罪。1993年受理公安机关和检察机关自侦部门移送起诉犯罪嫌疑人2336名，经审查提起公诉1800名。1993年，提出抗诉11起11人。1994年，依法提出抗诉2件。1995年，受理移送审查起诉、免予起诉案件2024起3463人，当年审结1604起2795人，提起公诉1270起2213人，免予起诉462人，不予起诉10人，退回侦查部门作撤案处理的10起13人。加强出庭公诉工作，在开庭审理的852起案件中，全部派员出庭支持公诉，发表公诉词800余篇。审查起诉环节追诉漏犯149名，追诉漏罪154起，口头纠正公安侦查活动中的违法行为78次，书面纠正违法22次，提出检察建议67条；口头纠正审判活动中的违法行为26次，书面纠正违法8次，提出检察建议17条；依法提出抗诉11件13人。
1996年，进一步完善相关制度，印发《济宁市人民检察院办理刑事案件有关问题的意见》。组织模拟法庭和试点庭44个，参加观摩研讨的干警达750余人次，为实施修改后的刑事诉讼法、适应新的庭审方式改革积累了经验。当年受理移送审查起诉案件2451件3794人，提起公诉1680件2697人，追诉漏犯106人，向公安机关提出纠正意见78件次，审判监督中依法提出抗诉6件8人。
1997年，《中华人民共和国刑事诉讼法》正式实施。修改后的刑事诉讼法取消免予起诉，扩大不起诉范围，改革庭审方式，强化公诉人在庭审活动中的责任。为更好地适应新的庭审方式，济宁市检察机关把提高出庭公诉水平作为重点工作来抓，组织全市范围的庭审观摩，并推出培养“名公诉人”活动。1998年，刑事诉讼法修改后的第一次全省优秀公诉人评选活动中，济宁市人民检察院1名公诉人被评为省级优秀公诉人。1998年，受理移送起诉和不起诉案件1659件2454人，提起公诉1412件2064人，追诉漏犯4人，追诉漏罪21条，纠正侦查活动违法23次，提出抗诉5件6人。
1999年，受理移送审查起诉和不起诉案件1802件2709人，提起公诉1588件2333人。按照最高人民检察院的部署，积极试行主诉检察官办案责任制，确立了济宁市人民检察院及市中区、兖州市、汶上县人民检察院为首批试点单位。出台《济宁市人民检察院主诉检察官办案责任制暂行规定》《主诉检察官考核规则》，首批确定15人为主诉检察官，试点工作取得明显成效。为进一步规范审查起诉工作，制定印发《济宁市人民检察院审查起诉工作细则》《审查起诉工作考核办法》。加强未成年人犯罪检察工作，金乡县人民检察院起诉科被团省委、省综治办、省检察院共同授予优秀青少年维权岗荣誉称号。开展案件的听庭评庭活动，听庭评庭的做法得到省院领导的充分肯定。全年纠正侦查活动中违法行为23次，追诉漏犯33人，纠正审判活动中违法行为28次，提出抗诉11件11人。2000年，受理移送审查起诉和不起诉案件1920件3023人，提起公诉1613件2487人。其中济宁市人民检察院审查后提起公诉的詹国平故意杀人一案，系全省首例在零口供的情况下依靠间接证据认定被告人的犯罪事实并判处死刑的故意杀人案件，该案被评为首届全省十大公诉案件之一。在试点的基础上全面推行主诉检察官办案责任制，济宁市检察机关共选聘60名主诉检察官，制定责、权统一和监督、考核的配套制度，强化了办案责任。诉讼活动监督进一步加强，全年提出抗诉18件28人。2001年，积极参与“打黑除恶”、整顿和规范市场经济秩序等一系列专项打击和整治活动，做到在法定期限内快速起诉，平均办案时间缩短一半以上。2001年，受理移送审查起诉案件2215件3660人，提起公诉1880件3029人。2002年5月，审查起诉处更名为公诉处。济宁市人民检察院1名公诉人被评为省级优秀公诉人。
2003年，在全面推行主诉检察官办案责任制的基础上，济宁市检察机关实行职业公诉人制度改革，公诉人队伍逐步向职业化、专业化方向发展。全市有75名职业公诉人应聘上岗，实行职业公诉人的做法，被最高人民检察院公诉厅推广，并在全省公诉工作会议上做了经验介绍。被告人认罪案件普通程序简化审全面推行。从维护当事人合法权益出发，出台《关于防止公诉环节案件超期羁押的暂行规定》。济宁市人民检察院公诉处被省委、省政府授予全省严打整治斗争先进集体荣誉称号，汶上县人民检察院1人被省委、省政府记一等功。全年受理移送审查起诉案件2216件3311人，提起公诉1937件3315人。提出抗诉17件，其中一件8人抢劫案中，一审判决后，对其中4人提起抗诉均获改判，是济宁市首例一案多人获改判的刑事抗诉案件。
2004年，围绕“平安济宁”建设，依法履行公诉职责。全年受理移送审查起诉案件2235件3537人，依法提起公诉1976件3047人，不起诉27件40人，纠正公安机关各类违法行为82件，追诉漏犯2件38人，追诉漏罪19条，其中有2名被告人被追诉漏罪后，分别被判处无期徒刑和有期徒刑二十年。2005年，受理移送审查起诉案件2918件4573人，依法提起公诉2636件4138人，不起诉22件29人，追诉漏犯177人，提出抗诉17件。2006年，进一步深化公诉改革，建立“公诉一体化”机制，强化公诉工作的上下指导和横向配合。全年受理移送审查起诉案件2867件4713人，审结2623件4091人，其中起诉2618件4081人，不起诉5件10人。同期，法院判决2326件3493人，有罪判决率为100%。全年追诉漏犯67人，起诉后法院均作出有罪判决，其中，有3人被判处10年以上有期徒刑，1人被判处无期徒刑；追诉漏罪罪名41个，其中2人被判刑10年以上；依法提出抗诉16件22人。
2007年，全年受理移送审查起诉案件2977件4829人，提起公诉2661件4166人。追诉漏犯59人，追诉漏罪罪名19个，追诉遗漏犯罪事实39起，均被法院确认。提出抗诉14件。2008年，受理各类刑事案件3005件4824人，提起公诉2742件4285人，判决2530件3838人。全年追诉漏犯29人，追诉罪名18个，追诉犯罪事实25起，改变侦查机关移送罪名被法院认可29个，提起抗诉10件，提请山东省人民检察院抗诉2件。济宁市人民检察院和任城区人民检察院抗诉的被告人张德宁、顾敦洛、吴夫东等人故意伤害、非法持有枪支、强奸案，历经两次一审程序抗诉，一次再审程序抗诉，前后共四次开庭审理，使被告人两罪名最终得以确认，该案被最高人民检察院评为全国优秀诉讼监督案件。在济宁市检察机关公诉部门普遍实行量刑建议制度。2009年，加大对危害民生犯罪的打击力度，参与打击职务犯罪专项活动，集中力量办理了一批有影响、有震动的案件，进一步强化办案的法律效果和社会效果，加大检务公开的力度，全面推行了当事人权利义务告知制度、答疑说理制度。出台《关于刑事案件不起诉说理工作的规定（试行）》和《关于刑事案件不抗诉说理工作的规定（试行）》。全年受理审查起诉案件3180件5041人，提起公诉2776件4293人；不起诉20件26人；出庭公诉1552件2759人。追诉漏犯132人，改变侦查机关移送罪名105个，纠正诉讼活动中的违法行为165次，提出检察建议114次，提出抗诉19件，诉讼监督的数量、质量和效果有了大幅度提升。2010年，建立与公安机关、社区矫正机关等有关部门的对接机制，推行“阳光公诉”工作机制，将化解社会矛盾贯穿于执法办案的全过程。全年受理审查起诉和不起诉案件3124件5059人，审结2812件4516人，提起公诉2792件4485人，不起诉20件31人，出庭公诉1735件，判决2671件4123人。纠正侦查活动违法1523件，纠正漏犯294人，追诉漏罪572件，依法提起刑事抗诉44起。