1991—1994年，济宁市检察机关审查批捕部门坚持“严打”方针不动摇，共受理提请审查逮捕各类刑事案犯8202人，批准和决定逮捕6935人。开展打击拐卖人口犯罪、反盗窃，打击伪造国家货币、贩运伪造的国家货币犯罪，盗窃、破坏铁路、油田、电力、通讯等器材设备犯罪活动等专项斗争，建立重大疑难案件提前介入制度，在审查批捕部门设立联络员，定期向公安机关了解发破案情况，对重大案件参与现场勘查和案情分析。1995年，济宁市检察机关审查批捕部门共受理提请审查逮捕各类刑事案件1395件2694人，批准和决定逮捕2173人。立案监督工作取得重要突破，全年建议公安机关立案18件，检察机关直接立查10件。其中邹城市人民检察院对张厚龙奸淫幼女案自行立案侦查，实现了济宁市检察机关在刑事立案上零的突破。1996年，济宁市检察机关审查批捕部门共受理提请审查逮捕各类刑事案件1711件3019人，批捕和决定逮捕1437件2454人，其中追捕漏犯76人。向公安机关提出立案建议14件15人，书面纠正公安机关侦查活动违法18件18人。为确保严打工作落实到位，各院批捕部门都配备“严打”信息联络员，每旬报告严打进展情况，济宁市检察机关共建立10个综合治理联系点。
1997年，全年共受理提请审查逮捕各类刑事案件1267件1996人，批准和决定逮捕1536人。同年，修改后的《中华人民共和国刑事诉讼法》正式实施，审查逮捕工作发生较大变化，立案监督工作有了法律保障，明确规定人民检察院对公安机关应当立案侦查而不立案侦查的案件负有监督职责。刑事立案监督的主要方式不再是直接立查，而是监督公安机关立案。济宁市检察机关审查批捕部门以落实新刑诉法为契机，加强对公安机关的立案监督，设立专人负责了解刑事案件的发、立、破情况，监督公安机关立案15件18人。1998—1999年，共受理提请审查逮捕各类刑事案件3615件5942人，批准和决定逮捕2776件4375人。开展批捕质量年活动，全年未出现捕后撤案、不诉、判无罪情况。监督公安机关立案53件，追捕漏犯37人，纠正侦查活动违法66次。出台《关于进一步加强刑事立案监督工作意见（暂行）》。2000—2001年，济宁市检察机关审查批捕部门共受理提请审查逮捕各类刑事案件3948件6951人，批准和决定逮捕3386件5802人，对重特大案件特别是涉黑案件侦查活动提前介入率达100%。办理立案监督案件558件，纠正漏捕178人。立案监督工作跃居全省前列。2000年11月，济宁市检察机关第一次侦查监督工作会议召开，进一步明确了侦监部门审查逮捕、立案监督和侦查活动监督的三大工作职责。
2002年，济宁市人民检察院审查批捕处更名为侦查监督处，突出体现强化监督、实现公正执法的主旨。2002—2003年，济宁市检察机关侦监部门共受理提请审查逮捕各类刑事案件3417件6149人，批准和决定逮捕3138件5583人。办理刑事立案监督案件329件，监督公安机关撤销错误立案案件3件3人，纠正公安机关在侦查活动中的违法行为175件，追捕犯罪嫌疑人225人。在济宁市范围内全面推行了审查逮捕方式的改革，以审查逮捕案件意见书取代了阅卷笔录，简化办案程序和文书，提高了逮捕工作的质量和效率。2004年，济宁市检察机关侦监部门受理提请审查逮捕各类刑事案件1913件3230人，批准和决定逮捕1694件2853人，监督公安机关立案196件，建议检察机关自侦部门立案2件，监督公安机关撤销错误立案48件49人，纠正公安机关在侦查活动中的各类违法行为82件，追捕犯罪嫌疑人95人。同年，侦查监督处全面实行“捕诉一体化”框架下的职业公诉人制度，济宁市人民检察院侦监部门除履行原有职责外，对本部门逮捕的案件及基层院上呈的部分起诉案件依法履行起诉职责，节约办案时间，提高办案质量，实现了刑事检察办案机制的重大转变。开展诉讼监督年活动，与济宁市12个行政执法单位以及公安机关建立行政执法机关移送涉嫌犯罪案件的工作机制。2005—2006年，济宁市检察机关侦监部门共受理提请审查逮捕各类刑事案件4890件8826人，批准和决定逮捕4110件7215人。监督公安机关立案277件，监督撤案125件，建议检察机关自侦部门立案5件，书面纠正公安机关侦查活动违法134件，追捕犯罪嫌疑人138人。进一步完善逮捕案件质量评价体系，抽选侦查监督业务骨干对全市2004年及2005年上半年审查逮捕案件进行大规模全面检查，对发现的问题进行集中整改。2007年，济宁市检察机关侦监部门共受理提请审查逮捕各类刑事案件2519件4455人，批准和决定逮捕2053件3563人。监督公安机关立案99件，当年有90件起诉后被作有罪判决，判决率为90.1%，为历年最高。监督公安机关撤销错误立案27件。侦查监督活动共依法纠正漏捕108人。会同公安、法院联合出台《关于依法快速办理轻微刑事案件的意见》，简化内部工作流程，提高了办案效率，促进了对轻微犯罪嫌疑人的教育改造。
2008年，济宁市人民检察院审查批捕与审查起诉业务正式分离，济宁市人民检察院侦查监督部门不再办理起诉案件，济宁市侦监工作步入了新的发展时期。济宁市检察机关侦监部门共受理提请审查逮捕各类刑事案件2584件4451人，批准和决定逮捕1926件3275人，其中市中区人民检察院办理的谭西建贪污案，被评为全省十佳逮捕案件。监督公安机关立案75件，监督公安机关撤销错误立案49件。邹城市人民检察院监督立案的曾昆等人故意伤害案件中，2人被判处无期徒刑。侦查监督活动共依法纠正漏捕49人，书面纠正公安机关侦查活动违法1件。在济宁市全面推行不捕说理工作，减少了涉检上访案件，增强了侦监部门的执法公信力。在山东省率先开展降低捕后判轻刑比率试点工作，积极推行刑事和解，有效降低了逮捕率，减少了对犯罪嫌疑人的羁押。2009年，济宁市检察机关侦监部门共受理提请审查逮捕各类刑事案件2440件4210人，批准和决定逮捕1907件3169人。监督公安机关立案39件，监督公安机关撤销错误立案24件。依法纠正漏捕58人，书面纠正公安机关侦查活动违法21件。由济宁市人民检察院牵头，与济宁市中级人民法院、济宁市公安局及相关行政执法单位共同推进的刑事司法与行政执法衔接信息共享平台在济宁市成功开通运行，加强了刑事司法机关与行政执法机关的沟通交流与监督制约，增强了维护社会主义市场经济秩序的合力。3月，全省侦查监督部门两项监督创新工作座谈会在济宁市召开。8月，济宁市检察机关侦监部门3份经验材料在全省侦查监督工作会议上做交流发言。9月，济宁市检察机关第三次侦查监督工作会议召开，确定在济宁市检察机关范围内批捕与起诉业务完全分离。2010年，济宁市检察机关侦监部门共受理提请审查逮捕各类刑事案件2549件4123人，批准和决定逮捕1897件2971人。当年职务犯罪案件审查逮捕上提一级改革在济宁市检察机关全面推行，实现了强化内部监督与服务反腐败大局的有机统一。济宁市人民检察院与济宁市公安局共同制定出台《审查逮捕案件“逮捕必要性”论证实施办法》《关于明确常见多发案件移送起诉标准的通知》，统一了执法标准，进一步推动了宽严相济刑事政策的贯彻落实。执法办案风险评估预警制度在全市侦监系统全面推广试行，从源头上预防和减少了涉检上访事件的发生。全年共监督公安机关立案581件，依法纠正漏捕168人，其中判处死刑1人，判处死刑缓期执行1人，判处无期徒刑2人，监督公安机关撤销错误立案973件。